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H9N2禽流感病毒血凝素蛋白的主要特性及B/T细胞抗原表位预测分析
目的 应用生物信息学方法分析人源和禽源H9N2禽流感病毒血凝素蛋白(hemagglutinin,HA)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位. 方法 以H9N2禽流感病毒HA蛋白的氨基酸序列一级结构为基础分析其保守性,采用ProtParam预测H9N2禽流感病毒HA蛋白的理化特性,SOPMA预测其二级结构,MotifScan预测翻译后修饰位点,DNAStar分析其序列的亲水性指数、柔韧性指数、可及性参数以及抗原指数并推测B细胞抗原表位的可能位置,采用SYFPEITHI的T细胞表位预测工具分别预测CTL和Th细胞表位. 结果 人源和禽源H9N2禽流感病毒HA蛋白氨基酸序列分别有90和75个变异位点,其中有38个突变位点与氨基酸置换均相同,有14个突变位点相同但氨基酸置换不同.人源和禽源毒株中还各有38和23个特异性突变位点.HA蛋白存在多个糖基化、酰胺化及磷酸化等翻译后修饰位点.除了蛋白激酶C磷酸化位点外,其他类型的翻译后修饰位点在人源和禽源毒株中均有一些变化.经综合各种单参数,HA蛋白均为亲水性蛋白.人源和禽源H9N2禽流感病毒HA蛋白含有4个B细胞表位,8个CTL细胞表位和6个Th细胞表位,以人源和禽源的B细胞和Th细胞表位差异较大,而CTL细胞表位有部分序列相同. 结论 人源和禽源H9N2禽流感病毒HA蛋白的氨基酸序列有一定差异,其B/T细胞抗原表位的不同,可为H9N2禽流感病毒疫苗的研制提参考.
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滁州市首例人感染H9N2禽流感实验室诊断及病毒序列分析
目的 对于滁州市首例人感染H9N2病例应用real-time pcR和病毒测序等方法开展实验室诊断并对于分离毒株基因序列进行分析.方法 采集人感染H9N2禽流感患者咽拭子标本,并提取病毒RNA,采用real-time pcr的方法进行检测,并从国家流感中心序列数据库中获取全基因组序列信息.结果 real-time pcr结果表明流感甲型通用引物扩增阳性,季节性流感H3、H1N1、H1N1pdm、乙型流感、禽流感H7和H5亚型引物扩增均为阴性,H9N2流感病毒引物特异性扩增为阳性.结论 患者呼吸道标本中存在H9N2禽流感病毒,且病毒的外部基因与同期禽间流行的H9N2病毒高度同源.
