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产前诊断除外肌营养不良蛋白基因外显子44移码突变一例
先证者,男,1+岁,临床诊断为杜氏肌营养不良症(Duchenne muscular dystrophy,DMD).该病发生主要原因是编码肌营养不良蛋白(dystrophin)基因的大片段缺失或突变[1].首先采用多重聚合酶链反应技术针对先证者及其父母的肌营养不良蛋白基因26个外显子(包括3、4、6、8、12、1 3、16、17、19、32、34、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、60、Pm、pb)进行检测,未见上述外显子缺失.进而采用多重连接依赖的探针扩增(multiplex ligation-dependcnt probe amplification,MLPA)法检测肌营养不良蛋白基因79个外显子,均未见缺失或重复.终经全基因测序发现先证者第44号外显子一处移码突变:NM_004006.1:c.6391_6392delCA(p.Gln2131AsnfsX3),而先证者父母的44号外显子同步测序均未见异常,且此突变未见报道.通过寡核苷酸多态性数据库(www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP)、国际人类基因组单体型图计划(www.hapmap,org)和“华大基因千人基因组计划( www.genomics.cn)”中72个中国人样本的数据分析排除多态可能,同时经PDB数据库(www.pdb.org)蛋白功能预测可能造成膜蛋白结构域的改变,因此考虑此突变为新发或生殖腺嵌合造成的致病突变.
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不同产地忽地笑的叶绿体基因psbA-trnH序列分析
目的 通过叶绿体基因sbA-trnH序列分析,探讨我国忽地笑种质资源的系统进化关系及分子鉴定方法.方法 分别提取15省(市)52个忽地笑居群的DNA,经PCR扩增叶绿体基因sbA-trnH序列及测序,并用Mega 5.0等软件对测序结果进行分析.结果 52条sbA-trnH序列长度为544～656 bp,GC含量为35.8％～37.0％,遗传距离为0.000 00～0.009 47;核苷酸变异(多态性)位点数共33个,其中简约信息位点9个,单一突变位点18个,插入/缺失片段6个;单倍型数量(H)10个,单倍型多态性水平(Hd) 0.749,核苷酸多态性(π)0.002 63,收集的忽地笑资源具有较高的遗传多样性.大简约法(maximum parsimony,MP)系统树中52个居群聚为4类,并且该聚类结果与其地理分布基本一致.结论 不同产地忽地笑居群的遗传变异较大,psbA-trnH序列可作为忽地笑种源分子鉴定的依据;我国忽地笑种质资源在进化上具有明显的地域性特征.
关键词： 忽地笑 居群 psbA-trnH序列 核苷酸多态性 系统聚类 -
基质金属蛋白酶-9基因单核苷酸多态性与冠状动脉血管狭窄的相关性
目的 研究我国河北省汉族人群基质金属蛋白酶-9( MMP-9)基因单核苷酸多态性-1562C＞T与冠心病患者冠状动脉狭窄程度的相关性.方法 收集经冠状动脉造影证实的冠心病患者91例和101例正常对照者,采用聚合酶链反应后直接测序的方式检测个体的基因型;比较不同基因型与血管狭窄的关系,并分析基因型与狭窄程度的关系.结果 血管狭窄病例组和对照组MMP-9 C1562T C/C,C/T,T/T基因型分布频率无差异;C等位基因频率无显著差异;病例组之间各基因型和等位基因频率无显著性差异.结论 C1562T多态可能与冠心病的发生无关.
关键词： 基质金属蛋白酶-9基因 核苷酸多态性 冠状动脉狭窄 -
海南汉族、黎族人群纤维蛋白原基因9个核苷酸多态性及单体型的比较研究
目的研究海南汉族、黎族人群体纤维蛋白原基因αTaq Ⅰ、βBclⅠG/A、βHinfⅠA/C、β448G/A、βBsmAⅠ G/C、β+1689T/G、β-148C/T、β-249C/T、β-445G/A 9个位点的等位基因频率、连锁不平衡关系及单体型.方法从末梢血提取316名海南汉族个体和182名海南黎族个体的DNA标本,用PCR-RFLP法及测序法分析多态性和确定基因型,用EH+程序分析核苷酸多态性的连锁不平衡关系及单体型,用x2检验分析人群间的等位基因频率及单体型频率的差异.结果纤维蛋白原基因αTaqⅠ、βBcl Ⅰ G/A、βHinfⅠA/C、β448G/A、β BsmAⅠG/C、β+1689T/G、β-148C/T、β-249C/T、β-455G/A的稀有等位基因频率在汉族人群中分别为0.429、0.255、0.128、0.255、0.302、0.267、0.282、0.468、0.274,在黎族人群中分别为0.312、0.363、0.150、0.344、0.328、0.350、0.331、0.626、0.350.海南汉族人群和黎族人群α Taq Ⅰ、β Bcl ⅠG/A、β 448G/A、β+1689T/G、β-249C/T、β-455G/A 5个位点的稀有等位基因频率分布存在统计学差异(P＜0.01).黎族人群9个位点两两之间的连锁不平衡的紧密程度比汉族人群高.部分单体型的分布在两个人群之间的分布存在统计学差异.结论海南汉族、黎族人群纤维蛋白原基因的某些多态性及单体型的频率存在差异.
