欢迎来到360期刊网!
学术期刊
  • 学术期刊
  • 文献
  • 百科
电话
您当前的位置:

首页 > 文献资料 > 正文

高通量测序平台发展及在临床分子诊断中的应用与展望

童永清;李艳

摘要: 高通量测序又称下一代测序(NGS),是一种新型的遗传学筛查和诊断技术,它的不断革新加速了人们对遗传学标志物及疾病分子机制的认识,特别是针对复杂遗传性疾病.NGS技术的发展,特别是靶向基因组测序、全基因组外显子组测序以及全基因组测序项目的出现,NGS在临床已经应用到检测单核苷酸变性以及结构重排和拷贝数变异,监测循环肿瘤DNA,并分析先前对标准生物信息学算法进行管理所挑战的基因组区域等.

同期刊相关文献推荐
  • 组织型纤溶酶原激活物-抑制剂复合物与冠心病风险的相关性研究

    作者:郭晓倩;任玮;李艳

    目的 探讨组织型纤溶酶原激活物-抑制剂复合物(t-PAIC)在预估冠状动脉粥样硬化性心脏病发生风险中的临床价值.方法 回顾性分析.选取2017年1月至2018年3月于武汉大学人民医院心血管内科收治的冠心病患者203 例,并选取同期对照组130 例.对所有患者的血浆t-PAIC,全血红细胞、血红蛋白、白细胞和其他常规生化标志物的血清浓度进行定量.结果 与对照组7.70(6.10~9.41)ng/ml相比,冠心病患者具有较高的t-PAIC 12.75(9.0~17.93)ng/ml水平,差异有统计学意义(Z=9.208, P<0.001). Logistic 回归结果显示:TG、LPa、t-PAIC是冠心病发病的独立危险因素[OR值(95% CI)],[1.762(1.076 ~2.884); 1.002 (1.000 ~1.003);1.338(1.171 ~1.529)].血浆t-PAIC浓度与冠心病严重程度呈正相关,冠状动脉堵塞轻微组(11.64 ±0.59)ng/ml、严重组(15.84 ±0.72)ng/ml血浆t-PAIC浓度逐步升高,且血浆t-PAIC与Gensini评分呈正相关(r=0.471, P<0.001).多元回归分析表明:血浆t-PAIC 与LDL-C、Glu、WBC(β系数 =0.673、0.305、0.263,P=0.037、0.002、0.006)呈正相关.此外,在预后不良的患者中,t-PAIC水平异常升高( H=82.210, P<0.001).结论 血浆t-PAIC是冠心病的独立危险因素,该指标升高提示发生冠心病的可能性增加和冠心病患者的预后不良.

  • SAT技术在沙眼衣原体和解脲脲原体检测中的应用

    作者:方伟祯;蔡振华;张银霞;丁睿;段朝晖

    目的 了解广州地区沙眼衣原体(CT)和解脲脲原体(UU)的感染现状,同时分析实时荧光核酸恒温扩增检测技术(SAT)与常规方法(乳胶免疫层析法检测CT和液体培养法检测UU)结果的一致性.方法 收集2015年1月至2016年12月来中山大学孙逸仙纪念医院就诊患者的泌尿生殖道分泌物或尿液标本共12120份,采用SAT技术对以上标本进行CT-RNA、UU-RNA检测,同时收集其中部分患者标本进行常规方法检测.采用χ2检验比较SAT技术与常规方法检测CT和UU的结果分别在不同性别和不同年龄段间的阳性率,同时采用Kappa检验分析不同检测方法结果的一致性.结果 2015至2016年广州地区的CT 阳性率为4.05%(356/8781),UU阳性率为33.69%(1125/3339),UU阳性率显著高于CT,差异具有统计学意义(χ2=1981,P<0.01).145份CT检测标本中,SAT法和乳胶免疫层析法结果的符合率为96.55%(140/145),一致性强度为高度(Kappa值为0.65).186份UU检测标本中,SAT法和液体培养法结果的符合率为92.47%(172/186),一致性极强(Kappa值为0.81).结论 广州地区UU阳性率显著高于CT,应用SAT法与常规方法检测CT和UU的结果一致性较高,能为临床诊断CT和UU感染提供依据.

