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与人遗传病相关的DNA重复序列的体外核小体定位特性
目的 研究与人遗传病相关的DNA重复序列的体外核小体定位.方法 构建含有(GAA)42、(ATTCT)43、(GCCT)18和601序列的重组质粒,体外利用盐透析将质粒与组蛋白八聚体组装形成染色质结构,微球菌核酸酶消化后,用琼脂糖凝胶电泳分析染色质的结构.结果 含有ATTCT重复序列的质粒较含GAA重复序列质粒在体外易于形成核小体.结论 在重组质粒中,由于引入的重复序列片段形成核小体能力的不同会影响其局部染色质结构.
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人类CD4+T细胞中核小体定位与DNA甲基化的分布特征研究
目的 研究人类CD4+T细胞中核小体定位与DNA甲基化位点的分布特征,探讨二者的相关性以及在基因表达过程中的作用机制.方法 通过生物信息学匹配算法及分析方法,采用Perl语言和R语言进行编程,使用SAM进行差异表达基因筛选,通过David软件进行功能注释,研究人类CD4+T细胞中核小体定位和甲基化位点的分布特征以及二者在基因表达中的作用.结果 研究发现人类基因组7个分区中,核小体的甲基化水平在激活状态时呈下降趋势,在甲基化核小体定位的甲基化水平发生了明显的改变,与核小体定位模式密切相关.结论 核小体定位和甲基化在基因组定位上具有协同关系,在基因表达调控中发挥着重要作用.
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人类CD4＋T细胞核小体定位模式及其与TFBS分布特征关系研究
目的：研究人类CD4＋T细胞全基因组核小体抑制和激活状态下的定位模式，转录因子结合位点（ Transcription factor binding site ， TFBS）分布特征以及两者之间的关系。方法采用生物信息学软件R、Java等通过编写比对算法进行统计学分析。结果人类CD4＋T细胞中核小体定位在染色质上的分布比例为0.6，从休眠到激活状态核小体定位发生位置改变，呈现稳定定位模式和动态定位模式，且比例分别为2％和98％，核小体定位具有较大的动态变化性；核小体定位与TFBS位置关系研究中，发现分布在核小体内的TFBS数目较大，但总体长度较短；而分布在连接DNA上的TFBS数目相对较少，但总体长度较长。结论人类CD4＋T细胞休眠和激活状态下全基因组的核小体定位模式基本一致，核小体定位与TFBS关系有明显特征。
