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某医院船不同舱室微生物多样性初步研究
目的：应用16S rDNA测序技术分析海军某医院船不同舱室细菌群落结构及其多样性，为医院船潜在感染的监测和控制提供科学依据。方法采用拭子涂抹方法在医院船的12个舱室（ A～L位）共采集样本31份，采用IlluminaHiseq2500高通量测序平台PE250测序策略对样品16S rDNA扩增的V3～V4区域进行测序，并进行物种分类、丰度及多样性等生物信息分析。结果31份样品共产生原始测序数据为1860．64 Mbp，每份样品平均产生54．86 Mbp的clean data序列，各样品检测的Tags数量平均为60000，Unique tags序列数量均值为58364；操作分类单元（ operational taxonomic units ， OTU）数量181～2239。在医院船12个舱室中共检测到26个细菌门纲目等类，216个细菌科，414个细菌属。其中在各级水平分布的优势菌群分别为厚壁菌门（Firmicutes）、葡萄球菌科（Staphylo－coccaceae ）和葡萄球菌属（ Staphylococcus）。在属水平，葡萄球菌属在L位和J位分布多，微球菌属在B位分布多（27．15％），不动杆菌属在K位占优势（23．83％），栖水菌属则主要见于C位。12个舱室两间共有的OTU数量占检测到OTU总数的比例均＜22．3％，其中K位有着高的Chao指数（4711．55）和Shannon－Wiener指数（8．58），及高的Simpson优势度指数（0．9905）。结论医院船菌群构成复杂、多样，以革兰阳性葡萄球菌为优势菌属，并有水生环境中的菌属分布，与陆地医院常见细菌分布存在明显差异，而且各舱室细菌物种丰度及分类也存在明显不同。
关键词： 海军医学 医院船 微生物多样性 Illumina测序 16SrDNA -
非IgA系膜增生性肾小球肾炎患者全基因组miRNA表达谱的特征
目的 了解非IgA系膜增生性肾小球肾炎(MsPGN)患者肾脏组织全基因组微小核糖核酸(miRNA)的表达特征及其作用.方法 分别收集6例非IgA MSPGN患者肾穿组织和6例镜下病理检查正常的肾皮质组织作为MsPGN组和NRC组,运用Illumina高通量测序技术分别对其miRNA表达水平进行检测,分析miRNA的表达差异,运用生物信息学技术初步分析其功能.结果 在两组样本中具有显著性差异表达的miRNA有139种,其中在非IgA MSPGN组中表达上调的有13种,表达下调的有126种;另外还有20种miRNA在NRC组中特异性表达.生物信息学分析显示这些miRNA靶基因与系膜增生有关.结论 非IgA MSPGN患者肾脏组织具有特定的miRNA表达,这些miRNA可能在疾病的发展中具有重要作用.
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Illumina测序技术在母血检测胎儿非整倍体中应用
目的 研究Illumina测序技术在母血中检测胎儿非整倍体的可行性,及其在无创性产前诊断中的应用前景.方法 68例孕12-39周具有产前诊断指征的单胎妊娠孕妇抽取外周血进行离心、提取血浆中游离DNA,运用Illumina Hiseq2000测序技术进行DNA测序及统计分析.结果 68例孕妇通过Illumina测序技术检测出3例21三体,2例18三体、1例13三体及1例47,XYY.因为濒死胎儿羊水脱落细胞活力极低而致羊水培养失败,传统型染色体核型分析未检测出1例21三体.结论 Illumina测序作为一种无创性产前诊断技术,可准确地筛查21、18、13、X、Y等染色体非整倍体异常,具有安全、准确率高及假阳性率低的优点,值得临床推广.