  • 一种测定组织因子活性的简便方法

    作者:关明;倪赞明;吕元

    目的建立一种简便的测定组织因子(TF)活性的方法.方法采用已商品化的冻干人凝血酶原复合物作为因子Ⅶ、Ⅹ的来源,活化的Ⅹa水解底物S2222,释放对硝基苯胺,405 nm处的吸光度与标准液中的组织凝血活酶含量成良好的双对数关系(r=0.998).结果该方法的线性范围从10~105 U.低、高值的批内变异系数为10.3%、6.6%,低、高值的批间变异系数为18.1%、10.2%.结论方法简单、灵敏、能定量,可用于临床上TF的快速测定.

  • 早发型与晚发型重度子痫前期实验室检查结果及一般情况分析

    作者:王明辉;田文君;孟金来;李丽;王子娥;成士清;刘春梅;邱旸;渠滕;李元堂;王勇;张炳昌

    目的 分析早发型与晚发型重度子痫前期(S-PE)实验室检查结果的差异,探讨其临床应用价值.方法 收集山东大学附属省立医院2016年3至11月收治的S-PE患者108例,参照人民卫生出版社《妇产科学》(第7版)诊断标准,以妊娠34周为界分为早发型S-PE 64例(早发组)和晚发型S-PE 44例(晚发组);选取正常妊娠妇女42名作为对照组,收集一般信息资料,并对Hb、PLT、纤维蛋白原(FIB)、D-二聚体、AST、ALT、尿素、肌酐、尿酸、CRP、尿蛋白等指标进行分组统计学分析,同时采用流式细胞术检测各组样本中辅助性T细胞1(Th1)、辅助性T细胞2(Th2)的比例并分析Th1 /Th2的比值,采用SPSS19.0 统计软件对各指标进行F检验及统计学分析.结果 早发组、晚发组和对照组之间孕前体重指数(29.55±4.49、30.66±5.13、26.62±3.17,F=9.829,P<0.05)、舒张压[(105.17±14.46)mmHg(1 mmHg=0.133kPa)、(99.80±12.56)mmHg、(74.36±8.42)mmHg,F=82.088,P<0.05]、Hb[(123.22±14.38)g/L、(117.03±16.48)g/L、(112.62±11.24)g/L,F=7.133,P<0.05]、尿素[(6.56±2.36)mmol/L、(4.51±1.35)mmol/L、(3.04±0.87)mmol/L,F=51.733,P<0.05]、肌酐[(68.47±18.05)μmol/L、(61.37±14.37)μmol/L、(48.54±8.73)μmol/L,F=23.737,P<0.05] 、CRP[(7.68±8.76)mg/L、(5.88±6.03)mg/L、(3.56±2.41)mg/L,F=4.735,P<0.05]、尿蛋白[(3.66±0.76)g/L、(2.20±1.05)g/L、(0.19±0.40)g/L,F=249.714,P<0.05]差异有统计学意义.流式结果显示,早发组患者Th1比例(19.83±3.04)显著高于晚发组(14.49±2.79)和对照组(11.78±1.17),而Th2比例(1.02±0.12)明显低于晚发组(1.11±0.12)和对照组(1.56±0.11),差异有统计学意义(Th1:F=135.110,P<0.05;Th2:F=293.687,P<0.05).结论实时监测S-PE患者肝肾功能、尤其是免疫功能等实验室检查指标,对评估早发型和晚发型S-PE病情及个性化治疗有指导意义,对保证母婴健康、改善母婴预后有很重要的临床价值.

