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儿童发展性阅读障碍的全基因组关联研究
目的 找到潜在的与儿童发展性阅读障碍发病相关易感基因,初步揭示儿童发展性阅读障碍发病的分子遗传学机制.方法 以2010年1月-2013年12月在齐齐哈尔医学院附属医院与齐齐哈尔市第一医院诊断为发展性阅读障碍儿童121例和同期117例正常儿童为研究对象,利用Affymetrix Genome-Wide SNP 6.0基因芯片,根据病例与对照研究策略,完成基于Pooling DNA病例-对照相关分析,筛选儿童发展性阅读障碍易感相关SNP位点,并通过Pathway分析,找到出儿童发展性阅读障碍发病相关功能基因.结果 ROBO1基因的rs331142和rs12495133及DYX1C1基因的rs3743205和rs11629841位点在病例组和对照组间的基因型频率及等位基因分布均有差异.结论 ROBO1基因的rs331142和rs12495133及DYX1C1基因的rs3743205和rs11629841位点的基因多态与发展性阅读障碍相关.
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KLK3基因变异与前列腺癌临床表型的关联研究
目的：探索KLK3基因变异与中国北方男性前列腺癌（ PCa）的患病风险的关联。方法采用病例－对照研究，选择前列腺癌患者266例为病例组，PSA＞20ng／ml，患者均已经组织病理学检查确诊。对照组288例，来自常规体检人群。PSA＜4．0ng／ml，均无前列腺癌家族史。收集患者临床表型及遗传背景等信息，用聚合酶链式反应—高分辨率熔解曲线（HRM）结合DNA测序技术，检测两组6个具有前列腺癌风险的单核苷酸多态性位点（SNP） rs13385191，rs12653946， rs1983891，rs339331，rs9600079和rs2735839的基因型及等位基因频率的分布情况，探讨各基因与患者的肿瘤分期、Gleason评分、危险度分级等临床特征之间的关系。结果病例组和对照组间RFX6（rs339331）可降低我国北方男性前列腺癌患病风险（OR＝0．73，95％CI＝0．57～0．94，P＝0．013）。两组中，受试者的CX（CC＋TC）基因型与TT基因型相比，有降低前列腺癌的风险（OR＝0．64，95％CI＝0．45～0．90，P＝0．008）。基因型－临床表型观察指标关联分析显示，13q22（rs9600079， T）与肿瘤分期有关（OR＝2．34，95％CI＝0．94～5．87，P＝0．044）。其他的基因型及等位基因频率的分布差异均无统计学意义（ P＞0．05）。结论 RFX6（ rs339331）位点与前列腺癌的发生具有相关性。
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染色体2q31.1、3q21.3、4q2及6q25.3常见变异与前列腺癌的相关性研究
目的 探讨染色体2q31.1(rs12621278,G)、3q21.3(rs10934853,C)、4q2(rs17021918,T)、4q2(rs7679673,C)及6q25.3(rs9364554,T)与前列腺癌患病风险的相关性.方法 采用病例-对照设计,选取前列腺癌患者124例为病例组.年龄(74.8±6.4)岁.PSA(46.73±148.17) μg/L.患者均经组织病理学检查确诊.对照组138例,选自常规体检人群.年龄(69.9±7.9)岁.PSA(1.36±1.17)μg/L,均无前列腺癌家族史.收集患者临床表型及遗传背景等信息,用聚合酶链式反应-高分辨率熔解曲线结合DNA测序技术,检测两组单核苷酸多态性位点(SNP)2q31.1(rs12621278,G)、3q21.3(rs10934853,C)、4q2(rs17021918,T)、4q2(rs7679673,C)和6q25.3(rs9364554,T)的基因型及等位基因频率的分布情况,探讨各基因与肿瘤分期、Gleason评分、体质指数(body mass index,BMI)、危险度分级等临床特征之间的关系.结果 病例组和对照间组间染色体2q31.1(rs12621278,G)、3q21.3(rs10934853,C)、4q2(rs17021918,T)、4q2(rs7679673,C)和6q25.3(rs9364554,T)的基因型及等位基因频率的分布差异均无统计学意义(P＞0.05).两组中由4q2(rs17021918,T)和4q2(rs7679673,C)组成的CC单倍型分布差异有统计学意义(OR=1.68,95％ CI=1.03～2.76,P=0.04).基因型-临床表型观察指标关联分析显示,与对照组相比,3q21.3(rs10934853,C)位点的等位基因分布在Gleason评分≥7的患者中差异有统计学意义(P＜0.05)；4q2(rs17021918,T)位点的等位基因分布在BMI＜ 25 kg/m2及危险度分级为中低度的患者中差异有统计学意义(P＜0.05)；6q25.3(rs9364554,T)位点的等位基因分布在肿瘤分期＜T2期的患者中差异有统计学意义(P＜0.05).结论 rs12621278、rs10934853、rs17021918、rs7679673和rs9364554位点可能与前列腺癌的发生无关联.由4q2(rs17021918,T)和4q2(rs7679673,C)组成的CC单倍型可能可以作为发病风险评估的一个参考.