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HHIP 基因单核苷酸多态性与新疆维吾尔族慢性阻塞性肺疾病易感性的相关性
目的：探讨人音猬因子相互作用蛋白（HHIP）基因单核苷酸多态性与新疆维吾尔族慢性阻塞性肺疾病（COPD）易感性之间的关系。方法以233例维吾尔族 COPD 患者为病例组，292例维吾尔族健康体检者为对照组，提取外周血标本 DNA，运用 iMLDR 分型技术检测 HHIP 基因 rs13118928A ／G、rs13141461C ／T 位点多态性。结果 HHIP 基因 rs13118928A ／G、rs13141461C ／T 位点在病例组与对照组中的基因型及等位基因频率分布比较，P 均＞0．05。两个位点的4种单体型（AC、AT、GC、GT）在对照组和病例组中的分布比较，P 均＞0．05。rs13141461C ／T基因加性模型（GG vs．AG vs．AA）与第1秒用力呼气容积／用力肺活量（FEV1／FVC）有关（P 均＜0．05），隐性模型（CC ＋CT vs．TT）与 FEV1占预计值的百分比（FEV1％pred）和 FEV1／FVC 都有关（P 均＜0．05）。结论 HHIP 基因 rs13118928A ／G 可能不是新疆维吾尔族 COPD 人群易感位点，rs13141461C ／T 基因加性模型（GG vs．AG vs．AA）与 FEV1／FVC 有关，隐性模型（CC ＋CT vs．TT）与 FEV1％pred 和 FEV1／FVC 有关。
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膀胱移行细胞癌E-钙粘连素基因启动子C/A单核苷酸多态性与肿瘤复发的关系
目的探讨膀胱移行细胞癌(TCCB)E-钙粘连素(CDH1)基因启动子-160处C/A单核苷酸多态性(SNP)与TCCB复发及低分化的关系.方法运用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)方法检测血液标本中CDH1基因启动子上游-160处C/A SNP.通过定期随访肿瘤患者并进行膀胱镜检查以确定肿瘤是否复发.结果TCCB中CDH1基因启动子-160处AA,AC,CC基因型之间与TCCB的复发具有统计学意义(P＜0.05);其中AA与CC基因型之间对TCCB复发的相关性差异有统计学意义(P＜0.05),而CC与AC基因型之间以及AC与CC基因型之间对TCCB复发的相关性差异无统计学意义(P＞0.05).以CC基因型为参照,AA基因型和AC基因型TCCB复发的危险性均增高(OR=4.0566,95%可信区间为1.832 5～8.9801;OR=1.784 9,95%可信区间为1.1091～2.872 5).该SNP与复发肿瘤发生低分化无明显相关(P＞0.05).结论CDH1基因启动子-160处SNP对TCCB的复发可能具有重要作用.检测该SNP也可作为一种预测患者术后复发的指标.
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1例CADASIL家系的临床特征与基因突变分析
目的 分析1例皖江地区CADASIL家系的临床表现及基因突变特征.方法 随访记录1例CADASIL家系先证者的临床表现、实验室检查及影像学检查,对其NOTCH3基因突变热点区行基因检测.结果 先证者为1例53岁男性患者,病程中反复发作脑卒中并有家族发病史,另表现假性球麻痹、情绪障碍、冷漠和轻度认知功能障碍,无偏头痛史.其头颅核磁共振显示对称性双侧颞极及外囊区白质高信号病变.患者NOTCH3基因突变分析发现4号外显子区已知致病突变(c.580T>C)和常见核苷酸多态性(rs1043994).结论 c.580T>C突变是中国人CADASIL病例首次报道,基因检测是确诊CADASIL的金标准.