  • 儿童脑脊髓液氨基酸及酰基肉碱参考范围的初步建立

    作者:何大可;韩凤;宋小青;韩连书;高晓岚;金晶;吴洁;蔡嘉琳;顾学范

    目的 初步建立儿童脑脊髓液氨基酸及酰基肉碱参考范围,为临床诊治遗传代谢病提供依据.方法 回顾性分析了采用串联质谱检测2010至2014年间来上海交通大学医学院附属新华医院儿科就诊的152例癫痫儿童脑脊髓液中氨基酸及酰基肉碱水平,分析其与年龄、性别的相关性;分析其中60例儿童脑脊髓液与血液氨基酸及酰基肉碱水平的差异.数据采用方差分析、Wilcoxon秩和检验及Spearman相关分析.结果 初步建立了儿童脑脊髓液氨基酸及酰基肉碱参考范围.血甲硫氨酸水平为18.66(15.24 ~ 24.11) μmol/L,戊二酰基肉碱水平为0.03(0.02 ~0.04) μmol/L,与脑脊髓液水平[23.41(13.80 ~28.58) μmol/L、0.03 (0.02~0.04) μmol/L]相近,差别无统计学意义(Z值分别为-0.69、-0.09,P均>0.05);血精氨酸水平为3.82(2.00 ~8.36) mol/L,低于脑脊髓液水平[38.37(34.15 ~48.41) μmol/L],差别有统计学意义(Z=-6.74,P<0.05);其余9种氨基酸、13种酰基肉碱血液浓度均高于脑脊髓液浓度,差异有统计学意义(P均<0.05).结论 本研究初步建立了脑脊髓液氨基酸、酰基肉碱参考范围.

  • 转化生长因子参与调节颗粒细胞雌孕激素的分泌

    作者:吕时铭;吕红;陈援越

    目的探讨转化生长因子(TGF-β1、β2)作为卵巢内调节物, 在卵巢激素分泌中的调节作用.方法收集体外受精-胚胎移植(IVF-ET)穿卵时的颗粒细胞作体外培养,以不同浓度的TGF-β1、β2作用24、48、72和96 h后,收集培养液作雌二醇、孕酮测定.结果在无卵泡刺激素(FSH)条件下,TGF-β对颗粒细胞分泌雌二醇有轻度的刺激作用,8 000 pg/ml 的TGF-β1和240 pg/ml的TGF-β2分别可使雌二醇的分泌量从(7 156±2 457.8) pmol/L增加到(11 835.7±4 904.9) pmol/L,从(7 156±2 457.8) pmol/L增加到(11 134.8±5 172.9) pmol/L;而对孕酮分泌的影响不明显.在加入FSH后,发现FSH+TGF-β1与FSH+TGF-β2分别使雌二醇的分泌从(12 077.9±5 835.3) pmol/L增加到(16 606.8±7 993.3) pmol/L,从(13 656.1±8 404.3) pmol/L增加到(19 480.4±913.8) pmol/L;而抑制FSH刺激颗粒细胞分泌孕酮的作用, 使孕酮的分泌下降可达70%以上.这些作用呈现一定的时间和剂量依赖性.结论 TGF-β作为卵巢内调节物,参与了卵巢激素的分泌调节, 其促进雌二醇合成的作用与其介导雌激素刺激颗粒细胞DNA合成的作用相一致;而抑制孕酮分泌的现象说明适量的TGF-β可能对于防止促黄体生成素(LH)峰前的孕酮水平过高,防止卵泡黄素化有积极意义.