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儿童散发Rett综合征突变基因的亲源分析
Rett综合征(Rett syndrome,RTT)是一种严重影响儿童精神运动发育的疾病,是女性严重智力低下的重要原因之一,男童罕见,女童患病率为7/10万～10/10万[1].1999年Amir等[2]确定位于Xq28的甲基化CpG 结合蛋白2基因(methyl-CpG-binding protein 2,MECP2)是RTT的致病基因.RTT为X连锁显性遗传,但患者中99%以上的MECP2基因突变为新生突变,患者父母检测不到相应的基因突变[3].目前,研究者们试图积累更多病例,探讨RTT遗传机制和突变的亲源起源以满足患者家庭遗传咨询的需要.本研究对在我院临床诊断典型RTT并MECP2基因检测阳性的1例女性患者进行了突变亲源性的鉴定.
关键词： Rett综合征 突变 甲基化CpG结合蛋白2基因 单核苷酸多态性位点 亲源 -
遗传性先天性白内障与αA-晶体蛋白基因相关性研究
目的分析遗传性先天性核性和绕核性白内障与定位于21q22.3的αA-晶体蛋白(CRYAA)基因之间的关系.同时对比单链构象多态性(SSCP)和变性高效液相色谱法(DHPLC)两种方法检测单核苷酸多态性(SNP).方法用PCR方法扩增CRYAA基因的3个外显子,分别用SSCP和DHPLC两种方法分析扩增产物,对异常者进行DNA测序,寻找基因变异情况.结果用SSCP分析15个样本,未见异常条带;同时用DHPLC检测15个样本,其中1个样本出现双峰,将该样本扩增产物测序鉴定,发现在5′端第6个核苷酸为G/A杂合,二者是同一氨基酸的2个密码子,该核苷酸为CRYAA基因的多态性位点.未发现该基因突变.结论实验中未发现15例先天性白内障患者与CRYAA基因之间有关联.应用SSCP与DHPLC同时分析,DHPLC检测出1个多态性位点.DHPLC对杂合子检出的敏感性要高于SSCP.
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FTO基因rs9939609位点多态性与儿童肥胖的相关性研究
目的：探讨不同程度肥胖儿童的生化指标和脂肪含量与肥胖相关基因（FTO）rs9936609单核苷酸多态性位点（SNP）之间的相关性。方法纳入153例7~11岁儿童，其中肥胖102例、超重51例作为研究对象；160例正常体质量儿作为正常对照组。检测并比较各组间肝功能及其他生化指标的差异；利用PCR直接测序法检测FTO基因rs9939609的SNP，计算等位基因分布频率。结果 FTO基因rs9939609 TT、TA/AA基因型在肥胖、超重和正常三组间的分布差异有统计学意义（χ2=23.01，P<0.001）；其中肥胖组和超重组TA/AA基因型表达频率均分别高于对照组，差异有统计学意义（P’<0.014）。T、A等位基因在正常对照组、超重组和肥胖组的频率分别为96.25%和3.75%，85.29%和14.71%，85.78%和14.22%，三组间的分布差异有统计学意义（χ2=21.72，P<0.001）；肥胖组和超重组A等位基因频率均分别高于对照组，差异有统计学意义（P’<0.014）。TA、AA基因型携带者体质指数（BMI）高于TT型携带者，差异有统计学意义（P<0.05）。结论 FTO基因rs9939609多态性和儿童肥胖的发生与发展有相关性，A等位基因可导致携带者BMI升高。
关键词： 肥胖 单核苷酸多态性位点 FTO基因rs9939609 儿童 -
用LA-PCR方法克隆东方田鼠部分Y染色体序列
目的 克隆东方田鼠长江亚种(Microtus fortis calamorum)和宁夏指名亚种(Microtus fortis fortis)Y染色体的部分序列,并挖掘这两个亚种间的单核苷酸多态性位点(SNPs).方法 本研究利用依据Y染色体保守性靶标位点(YCATS)设计的引物,测得Y染色体上的8个内含子短片段序列,进而设计长片段PCR(LA-PCR)引物来获得相距几kb的两个内含子之间的长片段序列.结果 获得东方田鼠长江亚种和宁夏指名亚种Y染色体上的7300 bp序列,比对这两个亚种的序列后发现4个SNPs位点.结论 获得了田鼠Y染色体上的7 300 bp序列和4个SNPs位点.
关键词： 东方田鼠 单核苷酸多态性位点 Y染色体保守性靶标位点 长片段PCR -
甘露聚糖结合凝集素基因多态性与疾病关系的研究进展
甘露聚糖结合凝集素(MBL)是天然免疫因子及补体系统的重要组成部分,MBL基因突变可导致血清MBL水平低下,影响介导机体免疫的补体激活系统.研究表明,MBL基因多态性在呼吸系统疾病(如肺结核、菌血症、肺损伤、哮喘)、自身免疫疾病(如类风湿关节炎、系统性红斑狼疮)、心血管系统疾病(如动脉粥样硬化、心肌梗死)、肿瘤相关疾病(如慢性肠道炎症、肝炎)、糖尿病的发生发展中起重要作用.
