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点带石斑鱼神经坏死病毒基因组分析
[目的]准确诊断发生在福建南部点带石斑鱼育苗场的鱼病.[方法]根据基因库中已报告的石斑鱼NNV核苷酸序列,设计了8对特异性引物,用于扩增点带石斑鱼NNV的RNA1和RNA2特定片段.PCR扩增产物经琼脂糖电泳确认后进行核酸测序,用相应软件进行拼接,得到点带石斑鱼NNV基因组全序列.用DNAstar软件对该序列进行分析,得到相应的氨基酸序列.[结果]该病毒的RNA1含有一个编码依赖RNA的RNA聚合酶(RNA-dependant RNA polymerase,RdRp)的开放阅读框(ORF)为2949nt,编码1个由982个氨基酸组成的蛋白质;RNA2的ORF为1017nt,编码1个由338个氨基酸组成的病毒主衣壳蛋白.将这些核苷酸序列以及推导的氨基酸序列与基因库中同属于罗达病毒科(Nodaviridae)的其他罗达病毒进行同源性比较,该病毒与其他已知的石斑鱼NNV的同源性高.系统发育进化分析也表明,点带石斑鱼NNV与其他石斑鱼NNV亲缘关系很近,同属于赤点石斑NNV血清群,与其他β罗达病毒有一定的距离,与α罗达病毒则有明显的不同.[结论]福建南部个别点带石斑鱼育苗场的石斑鱼感染了神经坏死病毒.
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逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)检测石斑鱼神经坏死病毒方法的建立和应用
神经坏死病毒是导致石斑鱼等多种海水鱼类暴发性传染病的致病原.根据石斑鱼神经坏死病毒编码核衣壳蛋白的RNA2基因组序列设计的一对特异性引物,用来扩增其中的421bp病毒核酸片段.比较了酚-氯仿法、试剂盒法等3种RNA抽提的方法对神经坏死病毒的核酸抽提效果,结果表明3种方法均适合于RT-PCR方法.实验证明在cDNA过程中,RNA酶抑制剂并非反应所必需.对RT-PCR过程进行了条件优化,建立了一步法的RT-PCR检测方法,在网箱养殖石斑鱼以及育苗场的病鱼检测实践中获得满意效果.
关键词： 石斑鱼 神经坏死病毒 逆转录聚合酶链式反应