  • 贵州省泌尿生殖道分泌物常规项目室间检验结果调查分析

    作者:凌晓午;周湘红;安邦权;许健;黄盛文;苏莉;王伟;黄山;陈小洁;裴秋媛;曾强武;邹阳

    目的:初步建立贵州省泌尿生殖道分泌物常规检验室间质量评价( EQA)体系,以提高其整体检测水平。方法2009至2011年,每年在贵州全省范围内抽取50家以上不同等级医院的临床检验实验室作为参评单位。每年开展两次EQA,每次选取瑞氏和(或)革兰染色良好的泌尿生殖道分泌物涂片5张(相当于5个批号质评品)直接和(或)彩图发给参评实验室进行检测,并对各个实验室的回报结果进行分析评价,以符合率≥80%判为合格。结果2009至2011年EQA参评单位从55家上升至96家,总平均回报率>80%。3年6次EQA 结果平均符合率<80%的有球菌4次(73.7%、77.8%、61.1%、77.1%),杆菌2次(75.6%、79.3%),球杆菌2次(64.3%、52.1%),滴虫(79.7%)、上皮细胞(76.1%)、中性粒细胞(75.7%)及清洁度(71.3%)各1次。6次30个质评品中有6个批号(占20.0%)的平均符合率<80%;30个质评品11个EQA项目分别有1~15个批号的平均符合率<80%即不合格。总平均符合率以可疑淋球菌为高(94.2%),以球菌及球杆菌为低即未达到合格(各占77.0%、75.2%)。结论在一定范围内开展EQA活动并取得良好效果,参评单位明显增加,总的参评成绩呈上升趋势,在一定程度和范围内增强了检验人员的质量意识;初步建立了贵州省泌尿生殖道分泌物常规检验的EQA体系,为临床实验室和上级机构提供了室内质量控制和EQA的一个参考模式。(中华检验医学杂志,2014,37:758-762)

  • 潜伏性结核菌感染者血浆长链非编码RNA表达谱差异分析

    作者:欧青叶;顾大勇;周俭中;董秋兰;梁丽娟;林伟基

    目的:探讨长链非编码RNA ( lncRNA )在潜伏性结核菌感染中差异性表达。方法选择2015年1至6月在珠海市慢性病防治中心诊断的潜伏性结核菌感染患者血浆33例(病例组),纳入标准为年龄范围18~40岁,确诊的涂阳肺结核病例密切接触者;胸部影像学检查正常;皮肤结核菌素试验强阳性;6个月后随访未患活动性肺结核。对照组选自同一机构体检科健康人群血浆33名,纳入标准为年龄范围18~40岁,排除肺结核或其他肺部疾病,皮肤结核菌素试验阴性。病例组和对照组各3例用于lncRNA芯片实验,30例用于RT-PCR验证实验。 Trizol法抽提总RNA后,利用lncRNA芯片技术进行高通量检测,建立潜伏性结核菌感染者的lncRNA基因表达谱。筛选6个差异表达明显的lncRNA,利用实时定量PCR技术,在30例扩大化样本中进行验证,获得高灵敏度、高特异性的生物标志物。利用基因功能分析、基因通路分析初步分析差异基因的表达功能。数据的正态性检验采用Kolmogorov-Smirov(K-S),正态分布资料两个样本均数比较采用t检验,多个样本均数比较采用单因素方差分析,两样本率的比较用χ2检验。结果潜伏性结核感染的特异性差异表达lncRNA共1485个,占所检测lncRNA 总数的4.9%,其中上调819个,下调666个。 ENST00000566054( t=10.92,P<0.001)、TCONS_00016510(t=2.98,P=0.004)在潜伏性结核菌感染者血浆中表达水平显著上调,NR_034120表达水平显著下调( t=-16.63, P<0.001)。基因功能分析中,上调表达的mRNA中,有382个基因富集于生物学进程、60个基因富集于细胞组件、43个基因富集于分子功能;下调表达的mRNA中,有276个基因富集于生物学进程、55个基因富集于细胞组件、55个基因富集于分子功能;基因通路分析上调的mRNA主要富集于7条生物学途径,下调的mRNA主要富集于7条生物学途径。结论 lncRNA在潜伏性结核菌感染血浆中异常表达,提示lncRNAs参与潜伏性结核菌感染的分子调节过程。(中华检验医学杂志,2016,39:857-863)