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α和β纤维蛋白原基因核苷酸多态性及其单体型与冠心病的关系
目的 研究α纤维蛋白原基因TaqI多态性和β纤维蛋白原基因-455G/A、-249C/T、-148C/T、+1689T/G、448G/A、BsmAI、BellG/A、HinflA/C单核苷酸多态性及其单体型与冠心病的关系.方法 采用聚合酶链反应限制片长多态性法确定基因型,采用比浊法测定血浆纤维蛋白原水平,采用EH+程序分析核苷酸多态性的单体型,采用卡方检验分析病例组和对照组的等位基因频率、基因型频率及单体型频率的差异.结果 β纤维蛋白原基因-455A、-148T和448A的等位基因额率在冠心病组分别为0.343、0.351和0.326,在对照组分别为0.254、0.254和0.242,冠心病组β纤维蛋白原基因-455A、-148T和448A的等位基因频率明显高于对照组(P＜0.05),β纤维蛋白原基因-455A、-148T和448A携带者患冠心病的相对危险度比非携带者分别大1.53倍、1.59倍和1.51倍;其他位点的等位基因频率在两组间无统计学差异.β纤维蛋白原基因-455G、-249C、-148C、+1689T、448G、BclIG、HinfIA和a纤维蛋白基因TaqT2住点构成的单体型H16在病例组中的频率比对照组低(P＜0.05).以启动子区3个位点构建的单体型中,由-455G、-249C和-148C构成的单体型h1在病例组中的频率低于对照组(P＜0.01),由-455A、-249C、-148C构成的单体型h5和由-455A、-249C、-148T构成的单体型h6在病例组中的频率高于对照组(P＜0.05和P＜0.01).结论 β纤维蛋白原基因-455G/A、-148C,T和448G/A单核苷酸多态性与冠心病关联,β纤维蛋白原基因-455A、-148T和448A可能是与冠心病相关的遗传危险因素.
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应用变性高效液相色谱技术检测汉族人Ⅰ型多囊肾致病基因突变
目的通过采用变性高效液相色谱(denaturing high-performance liquid chromatography, DHPLC)技术检测汉族人常染色体显性多囊肾病(autosomal dominant polycystic kidney disease,ADPKD)Ⅰ型致病基因 PKD1的突变,建立更为快速、敏感的突变筛查系统.方法以来源于19个ADPKD家系的67名成员血样标本的基因组DNA为模板,通过长链PCR和巢式PCR联合扩增的方法扩增 PKD1全编码区,然后采用DHPLC方法进行初步筛查,将存在异常色谱图的扩增产物经核苷酸测序,确定突变的具体位点和类型,并与以往采用单链构象多态性(single strand conformation polymorphism, SSCP)方法检测出的突变结果相比较.结果共检测出14个致病突变,包括10个错义突变、1个插入突变、1个缺失突变、2个无义突变,其中12个突变位点与之前SSCP的检测结果相同,另新发现nt32819G→A和nt37137T→C两个突变位点,突变检出率为73.7%.结论 DHPLC方法可以作为更为有效筛查汉族人ADPKD PKD1突变位点的检测途径.
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海南汉族人群中α和β纤维蛋白原基因核苷酸多态性及其单倍型与缺血性脑卒中的关联分析
目的研究α纤维蛋白原基因的TaqⅠ多态性和β纤维蛋白原基因-455 G/A、-249 C/T、-148 C/T、+1689T/G、βBsmAⅠ G/C、448 G/A、BclⅠ G/A、HinfⅠ A/C单核苷酸多态性及其单倍型与缺血性脑卒中的关系.方法用比浊法测定160例海南籍缺血性脑卒中和130名海南籍对照个体的血浆纤维蛋白原浓度,用PCR-限制性片段长度多态法确定基因型,用EH+程序分析核苷酸多态性的连锁不平衡关系及单倍型,用卡方检验分析病例组和对照组的等位基因频率、基因型频率及单倍型频率的差异.结果 -455 G/A、-148 C/T、448 G/A多态性的基因型频率、等位基因频率在病例组和对照组之间的差异有统计学意义(P<0.01),其余6个核苷酸多态性的基因型频率、等位基因频率在病例和对照组间的差异无统计学意义(P>0.05),A-455、T-148、A448携带者患缺血性脑卒中的相对危险度比非携带者分别大2.46倍、2.30倍和2.08倍.连锁不平衡分析未发现所分析的区域内存在单倍型板块.9个位点构建的单倍型在病例组和对照组之间的差异无统计学意义,以4个位点构建的单倍型中,某些单倍型在病例组和对照组之间的差异有统计学意义,对照组中某些携带G-455、C-148、G448位点的单倍型的频率高于病例组,而病例组中某些携带A-455、T-148、A448位点的单倍型的频率高于对照组.结论多个位点和单倍型分析的结果提示β纤维白原455 G/A、-148 C/T、448 G/A可能是海南汉族人群中与缺血性脑卒中关联的危险因素.