关键词： Illumina测序 无创性产前诊断 非整倍体 胎儿 -
Illumina 测序在无创性检测胎儿性染色体非整倍体的应用
目的：探讨应用 Illumina 测序技术对孕妇血浆胎儿游离 DNA 进行无创性胎儿性染色体非整倍性检测的可行性和准确性。方法对3200名传统产前筛查异常、既往有唐氏儿分娩史及高龄孕妇等采集外周血，采用Illumina 测序技术检测母体血浆胎儿游离DNA ，分析胎儿性染色体的非整倍性信息。对测序提示胎儿性染色体数目异常的，进行遗传咨询，对其中自愿行介入性产前诊断的，行羊水常规染色体核型分析。结果3200例样本中测序方法共检出20例性染色体非整倍体，其中12例接受了羊膜腔穿刺术，7例与 G 带核型分析结果一致，包括1例45，X，4例47，XXX，1例47，XYY，1例45，X[13]／46，XX[37]，其余4例 G 带核型正常，1例47， XN ，＋mar。结论孕母血浆游离 DNA Illumina 测序可对性染色体非整倍体胎儿进行无创性产前检测，但存在假阳性，还需要进一步完善检测技术和分析方法以提高检测准确率。
关键词： Illumina测序 无创性产前诊断 胎儿游离DNA 性染色体非整倍体 -
IgA肾病患者全基因组miRNA表达谱的特征及其染色体分布
目的:调查研究IgA肾病(IgA-N)患者全基因组miRNA的表达及其编码基因的染色体分布特征.方法:运用Illumina高通量测序技术分别对6例IgA-N患者肾活检组织和6例肾癌患者癌旁正常组织的全基因组miRNA表达水平进行检测,比较分析两组miRNA的表达差异,并对其编码基因的染色体分布情况进行分析.结果:在两组样本中共检测到370种具有显著性差异表达的miRNA,共同表达的miRNA有249种(在IgA-N组中53种表达上调,196种表达下调),另外还有4种和117种miRNA分别特异性表达于IgA-N组和对照组.两组样本miRNA基因表达的染色体分布趋于一致,染色体1、7、9、14、17和X对疾病的贡献值较高.结论:IgA-N患者肾脏组织具有特定的miRNA表达谱和染色体分布特征.染色体7、17、X可能在IgA1糖基化异常过程中起重要作用.
关键词： 微小RNA IgA肾病 表达谱 Illumina测序 -
非酒精性脂肪肝与酒精性肝病大鼠肠道菌群比较研究
目的 观察非酒精性脂肪肝与酒精性肝病模型大鼠肠道菌群结构变化.方法 以高脂饲料(HFD)和酒精液体饲料(LD)分别构建非酒精性脂肪肝和酒精性肝病模型.30只雄性Wistar大鼠随机分成3组,每组10只,按喂养饲料分别分为正常组、HFD组和LD组,喂养6周后解剖取肝脏,检测各组大鼠肝脏病理学改变;收集各组大鼠粪便,提取粪便脱氧核糖核酸进行Illumina MiSeq测序,检测肠道菌群变化.结果 肝脏苏木精-伊红染色结果显示,HFD组及LD组大鼠肝脏细胞出现明显脂肪变性病理改变;油红O染色结果显示,HFD组及LD组大鼠肝细胞内大量脂肪沉积.测序结果显示,与正常组相比,HFD组和LD组大鼠菌群多样性明显下降,差异具有统计学意义(P＜0.05或P＜0.01).主成分分析结果显示,各组之间群落结构存在明显差异,在门水平上,LD组硬壁菌门相对丰度水平明显高于HFD组(P＜0.05);在属水平上,LD组大肠埃希菌-志贺菌属、理研菌科RC9_gut_组相对丰度低于HFD组,而瘤胃球菌属1的相对丰度高于HFD组(P＜0.05或P＜ 0.01).组间群落差异分析结果显示,HFD组理研菌科、梭杆菌科、巴斯德氏菌科和气球菌科的相对丰度显著高于LD组,瘤胃球菌科_NK4A214组、理研菌科RC9_gut_组、另枝菌属、Marvinbryantia、梭杆菌属、帕匹杆菌属、巴斯德氏菌属、厌氧棍状菌属及格鲁卡比氏菌属等在HFD组中相对丰度较高,而瘤胃球菌属1、毛螺菌科NK4A136组及拟普雷沃菌属在LD组中相对丰度较高.结论 非酒精性脂肪肝与酒精性肝病大鼠肠道菌群均处于紊乱状态,且两者存在一定差异.
关键词： 非酒精性脂肪肝 酒精性肝病 肠道菌群 Illumina测序 -
中药骨康治疗绝经后骨质疏松症后全基因组miRNA表达谱研究
目的 研究绝经后骨质疏松症(PMOP)及中药骨康治疗后全基因组微小RNA(miRNA),探讨miRNA表达紊乱与中药治疗PMOP之间的关系.方法 提取血浆样本总RNA,应用Illumina高通量测序技术对假手术组、PMOP模型组、骨康方治疗组SD大鼠血浆样本中的miRNA表达水平进行检测,分别比较其miRNA表达的差异.结果 PMOP样本与假手术对照样本之间差异表达的miRNA共829种,其中383种miRNA在PMOP组呈表达上调(17种显著上调),446种呈表达下调(37种显著下调);骨康方治疗组与PMOP对照样本之间差异表达的miRNA共617种,其中192种miRNA在骨康治疗PMOP组呈表达上调(41种显著上调),425种呈表达下调(31种显著下调).结论 多种miRNAs在PMOP以及中药治疗后的血浆样本中异常表达,提示它们可能在PMOP发生发展以及中药治疗中起重要的调控作用.
