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一例AML-M2患者初发和缓解期转录组测序SNV结果比较分析
本研究旨在进一步阐明急性髓系白血病的发病机制,筛选新的肿瘤特异性突变.利用高通量测序的方法对1例初诊的部分分化型急性髓系白血病(AML-M2)患者发病期及缓解期外周血样本进行转录组测序,通过对初诊时和缓解后表达基因的比较,筛选可能与白血病发生相关的单核苷酸变异(SNV).结果表明:Reads在基因上分布均匀,覆盖完整,检测到大部分基因的表达.通过对SNV的筛选,共检测到29881个基因突变,包括28113个种系突变和752个体突变,其中编码区获得性突变11个(P＜0.05),包括ZRSR1、MLXIP、TLN1、LAP3、HK3.结论:高通量测序作为一种无偏的检测基因突变的新方法,可以发现肿瘤相关新突变.MLXIP可能是AML M2新的分子标志物.
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基于转录组测序技术初步筛选内蒙古特禀体质人群的差异表达基因
目的 运用转录组测序技术研究内蒙古地区特禀体质与平和体质人群差异基因的表达,以期从分子水平探讨中医特禀体质的成因、特征及相关过敏性疾病的发生机制.方法 对2015年9月～2016年9月内蒙古医科大学第一附属医院、通辽市医院以及巴彦淖尔市医院体检中心的受检者进行流行病学调查,筛选祖辈三代均生活在内蒙古地区的特禀体质和平和体质人群为研究对象,各取10例受试者外周血进行转录组测序,对所得高表达基因进行qPCR验证来反映部分差异表达基因及其相关通路与特禀体质的相关性.结果 与平和体质比较,特禀体质的所有下调基因中,HLA-DRB1、HLA-DRB5和HLA-DQA2均富集在哮喘通路上;Toll样受体2(TLR2)差异表达基因富集在与特禀体质关系密切的TLR信号通路上.qPCR验证发现特禀体质CPNE3基因相对表达量明显高于平和体质,差异有统计学意义(P<0.05).结论 HLAⅡ类基因与特禀体质密切相关且在特禀体质中差异表达;基因TLR2参与的TLR信号通路体现了过敏性疾病的信号传导机制可能与特禀体质密切相关;CPNE3基因表达在特禀体质和平和体质中存在差异,提示两种体质间基因表达可能存在一定差异,但仍需进一步研究.
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野罂粟碱对哮喘和溃疡性结肠炎模型大鼠肺及结肠组织相同差异表达基因的干预作用
目的 通过野罂粟碱调控呼吸道疾病与炎性肠病探讨中医归经理论的分子内涵,分析两类疾病动物模型在治疗后共同差异表达基因的变化从而揭示肺、肠相关联的分子机制.方法 采用卵清蛋白(ovalbumin,OVA)雾化法建立过敏性哮喘模型并与复合免疫法建立的溃疡性结肠炎模型相比较,以正常大鼠作为对照.经野罂粟碱给药后,经反转录聚合酶链式反应技术(RT-PCR)检测两组模型大鼠肺组织和肠组织中共同差异表达基因mRNA表达水平.结果 野罂粟碱能够明显改善大鼠肺组织和结肠组织病变,通过KEGG注释分析测序结果终得到三个关键差异表达基因分别是C-C基序趋化因子11,碳酸酐酶1,核激素受体亚家族D组成员1,RT-PCR结果与转录组测序结果上下调情况基本一致,且野罂粟碱显著降低两组模型大鼠肺和结肠组织Ccl11 mRNA表达水平(P<0.05)及升高Ca1和Nr1d1 mRNA表达水平(P<0.05,P<0.05).结论 呼吸道疾病与炎性肠病模型大鼠的肺、肠组织具有相同差异表达基因,野罂粟能显著调节肺与大肠共同差异表达基因的水平,这可能是野罂粟归肺与大肠经的分子机制之一.
