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系统进化树及同源性分析文献资料
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北京脓毒症患儿血清中发现的3型人副肠孤病毒的全基因组序列分析
3型人副肠孤病毒(Human parechovirus 3,HPeV3)是2004年发现的与儿童脓毒症密切相关的一种病原体.HPeV基因组是不分节段的单股正链线性RNA.测定其全基因组序列有助于了解北京儿科患者中流行的HPeV3的遗传背景和进化地位.方法采用将一名脑脊液和血清中HPeV3核酸检测均为阳性的脓毒症患儿(编号:BJ-C3174)的血清标本接种到细胞后从培养上清中检测到HPeV3核酸,随后分段扩增HPeV3 BJ-C3174株的全基因组序列,并进行序列测定、拼接及分析.结果表明BJ-C3174株基因组全长(未包括3'末端的PolyA尾)7 329个核苷酸(nt),其中5 '和3'编码区(UTR)分别长707 nt和91 nt,编码区长6 531 nt,可编码一个长为2 177个氨基酸的多聚蛋白.BJ-C3174病毒株与已发表的HPeV3型病毒株位于同一进化分枝,而与HPeV8、HPeV6和HPeV1等型别进化距离较远.BJ-C3174株与德国HPeV3 BONN-2株亲缘关系为密切,两者核苷酸相似性达到99.3％,氨基酸相似性达到99.8％,均高于其与HPeV3原型株A308/99的相似性(89.6％和98.6％).各基因片段中,BJ-C3174株均与BONN-2株相似性高,核苷酸和氨基酸相似性分别达到98.3％和99.3％以上.未发现BJ-C3174株存在基因重组现象.
关键词： 3型人副肠孤病毒 全基因组 系统进化树及同源性分析
