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4种古DNA抽提方法效果比较
目的:寻找到一种简便、快速、可靠、有效的古DNA抽提方法.方法:选择基于硅粒法和硅离心柱法的四种抽提方法(方法A:Modified Silica Particles Method;方法B:Ceneclean Method;方法C:QIAamp Method;方法D:Modified QIAquick method))分别抽提5个距今约4 000年的古绵羊线粒体DNA(mtDNA),并进行PCR扩增,通过琼脂糖凝胶电泳观察扩增成功与否,根据扩增成功率判断抽提方法的优劣.结果:4种方法的扩增成功率从20%～100%,基于硅离心柱法的抽提效果(60%,100%)明显的优于基于硅粒法(20%,40%),其中Modified Silica Particles Method的效果差(20%),Modified QIAquick Method的效果好(100%).结论:Modified QIAquick Method方法使用Centricon(R)超滤管浓缩DNA抽提裂解液,结合硅离心柱进行DNA纯化,能有效去除PCR抑制物,同时得到较好的古DNA模板.
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内蒙古朱开沟遗址古代居民线粒体DNA分析
目的:探讨内蒙古朱开沟古代居民的遗传关系.方法:对9例保存较好的个体牙齿的线粒体基因组的高可变一区进行扩增和测序,与内蒙古饮牛沟古代人群及现代亚洲人群对比进行系统发育分析,并推测单倍型类群归属.结果:获得7例朱开沟遗址古代居民线粒体基因组高可变一区364 bp的序列,共检测出15个突变位点,界定7种单倍型,并归属到单倍型类群.结论:朱开沟古代居民在母系遗传上与其后的饮牛沟墓地古代居民及现代内蒙古地区人群关系密切,内蒙古中南部地区人群母系遗传结构具有连续性.
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古DNA提取技术新进展
古DNA是揭示古代生物生长状态以及生物千百万年来进化情况的重要的信息载体,在治疗人类遗传性的疑难病症及牲畜饲养和粮食作物种植等方面都有重大的贡献.古DNA提取技术作为获得该重要的信息载体的重要手段,长久以来受到了世界各地的考古学家以及医学研究学者们的高度重视.随着科学的发展,古DNA提取技术已经形成多种核心方法:Chelex-100法、酚-氯仿抽提法、二氧化硅(硅粒)法、NaOH法、硅离心柱法试剂盒、磁珠法试剂盒等方法.本文将根据新的研究成果对以上提到的几种方法进行分析比较,以期能够为将来古DNA提取技术的发展创新提供新的思路与方向.
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古人类骨骼DNA降解影响因素分析
古DNA是古代人类重要的遗传信息载体,已用于人类起源、进化、族群特征、迁移、古代人类疾病等方面的研究,由此导致了分子考古学的兴起. 由于骨骼组织独特的结构和物理特性,其常常被选作较理想的古DNA研究组织样品. 在长期的埋藏和暴露过程中,受外界物理因素、化学因素、酶解及微生物侵染等作用,古人类骨骼DNA分子将发生一定程度的降解. 通过分析骨骼组织结构及其物理特性,探讨了骨骼组织的保存及影响其分解的环境因素,阐述了骨骼无机相羟基磷灰石与有机胶原质形成的嵌合结构对DNA片段的吸附保护作用. 在分析DNA分子的特点和稳定性的基础上,探讨了水解反应、氧化反应、酶解及微生物分解作用对古DNA分子造成的降解,研究了温度、湿度、pH值、微生物等环境因素对古DNA降解速率的影响. 在此基础上,分析了在不同条件下古DNA仍得以幸存的年代范围,提出了有利于古DNA保存的环境条件,从而为古DNA样品保存、研究取样、提取及真实性评估提供理论依据.
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考古样品中Amelogenin同源基因的提取和检测
目的利用人类性染色体Amelogenin同源基因在X、Y染色体上序列长度的差异,选择设计引物,对考古样本进行古DNA性别信息研究.方法采用苯酚/氯仿-二氧化硅-超滤离心方法提取东岭墓葬群殉人骨骼、牙齿古DNA,PCR扩增,非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)分离和检测古DNA扩增片段.结果8个墓葬16个样品中有7个样品出现阳性扩增检测,目标基因片段清楚,男性为二条带(X、Y),女性为一条带(X),牙齿样品检测成功率优于骨骼样品.结论改进的苯酚/氯仿-二氧化硅-超滤分离法是较好的古DNA提取方法,具有降低PCR抑制剂、消耗成本低和提取成功率高等特点.基于人类X、Y染色体Amelogenin同源基因的古DNA性别分析方法可成为分子考古重要的技术方法.
关键词： Amelogenin基因 古DNA 分子性别鉴定 分子考古