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胰岛素样生长因子受体基因单核苷酸多态性与晚期非小细胞肺癌铂类化疗疗效及预后的研究
背景与目的 胰岛素样生长因子1受体(insulin-like growth factor 1 receptor,IGF-1R)基因是调节细胞生长分化的重要基因,胰岛素样生长因子2受体( insulin-like growth factor 2 receptor,IGF-2R)基因是潜在的肿瘤抑制基因,本研究旨在探讨胰岛素样生长因子受体基因IGF-1R+1013 (G/A)、IGF-2R+1619 (G/A)单核苷酸多态性与非小细胞肺癌( non-small cell lung cancer,NSCLC)患者以铂类药物为基础化疗方案的疗效及预后的关系.方法 经病理确诊的132例初治肺癌晚期患者经含铂方案化疗4周期后评价临床疗效,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性检测IGF-1R+1013 (G/A)和IGF-2R+1619 (G/A)的基因型,分析其基因多态性与化疗临床受益率及生存期的关系.结果 未发现IGF-1R+1013 (G/A)基因多态性和IGF-2R+1619( G/A)基因多态性与化疗疗效有明显关系(P＞0.05),联合分析未发现两基因多态性与化疗疗效有联合作用( P=0.975).IGF-1R+1013 (G/A)变异等位基因A携带者( GA+AA)的中位生存时间(middle survival time,MST)短于GG基因型携带者(P=0.017),IGF-2R+1619( G/A)变异等位基因A携带者(GA+AA)和GG基因型携带者的MST的差异无统计学意义(P=0.575).联合分析发现两基因多态之间存在联合作用,同时携带IGF-1R+1013 (G/A)突变等位基因A和IGF-2R+1619( G/A)突变等位基因A的患者( GA+AA)的MST为12个月,明显短于携带其它基因型的患者(P＜0.05).Cox比例风险模型分析,IGF-1R+1013( G/A)基因多态性是影响NSCLC预后的独立因素(P=0.020),IGF-1R+1013( G/A)和IGF-2R+1619( G/A)联合基因多态性也是影响NSCLC预后的独立因素(P=0.025).结论 IGF-1R+1013 (G/A)基因多态性单独或联合IGF-2R+1619( G/A)基因多态性与晚期NSCLC生存期有关,可以在一定程度上判断晚期NSCLC患者的预后.
关键词： 肺肿瘤 化疗 胰岛素样生长因子受体 核苷酸多态性 -
PLCE1基因与胃癌发生的相关性研究进展
PLCE1是新发现的磷脂酶 C 家族的成员之一，受 GTP 酶和 G 蛋白的双向调节，研究发现其对肿瘤的发生、发展有着不可忽视的作用，已经成为肿瘤研究的一个切入点。PLCE1基因与胃癌的相关性研究，不仅对于阐明 PLCE1在胃癌发生的分子机制有着重要意义，还将为胃癌高危人群的筛查及分子生物学治疗提供新的突破口。胃癌的发病机制涉及环境和遗传等多种因素，本文就 PLCE1基因结构与功能，以及目前报道的 PLCE1多态性与胃癌相关性文献作一综述。
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TGF-β1基因核苷酸多态性与妊高症的关系研究进展
妊高症(hypertensive disorders in pregnancy)是由于全身小血管痉挛引起孕妇高血压、水肿和蛋白尿，是产科的重要并发症。有研究认为，妊高症发病与TGF-β1之间有着非常紧密的联系，TGF-β1是重要的促纤维化因子，能够促进成纤维细胞的表型转化，通过多种途径诱导胶原蛋白、蛋白多糖、层粘蛋白等细胞外基质成分合成增加，并导致血管内皮细胞和造血祖细胞的生长抑制，而且会降低血浆中THF-β的生物学活性，从而导致了妊娠期血管类疾病的发生，但是其具体的发生机制尚未有定论，基于此，本研究对前人TGF-β1基因核苷酸多态性与妊高症相关性进行现状分析，总结和归纳了这部分研究。
