构建基于基因的透明细胞肾细胞癌预后预测新模型。
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背景: 透明细胞肾细胞癌 (ccRCC) 占全球肾癌死亡的大部分,其发病率和死亡率并不乐观。确定理想的生物标志物以构建比常规临床参数更准确的预后模型至关重要。 方法: 从癌症基因组图谱 (TCGA) 中获得 RNA 测序数据和临床病理数据的原始计数。肿瘤样本分为两组。在整个集合中筛选差异表达基因 (DEGs),并从训练集中鉴定预后相关基因。他们的共同基因被用于 LASSO 和最佳子集回归,以确定最佳预后 5 个基因。基于个体基因的 Cox 系数开发了基于基因的风险评分。采用时间依赖性受试者工作特征 (ROC) 和 Kaplan-Meier (KM) 生存分析评估其预后能力。使用来自 GEO (Gene Expression Omnibus) 数据库的 GSE29609 数据集验证签名。进行单变量和多变量 Cox 回归筛选独立的预后参数,构建列线图。通过时间依赖性 ROC 曲线和校准图揭示列线图的预测能力,并在验证集中进行验证。最后,对 DEGs 和 5 个新基因进行了功能富集分析,以提示潜在的生物途径。 结果: 筛选出 PADI1 、 ATP6V0D2 、 DPP6 、 C9orf135 和 PLG 与 ccRCC 患者预后显著相关。风险评分在生存分析的基础上,将患者有效地分层为总体生存 (OS) 较差的高危组。经 Cox 回归分析,AJCC 分期、年龄、复发和风险评分作为独立的预后参数,并用于构建列线图。时间依赖性 ROC 曲线显示,与验证集的 AJCC 分期和风险评分相比,列线图在 1 、 3 和 5 年生存率预测中表现最好。校准图显示预测和观察结果之间的列线图具有良好的一致性。功能富集分析提示了几种与癌症相关的富集生物通路。 结论: 在我们的研究中,我们构建了一个基于基因的模型,整合了临床预后参数来很好地预测 ccRCC 的预后, 为临床医生提供可靠的预后评估工具,辅助临床治疗决策。
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Cancer Cell International
CANCER CELL INT
最新影响因子:6.429 | 期刊ISSN:1475-2867 | CiteScore:3.36 |
出版周期:Irregular | 是否OA:YES | 出版年份:2001 |
自引率:1.60% | 研究方向:ONCOLOGY- |
出版地区:ENGLAND |
SCI期刊coverage:Science Citation Index Expanded(科学引文索引扩展)
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Cancer Cell International 期刊简介
英文简介:
Cancer Cell International publishes articles on all aspects of cancer cell biology, originating largely from, but not limited to, work using cell culture techniques. The journal focuses on cancer studies reporting data from biological experiments performed on cells grown in vitro, in two- or three-dimensional systems, and/or in vivo (animal experiments). These types of experiments have provided crucial data in many fields, from cell proliferation and transformation, to epithelial-mesenchymal interaction, to apoptosis, and host immune response to tumors. Cancer Cell International also considers manuscripts reporting translational cancer research studies where in vitro discoveries are bridged to the clinic. As such, Cancer Cell International is interested in laboratory and animal studies reporting on novel biomarkers of tumor progression and response to therapy and on their applicability to human cancers. As an established journal, Cancer Cell International publishes many interesting articles from all over the world. It serves a particular need where wide communication of data is required, especially from countries that have a lower profile than many Western countries in biomedical publishing.
中文简介:(来自Google、百度翻译)
《癌细胞国际》发表了有关癌细胞生物学各个方面的文章,主要来源于但不限于使用细胞培养技术的工作。 该杂志关注癌症研究,报告了在体外、二维或三维系统和/或体内(动物实验)生长的细胞的生物学实验数据。这些类型的实验在许多领域提供了重要的数据,从细胞增殖和转化,到上皮间充质相互作用,到细胞凋亡,以及宿主对肿瘤的免疫反应。 《癌细胞国际》还考虑了报告转化性癌症研究的手稿,在这些研究中,体外发现被桥接到了临床。因此,国际癌症细胞组织(Cancer Cell International)对实验室和动物研究感兴趣,这些研究报告了肿瘤进展和治疗反应的新生物标志物,以及它们对人类癌症的适用性。 《癌细胞国际》作为一本公认的杂志,发表了许多来自世界各地的有趣文章。在需要广泛的数据交流的地方,特别是在生物医学出版方面,比许多西方国家的知名度要低的国家,它满足了特殊的需要。
Cancer Cell International 期刊中科院评价数据
最新中科院分区
大类(学科) | 小类(学科) | 学科排名 |
医学 |
ONCOLOGY (肿瘤学) 3区 |
74/223 |
最新公布的期刊年发文量
年度总发文量 | 年度论文发表量 | 年度综述发表量 |
118 | 108 | 10 |
影响因子趋势图
Cancer Cell International 期刊CiteScore评价数据
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CiteScore排名
序号 | 类别 | 排名 | 百分位 |
1 |
大类(学科):Medicine
小类(学科):Oncology
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#82/325
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2 |
大类(学科):Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
小类(学科):Genetics
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#88/310
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3 |
大类(学科):Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
小类(学科):Cancer Research
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最新评论(不代表本站观点)
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liting7111
审稿时间: 2个月内 接受率: 中等(50%命中)
投稿后,竟然分配了6个审稿人审稿。2020-05-11 -
liting7111
研究方向:肿瘤 乳腺癌
审稿时间: 2个月内 接受率: 中等(50%命中)
10月21号投稿,修了一次,12月10号就接收了,效率还是可以的,就是国人投稿很多。2020-03-01 -
liting7111
研究方向:肿瘤
审稿时间: 3个月内 接受率: 一般容易(75%命中)
我是在6月份投稿的,10月份要求修改,因为其他事情耽误了下,到一月接受了,交完费就出版了,后期速度很快。2020-02-16 -
liting7111
投稿到接受只花了两个月时间,感觉还可以啊。2020-01-28 -
liting7111
接受率: 中等(50%命中)
投稿后初审一个月,小修不到一周就接收了,杂志很给力!2020-01-25 -
liting7111
研究方向:妇科肿瘤
审稿时间: 2个月内 接受率: 中等(50%命中)
因为是英国杂志,要求很严,也很严谨。版面费要1270英镑,挺贵的。投稿后严格按照审稿人意见修改,由于补实验速度比较慢,导致投回时间很长,前后十个月,大修两次补了五个实验,小修五次。2019-07-03 -
liting7111
研究方向:肿瘤
投稿后一审一个月时间,给了小修,修回去意见两个月了,就没消息了,状态一直显示reviews completed,希望能快点接受。2019-06-05
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