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我国人用狂犬病疫苗株病毒糖蛋白生物信息学分析
目的 测定我国人用狂犬病疫苗株4aGV、CTN-1V和PV2061株病毒糖蛋白G基因序列,并对其进行生物信息学分析.方法 RT-PCR扩增3株病毒糖蛋白G基因,分别克隆至pGEM-T载体中,转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆,进行测序.应用DNAstar MegAlign软件分析3株病毒糖蛋白的同源性,AntheProt 5.0及DNAstar Protean软件分析3株病毒糖蛋白的结构及潜在B细胞抗原表位的差异.结果 4aGV、CTN-1V和PV2061株病毒均属基因Ⅰ型狂犬病病毒；其糖蛋白G区基因同源性为76.0％～88.4％,G区ORF基因同源性为84.4％～91.5％,氨基酸序列同源性为90.5％～92.2％；3株病毒糖蛋白前19位氨基酸中均存在潜在信号肽结构,其中第19位氨基酸为三者潜在信号肽断裂位点,第17位氨基酸为4aGV株病毒糖蛋白潜在信号肽断裂位点；3株病毒糖蛋白分别在第463～476、464～475及463～475位氨基酸存在潜在可折叠螺旋的疏水性区域,为明显跨膜区域；4aGV、CTN-1V和PV2061株病毒糖蛋白氨基酸残基均富含潜在α螺旋、β折叠及卷曲结构,其比例分别为30％、31％、39％,28％、30％、41％和29％、30％、41％,易发生扭曲、折叠,形成丰富的二级结构；3株病毒糖蛋白潜在B细胞抗原表位位置与数量相似.结论 已对3株人用狂犬病疫苗株G基因进行了全面生物信息学分析,为完善我国人用狂犬病疫苗生产用毒种的质控标准提供了支持.