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基于转录组测序技术研究道地药材当归同源基因
目的:通过转录组测序技术全方位、深层次挖掘甘肃岷县当归的基因组资源,并进行当归同源基因分析,为当归栽培、品种鉴定、加工、配伍及保健品开发提供理论支撑.方法:岷县现场采集当归样品,并经专家鉴定为当归品种(angelica sinensis(oliv.)diels).采用RNA plant Plus方法提取岷归头、岷归尾的总RNA,质量鉴定合格后构建测序文库.测序文库检测合格后在Illummina HiSeq 2000测序仪上完成双端测序.采用相关生物信息学分析软件,实现研究目标.结果:①通过转录组测序技术,获取了63585个当归表达序列标签(EST),构建了当归的基因组.②在UniProt(date:2012.09)数据库中注释的30432个当归基因,分布于939种物种;其中序列分布频率较高的前5种物种为葡萄、蓖麻、毛果杨、大豆、苜蓿属.结论:当归基因组研究处于起步阶段,亟待深入研究.已注释基因主要分布于目前研究较深入的5种重要经济植物,成为当归制剂与保健品开发的分子生物学基础.
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应用RNA-Seq技术筛选唾液腺腺样囊性癌嗜神经侵袭相关差异表达基因
目的:应用RNA-Seq技术分析与施万细胞共培养前、后的唾液腺腺样囊性癌细胞(SACC)的基因表达水平变化,明确嗜神经侵袭(perineural invasion,PNI)相关基因.方法:采用腺样囊性癌与SD大鼠施万细胞共培养模型,分析共培养前、后SACC细胞基因表达变化,对差异表达基因进行聚类分析、GO功能富集分析、KEGG通路富集分析,并采用qRT-PCR对其中6个关键差异表达基因进行验证.采用edgeR软件(3.12.1)进行表达差异显著性分析,将P≤0.05、差异表达倍数的绝对值大于1作为差异显著性标准.结果:在腺样囊性癌单独培养组与共培养组之间发现395个差异表达基因(P≤0.05,|logFC|≥1.0),其中135个基因上调(34.2％),260个基因下调(65.8％).GO功能富集分析结果表明,这些PNI相关差异表达基因参与了血管再生、细胞外基质的组成、细胞增殖、凋亡和上皮形态发生;KEGG通路富集分析结果表明,这些基因参与组氨酸代谢、肿瘤坏死因子、趋化因子等细胞因子受体相互作用等重要生物学通路.利用qRT-PCR技术对其中6个关键基因进行验证,验证结果与RNA-Seq趋势一致.结论:得到了SACC嗜神经侵袭PNI的相关差异基因,为阐明SACC的嗜神经侵袭机制提供了实验依据.
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应用RNA-Seq技术筛选不同浓度叶酸培养的QSG-7701细胞中的差异表达基因
目的 在验证不同浓度叶酸培养影响人正常肝细胞系增殖、周期和迁移能力的基础上,应用转录组测序(RNA-Seq)技术筛选差异表达基因,为进一步探讨叶酸缺乏与基因差异表达以及正常肝细胞恶性转化之间的相关性打下基础.方法 不同浓度叶酸培养(无叶酸组0 mg/L,正常叶酸组40 mg/L)的人正常肝细胞系QSG-7701 6个月,应用CCK-8实验检测细胞增殖、流式细胞技术检测细胞周期、细胞凋亡、Transwell小室检测细胞迁移;利用RNA-Seq技术对两组细胞中的mRNA进行检测,筛选差异mRNA;通过用实时定量PCR对RNA-Seq的结果进行验证,并结合统计学和生物信息学方法分析差异mRNA.结果 无叶酸培养显著提高QSG-7701细胞的增殖能力,促进细胞由静止期进入分裂期,促进细胞的迁移能力;RNA-Seq检测得到含有16 774条差异mRNA的数据集,初步分析显示其中391条差异mRNA可能与不同浓度叶酸培养相关,其中上调的115条,下调的276条;随机对其中11条进行实时定量PCR验证,72.73％的结果与RNA-Seq一致;分析显示,差异mRNA相对应的基因与细胞周期等生理过程以及多种肿瘤的发生、发展密切相关.结论 终筛选出参与叶酸调控正常肝细胞恶性转化相关的基因,RNA-Seq技术能有效地用于差异基因地筛选.
关键词： 叶酸 QSG-7701细胞 转录组测序技术 基因表达