  • 肠球菌对氟喹诺酮类药物的敏感性及其主动外排机制的研究

    作者:王文;张玉英;李刚;赵梅;贾伟

    目的 研究主动外排泵抑制剂利血平对氟喹诺酮类药物抗肠球菌活性的影响,以及外排泵基因emeA的存在与耐药的相关性,以探讨主动外排作用在肠球菌耐药中所起的作用.方法 采用全自动微生物分析仪(Vitek-2 Compact)将临床分离的100株肠球菌鉴定到种,采用K-B琼脂纸片扩散法进行药物敏感试验,应用琼脂稀释法检测3种氟喹诺酮类药物(环丙沙星、加替沙星、左氧氟沙星)对肠球菌的MIC,同时检测在加入利血平后3种药物MIC的变化情况,用PCR检测编码外排泵的基因emeA在100株肠球菌属细菌中的分布,采用X2检验进行统计学分析.结果 应用利血平后,肠球菌对3种氟喹诺酮类药物的耐药率都减低:环丙沙星耐药率从42% (42/100)降至28%(28/100),加替沙星耐药率从30%(30/100)降至17%(17/100),左氧氟沙星耐药率从33%(33/100)降至23%(23/100);100株肠球菌属细菌中emeA基因的阳性率为55%,其中62株粪肠球菌中阳性者45株(72.6%),38株屎肠球菌中阳性者10株(26.3%);环丙沙星、加替沙星、左氧氟沙星耐药株中emeA基因的阳性率依次为73.8% (31/42)、76.7%(23/30)、75.8%(25/33),敏感株中emeA基因的阳性率依次为41.4%(24/58)、45.7%(32/70)、44.8%(30/67);外排泵基因emeA在耐药株中的阳性率高于敏感株,差异有统计学意义(x2=13.02,8.13,8.57,P均<0.005).结论 利血平在体外可以抑制肠球菌对3种氟喹诺酮类药物的主动外排作用,降低肠球菌的MIC值.肠球菌多重耐药外排基因emeA的存在与肠球菌属对抗菌药物的耐药具有相关性.

  • 血清高敏C-反应蛋白在心血管病变中的表达特性

    作者:金亚平;秦光明;张松照

    目的探讨心血管病变血清高敏C-反应蛋白(hs-CRP)的表达特性.方法采用胶乳增强免疫(超敏)比浊法,定量检测健康对照组340名、冠脉造影患者341例、心肌梗死患者86例血清hs-CRP.结果 (1)健康对照组hs-CRP呈明显的偏态分布,hs-CRP中位数:0.4 5 mg/L,95%位数:3.07 mg/L,经对数转换hs-CRP均数为(0.76±1.29) mg/L,存在性别和年龄差别.(2)冠脉造影阳性组(214例)hs-CRP:(2.18±2.71) mg/L,冠脉造影阴性组(127例)hs-CRP:(1.46±1.66) mg/L,差异有显著意义(t=2.638,P<0. 01).急性心肌梗死组hs-CRP:(6.08±4.55) mg/L. 脉造影阳性组hs-CRP随阳性支数增加而增高.hs-CRP对冠心病的临床评价 ROC曲线下面积为0.810.结论 hs-CRP对健康人心血管病变的存在和发生心血管意外预测和预防具有重要意义.

中华检验医学

北大核心期刊 审稿时间:1-3个月 早咨询早发表

360期刊网

专注医学期刊服务15年

  • 您好:请问您咨询什么等级的期刊?专注医学类期刊发表15年口碑企业,为您提供以下服务:

  • 1.医学核心期刊发表-全流程服务
    2.医学SCI期刊-全流程服务
    3.论文投稿服务-快速报价
    4.期刊推荐直至录用,不成功不收费

  • 客服正在输入...

x
立即咨询