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PCBP2基因座位上长非编码RNA的筛选与鉴定
目的 从EST鉴定人手利用生物信息学方法筛选验证PCBP2基因内部UC.338基因座位附近的长非编码RNA.方法 首先利用生物信息学方法筛选包含内含子转录区域的ESTs,经CPC分析和统计学比较,共筛选到4个(人、鼠各两个)可能的lncRNAs,用PCR方法进行鉴定,克隆到pGEM-T载体测序验证,并用PCR,real-time PCR的方法检测各ESTs在人源细胞系或小鼠不同组织,小鼠发育不同时间点大脑中的表达谱.结果 筛选到4个ESTs中有3个ESTs均具有一定的非编码特征,并终测序正确:1个人源,2个鼠源,并且其中有些lncRNAs具有一定的细胞、组织特异性,有些lncRNAs具有广谱表达模式.结论 使用了一种新的寻找lncRNAs的方法,从EST鉴定入手,对现有数据库进行了挖掘.找到了可能在小鼠大脑发育过程中起作用的lncRNAs.
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美洲钩虫第三期幼虫Cdna库的构建及分析
[目的]构建美洲钩虫cDNA库从而获得该钩虫的基因结构信息以便从中寻找目的基因.[方法]从美洲钩虫第三期幼虫中提取mRNA,以mRNA为模板合成cDNA并连接入载体λZAPⅡ以构建cDNA库,随机从该cDNA库中挑选单克隆进行测序获得EST并与基因库中现有基因进行比较推导其编码蛋白.[结果]成功地构建了美洲钩虫cDNA库,未扩增库的滴度为1×107,插入基因片断的大小为750～3000bp.,库的重组率高,并从库中获得11个EST序列,其中7个与现有基因库中的某些功能蛋白有同源性.[结论]首次构建了代表性较高的美洲钩虫cDNA库并从中鉴定出某些功能基因.
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滇重楼全长cDNA文库的构建及初步分析
目的:构建滇重楼全长cDNA文库,为进行滇重楼生长发育相关基因及次生代谢产物合成途径相关基因的研究奠定基础.方法:改良Trizol法提取滇重楼根茎总RNA,通过SMART(switching mechanism at 5'end of RNAtranscript)构建全长cDNA文库,测定分析文库滴度、重组率及插入片段大小,对文库进行随机测序并通过Blastx分析后在GenBank中进行同源性检索和功能预测.结果:文库的库容为2.5×107 cfu/mL,文库重组率98.5％,插入片段大小平均为1.5 kb.随机挑取192个单克隆测序,其中有149条ESTs(Expressed Sequence Tags),其中9条序列与生长发育有关,5条序列与滇重楼次生代谢产物的合成、运输与代谢有关.结论:利用SMART技术成功构建了滇重楼全长cDNA文库,该文库库容量大、重组率高且插入的cDNA片段较长,可以满足滇重楼功能基因的鉴定、筛选及表达调控研究.
