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三种测序DNA模板制备方法的比较
背景:DNA 模板质量对DNA 序列测定起着至关重要的作用.目的:为基因组DNA 或甲基化DNA 测序寻找一种经济,简便的方法.方法:分别采用96 管集合板及96 孔板提取质粒,并且针对质粒设计一对包含目的片段的引物,扩增后纯化PCR 产物,通过以上3 种方法制备DNA 测序模板进行测序.结果与结论:实验所采用的3 种方法对于基因组DNA 测序效果无差异(P > 0.05).对于甲基化DNA 测序效果,96 管集合板法优于其他2 种方法(P < 0.05).说明3 种方法均适用于基因组DNA 的测序,而96 管集合板法更适用于甲基化DNA 的测序.
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应用功能化氧化硅泡沫负载甲基化结合结构域建立一种富集甲基化DNA的方法
目的 用功能化氧化硅泡沫负载甲基化CpG结合域(methyl-CpG binding domain,MBD)建立一种用于大样本初筛时富集甲基化DNA的方法.方法 将具有超大介孔尺寸的氧化硅泡沫(mesocellular silica foam,MCF)功能化并负载融合蛋白GST-MBD以结合甲基化DNA.结果 MCF功能化后仍保持较大的笼状孔结构,孔径约为55 nm,窗口约30 nm,空隙容积高达1.0 m3/g,MBD蛋白负载量达53 wt%.具有较高的结合甲基化DNA的活性和稳定性.在缓冲液盐浓度为500~550 mmol/L时,MCF-MBD能较为专一地区分并富集混合溶液中的甲基化DNA.结论 该方法为高通量和自动化检测DNA甲基化提供了一个较好的选择和分子生物学依据,为临床应用和DNA甲基化相关疾病的研究奠定了基础.