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贝类奥尔森派琴虫实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用
目的 建立一种快速、灵敏、特异的用于检测贝类奥尔森派琴虫的实时荧光定量PCR方法. 方法 根据基因库中奥尔森派琴虫的基因保守序列,设计合成1对引物和1条TaqMan探针,建立荧光定量PCR方法,对采自广西沿海的49份贻贝标本进行检测,并与常规PCR比较. 结果 建立的荧光定量PCR方法灵敏度可达20个拷贝,比常规PCR灵敏度高100倍.49份贻贝标本的阳性率为16.3%,检测的奥尔森派琴虫基因组DNA含量为2.38×106~9.21×102拷贝/μl. 结论 建立的荧光定量PCR方法可以用于贝类奥尔森派琴虫感染的快速检测.
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奥尔森派琴虫和北海派琴虫ITS基因测序及同源性分析
通过设计能扩增奥尔森派琴虫和北海派琴虫ITS序列的特异性引物，对我国东南沿海8个地区养殖牡蛎中常见的两种派琴虫相应基因进行扩增、克隆和测序，并进行同源性分析。国内不同地区奥尔森派琴虫ITS序列的同源性超过99.3%，与国外分离株的同源性也在98.8%以上；种间同源性分析发现，奥尔森派琴虫与海水派琴虫和P.honshuensis的同源性较高，分别为94.2%和95.0%，与P.qugwadi的同源性低，仅62.9%。深圳和三亚分离的北海派琴虫ITS序列有18个碱基存在差异，其中ITS-1有3个碱基差异，ITS-2有15个碱基差异，而5.8S高度保守，没有碱基差异；北海派琴虫与其他种类之间的差异主要表现在ITS-1和ITS-2区域；同源性比较发现，北海派琴虫的同源性在100%-97.9%之间，其中深圳北海派琴虫的同源性较低，为97.9%。种间同源性分析表明，北海派琴虫与奥尔森派琴虫的同源性较高，为89.4%，其次为海水派琴虫和P.honshuensis，与P.qugwadi同源性低，仅71.9%。
