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运用高通量RNA测序探讨绝经后骨质疏松与免疫功能的关系
目的：探讨绝经后骨质疏松与免疫功能的关系。方法选取6例符合要求的绝经后病人，3例骨质疏松患者为实验组，3例非骨质疏松者为对照组。双能X线吸收仪测定骨密度。空腹抽取肘静脉血适量，提取外周血单个核细胞RNA。 Nanodrop分光光度计及琼脂糖电泳对RNA进行质检，构建RNA文库。用 Illumina Hiseq2000平台测序，对数据进行统计，寻找差异表达基因，并且对这些差异表达基因进行功能富集分析。结果根据差异分析P＜0．05阈值筛选两组的差异基因，这些差异表达基因功能富集显示，大多集中在与免疫相关的信号通路上，如防御反应（ IL－15， IL－1 RAP，TNFAIP6，TNFRSF4，IL－2RA，IL－8等），免疫反应（CD8A，CD8B，IL－15，TNFRSF13C CD79B，CD14等），炎症反应（IL－15，CD24，TLR10，TN－FAIP6等），白细胞活化（IL－8，CD8A，CD8B等）和淋巴细胞活化（CD3G，CD8A，CD8B，THEMIS，KIR2DS4，KIR3DL1等）。结论绝经后骨质疏松的发生与患者的免疫功能改变有一定的关系。
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基于RNA测序研究过表达AJUBA对T47D基因表达谱的影响
目的 探究AJUBA基因对于雌激素受体阳性乳腺癌细胞T47D基因表达的影响.方法 构建AJUBA 稳定过表达的T47D细胞系.载体对照组和实验组分别提取RNA进行转录组测序技术(RNA-seq)测序,将所得序列映射到人类基因组并进行转录组重建,样本标准化后寻找实验组和对照组之间的差异基因,利用生物信息学方法进一步对所得的差异基因进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集性分析,同时挑选部分基因用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)进行基因表达验证.结果 实验组与对照组细胞相比共找到568个差异基因,其中上调基因239个,下调基因329个.GO分析中,注释到分子功能、生物学过程和细胞组成的上调差异基因分别有3、23、8个;下调差异基因分别有21、35、9个.KEGG分析中上调基因显著富集通路有2个,下调基因显著富集通路有4个.结论 AJUBA过表达可以影响T47D细胞的一系列生物学过程相关的多条信号通路,可能在乳腺癌发生、发展中起重要作用.
