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精细定位和克隆9p21-22区域内鼻咽癌候选抑瘤基因
目的:进一步精细限定鼻咽癌9p21-22区域等位基因杂合性丢失的频率和范围,筛选和克隆其共同缺失区内鼻咽癌相关的候选抑瘤基因.方法:应用11个定位于9p21-22区域的高密度微卫星位点,检测25例低分化鼻咽癌患者的杂合性丢失,确定其共同缺失区;用RT PCR和Northern筛出在鼻咽癌细胞株HNE1和鼻咽癌活检组织中表达下调的、定位于共同缺失区内的3'末端ESTs(ExpressSequenceTags);采用RACE技术和生物信息学资源克隆出候选EST的全长cDNA.结果:25例患者中有17例(68%)存在一个或多个位点的杂合性丢失,其中D9S161(35.0%,7/20),D9S1678(31.5%,6/19),D9S263(33.3%,6/18)和D9S1853(33.3%,7/21)四个紧邻位点的丢失频率相对较高,并发现六位患者在该四个位点表现为连续性缺失;筛选D9S161～D9S1853区域内25个代表新基因的3'末端ESTs序列,发现一个EST(dbEST:208825)在鼻咽癌细胞株HNE1及73%(11/15)的活检组织中表达降低,MultipleTissueNorthern(MTNTM)Blots杂交结果显示该EST在心、脑组织中存在大小约2.4kb和3.5kb的两个转录本.通过测定包含该EST的cDNA克隆,获得该新基因(命名为NAG 6基因)2.4kb转录本的全长cDNA(GenBank登录号:AF149298).结论:鼻咽癌染色体9p21-22区域D9S161 D9S1853位点之间(2.7cM)是鼻咽癌患者的一个较小共同缺失区,定位于该区域内的新基因NAG 6可能是一个与鼻咽癌相关的候选抑瘤基因.
关键词： 鼻咽癌 染色体9p21-22 杂合性丢失 抑瘤基因 克隆