关键词： 绝经后骨质疏松症 微小RNA Illumina测序 -
Illumina测序16S rRNA标签法分析细菌性阴道病患者阴道菌群多样性
目的 从菌群总体角度分析和比较健康育龄期女性和细菌性阴道病(BV)患者阴道菌群差异.方法 采集临床Amsel标准及Nugent评分筛选的37例BV患者及37例健康育龄期女性阴道穹窿分泌物标本,提取总基因组DNA,对16S rRNA V6区基因进行扩增,所有扩增的PCR产物经Illumina测序后,通过BIPES、UCHIME、TSC、GAST终得到样品的物种信息.结果 健康育龄期女性阴道分泌物乳酸杆菌占95％以上,单独以惰性乳酸杆菌或卷曲乳酸杆菌为主,或者两者比例相当,同时存在少量加德纳氏菌属,颗粒链球菌属,链球菌属,普氏菌菌属,埃希氏杆菌属和其它菌属；30例BV患者阴道菌群Alpha多样性明显增加(P＜0.001),Beta多样性也发生了明显变化,表现为乳酸杆菌明显减少,其相对比例从45％到1％(24例),以惰性乳酸杆菌为主,部分患者(6例)甚至未检出,同时加德纳氏菌属,普氏菌菌属,颗粒链球菌属,厌氧球菌,微单胞菌属,Peptoniphilus.harei,消化链球菌属,戴阿李斯特杆菌属等相对丰富度增加,不同于既往研究的是7例BV患者以少见的格氏乳杆菌,嗜酸乳杆菌为优势菌群,约占75％～50％.结论 健康育龄女性阴道菌群以乳酸杆菌占绝对优势,单独以惰性乳酸杆菌或卷曲乳酸杆菌为主,或者两者相当,并与多种微生物并存；大部分BV患者阴道菌群表现为乳酸杆菌显著减少甚至缺失,小部分BV患者以少见的格氏乳酸杆菌、嗜酸乳酸杆菌为优势菌群.
关键词： Illumina测序 BIPES 细菌性阴道病 阴道菌群 16S rRNA -
急性髓性白血病全基因组miRNA表达谱研究
目的：通过比较微小RNA（miRNA）在急性髓性白血病（AML）与对照组骨髓样本中的表达情况，发现在AML中异常表达的miRNA。方法提取骨髓样本总 RNA ，应用Illumina高通量测序技术对15例 AML患者（AML组）和10例骨髓象正常的贫血或发热原因待查患者（对照组）骨髓样本中的miRNA 表达水平进行检测，分析比较二者miRNA表达的差异。结果 AML 样本与对照样本间差异表达的 miRNA 共307种，其中232种miRNA在AML组呈表达上调，75种miRNA呈表达下调。结论多种miRNA 在AML患者的骨髓样本中异常表达，提示它们可能在AML发生和发展过程中起重要调控作用。
关键词： 急性髓性白血病 微小RNA Illumina测序 表达谱 -
Illumina测序技术在母血检测胎儿非整倍体中的应用
目的 探讨Illumina无创测序技术检测孕妇外周血中的胎儿游离DNA,在胎儿染色体非整倍体的无创产前检测的应用价值.方法 选择2011年4月至2013年4月在贵阳医学院附属医院贵州省产前诊断中心就诊孕妇2200人,孕周为12～30周,高龄妊娠、血清学高危和(或)超声提示胎儿异常等,抽取孕妇外周血,提取DNA,制备文库,应用Illumina Hiseq2000高通量测序,对母血中游离DNA进行测序分析,对阳性结果进行羊水穿刺或脐血穿刺行染色体核型分析;对阴性结果进行随访,对新生儿外周血进行染色体核型分析.结果 2200名孕妇的游离DNA检测结果为阳性31例,其中21三体14例,18三体4例,13三体5例,4号三体1例,45,X3例,47,XXX 4例;所有阳性结果均经羊水穿刺或脐血穿刺行染色体核型分析,其中21三体、18三体、4号三体符合率100％,13三体有1例不符合,45,X有1例不符合,47,XXX有2例不符合,其中1例经核型证实来源于孕妇,孕妇本身为47,XXX;所有阴性结果均在随访时行外周血染色体核型分析,检测出易位19例、倒位24例、多态20例.结论 Illumina无创测序技术适合用于胎儿非整倍体检测,对染色体易位、倒位、多态等不具有检出作用,在性染色体非整倍体的检出率上还有待加深测序深度,提高检出率.
关键词： Illumina测序 无创性产前诊断 非整倍体 胎儿