关键词： 甘露聚糖结合凝集素基因 单核苷酸多态性位点 免疫因子 -
Nicastrin启动子区多态性与散发阿尔茨海默病相关性研究
目的 探讨Nicastrin(NCSTN)基因启动子区多态性与散发阿尔茨海默病(sporadic Alzheimer's dis-ease,SAD)发病的关系及其机制.方法 用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)和直接测序的方法对中国北方汉族359例SAD患者和331名正常对照者NCSTN基因启动子区单核苷酸多态性位点(SNP)进行筛查,基因分型后,进行病例对照-相关分析.构建三种不同基因型启动子质粒,通过双荧光报告基因系统检测不同启动子质粒的转录活性.结果 ①中国北方人群中的NCSTN基因启动子区ATG上游2245 bp范围内存在3个SNP:-1216C/A(rs2147471),-796T/G(rs10752637)和-436C/T(rs1324738);②-1216C/A和-796T/G的基因型频率在各自的SAD组和正常对照组中的分布差异有统计学意义;③三种启动子质粒的转录活性差异无统计.结论 NCSTN启动子区SNP:-796T/G和-1216C/A,与SAD的发病具有相关性,但未发现这两个位点具有病理学功能.
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环氧化酶2基因rs689466位点与脑梗死患者阿司匹林抵抗的关系
目的：探讨环氧化酶2（COX-2）基因上的SNP位点和阿司匹林抵抗的关系。方法：150例脑梗死患者纳入本研究。血小板聚集反应通过光透射法测定。血清学指标通过检测空腹静脉血得到。 COX-2基因上的4个SNP通过测序方法进行基因分型。结果：150例患者中，60例被定义为阿司匹林抵抗者。临床指标中，阿司匹林抵抗组的同型半胱氨酸浓度和脑梗死复发频率显著高于阿司匹林反应组。在针对SNP的单变量分析中，rs20417、rs689465和rs689466与阿司匹林抵抗显著相关。多变量分析中，在矫正了其他SNP和临床因素后，rs20417和rs689466依然与阿司匹林抵抗显著相关。结论：在矫正了rs20417的作用后，rs689466仍然与阿司匹林抵抗显著相关。通过联合检测rs689466、rs20417和其他临床因素，能够更好地区分出阿司匹林抵抗者。
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TBX20基因多态性与先天性心脏病的关系
目的:探讨心脏发育相关基因T-box20 (TBX20)的多态性与先天性心脏病(CHD)的关系.方法:从美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库获得TBX20基因序列,并预测多态性候选基因座.收集80例CHD患儿(研究组)和80例健康儿童(对照组)的外周血,提取DNA,进行限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(RFLP-PCR),设计特异性基因引物.对PCR的结果进行分析以鉴定扩增子之间的差异.结果:发现TBX20基因单核苷酸多态性位点(SNP位点)为rs3999950:c.774T＞C(Ala265Ala).研究组TC基因型频率高于对照组,且C等位基因频率亦高于对照组(P＜0.05).TC基因型的优势比(OR)为8.12,表明TC基因型可增加CHD的发病风险.结论:TBX20基因的SNP位点rs3999950可能与CHD有关.
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肌腱膜纤维肉瘤癌基因B型同系物基因的单核苷酸多态性与非综合征型唇腭裂关联研究
目的 揭示位于染色体20q12的肌腱膜纤维肉瘤癌基因B型同系物基因(v-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene homolog B,MAFB)上游单核苷酸多态性位点rs17820943与中国南方汉族人群非综合征型唇腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)发病的相关性.方法 采用引物单碱基延伸、基质辅助激光解析-电离飞行时间质谱分析法检测了300例NSCL/P患者(病例组)和354例健康志愿者(对照组)以及168个完整患儿-健康父母3人核心家系的rs 17820943基因型.并以测定的基因型为基础分别进行病例-对照研究以及患儿-健康父母3人家系研究.结果 rs17820943的等位基因和基因型频率在病例组与对照组间差异均有统计学意义(P等位基因=0.001和P基因型=0.002).其中等位基因T(频率病例∶对照=0.358∶0.448)和基因型TT(频率病例:对照=0.110∶0.195)的比值比(odds ratio,OR)和95％可信区间(95％ confidence interval,95％CI)值分别为ORT=0.69(95％CI:0.55～0.86)和ORTT=0.43(95％CI:0.26～0.70).患儿-健康父母3人家系研究也表明该位点与NSCL/P存在强阳性关联(ORTvs.c=0.55,95％CI:0.41～0.75,传递不平衡检验P=0.000).结论 MAFB基因的rs17820943位点的单核苷酸多态性与中国南方汉族人群的NSCL/P易感性相关,表明MAFB基因可能是NSCL/P的易感基因.
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自然抵抗性相关巨噬细胞蛋白1基因与疾病相关性的研究
人类自然抵抗性相关巨噬细胞蛋白1(NRAMP1)亦称为溶质转运家族11成员1(SLC11A1)具有膜转运蛋白功能,通过转运二价铁离子和其他金属离子使宿主具有抗病菌侵袭能力.NRAMP1基因位点的多态性主要集中于感染性与自身免疫性疾病中.
