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福建一例HAstV-5型星状病毒的全基因组测序与重组分析
为了探究一例福建省检出的HAstV-5型星状病毒2013/Fuzhou/85毒株基因组分子结构特点,本研究采用PCR分段扩增、测序、拼接的方法,获得2013/Fuzhou/85毒株基因组序列全长6 803bp:5'端和3'端均有85bp非编码区;中间3个开放阅读框:ORF1a长2 802bp(86～2 887nt),编码非结构蛋白丝氨酸蛋白酶;ORF1b长1 548bp(2 827～4 374nt),编码非结构蛋白RNA聚合酶;ORF2长2 352bp(4 367～6 718nt),编码结构蛋白衣壳蛋白前体.目前,GenBank中仅有两株HAstV-5型星状病毒全基因组序列:中国辽宁毒株(JQ403108)和巴西哥亚尼亚毒株(DQ028633),2013/Fuzhou/85毒株和中国辽宁毒株核苷酸相似度高,达94.4％.对该HAstV-5型星状病毒3个开放阅读框分别构建系统进化树,发现ORF1a与HAstV-1 (JF327666)相似度高,ORF1b和ORF2与HAstV-5 (JQ403108)相似度高,提示其有可能存在重组,用Simplot软件进行重组分析,重组位点位于2 741bp,在ORF1a和ORF1b重叠区的上游.本研究中对2013/Fuzhou/85毒株的全基因组测序和重组分析,可以为星状病毒的重组和遗传进化规律研究提供参考.
关键词： 星状病毒(AstV) 全基因组 系统进化分析 重组 -
江苏省南京市和无锡市两地首次检出入星状病毒HAstV-1a基因亚型
了解江苏省南京市和无锡市两地夏秋季急性胃肠炎人星状病毒(HastV)的基因亚型.收集2015～2016年6～11月江苏省南京市和无锡市两地夏秋季急性胃肠炎患者粪便标本,采用real-time RT-PCR法检测粪便中HAstV的病毒核酸,对阳性标本ORF2区进行RT-PCR扩增及测序,与GenBank公开的序列进行比对,分析基因亚型情况.江苏省南京市和无锡市两地夏秋季急性胃肠炎HAstV感染的比例为15.26％,其中50％为合并其它急性胃肠炎病毒感染,HAstV感染以秋季流行为主,包含HAstV-1a(group 2)亚型和HAstV-4c基因亚型,并且这2个亚型在两地均有分布.HastV在婴幼儿人群中感染率较高;HAstV-1a亚型为在江苏省南京市和无锡市两地首次发现及报道的亚型,可能为欧美输入性毒株,本研究为进一步了解国内HAstV分子流行特征提供依据.
关键词： 星状病毒(AstV) 人星状病毒(HAstV) 急性胃肠炎 ORF2 基因亚型
