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VP4区文献资料
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北京市西城区手足口病柯萨奇病毒A5型VP4区基因特征分析
目的 分析2009年北京市西城区手足口病柯萨奇病毒A5型(CoxA5)的VP4区基因特征,了解其变异情况.方法 采集手足口病患儿咽试子,提取病毒RNA,用肠道病毒VP4区分型引物进行半巢式RT-PCR(RT-nPCR),通过测序和GenBank Blast比对确定肠道病毒型别,并对其VP4区进行序列和进化分析. 结果 共鉴定出5株CoxA5,GenBank登录号为JN981017- JN981021.在VP4区,5株CoxA5与中国株HQ728261核苷酸及氨基酸序列同源性分别为96％～99％和98％～100％.进化分析表明,5株CoxA5与中国株HQ728261遗传距离为0.005～0.045,共同构成一个独立的进化树分支.5株CoxA5在VP4区无氨基酸的缺失和插入,未发现特有的氨基酸置换. 结论 2009年北京市西城区手足口病病原体CoxA5VP4区与中国株HQ728261在进化上密切相关,其序列未发生明显变异.
