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  • 竞争性内源RNA与肿瘤发生的研究进展

    作者:李艳;沈飞阳;马礼丹;张艳青

    微小RNA(miRNA)可与信使RNA(mRNA)的3'端非翻译区(3'UTR)互补结合,降低mRNA的稳定性或抑制mRNA的翻译,负性调节靶基因的表达.然而一些mRNAs、假基因、长链非编码RNA (LncRNA)以及环状RNA(circRNA)含有某些miRNA结合位点,可通过miRNA应答元件(MREs)竞争性结合相同的miRNA,解除或减轻miRNA对靶基因的抑制作用,调节靶基因的表达,这种作用机制称为竞争性内源RNA(ceRNA)假说.在肿瘤的发生过程中,mRNAs、假基因转录物、lncRNA、circRNA可作为ceRNA,通过竞争性结合相同的致瘤性或抑瘤性的miRNA,起到抑制或促进肿瘤发生的作用.

  • 长链非编码RNA作为竞争性内源RNA调控银屑病发展的机制研究

    作者:王靖;张新萍;金虹;卢珍;李学沧

    目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)在银屑病中作为竞争性内源RNA(ceRNA)调控微小RNA(miRNA)和基因表达的临床与病理意义.方法 下载银屑病患者正常组织、非皮损组织、皮损组织3类60个样本的高通量测序数据(GSE63980),通过生物信息的研究方法构建了银屑病不同类型样本之间差异lncRNA-mRNA共表达网络.通过StarBase数据库下载miRNA、lncRNA和mRNA的靶向关系对,通过计算二者的皮尔森相关系数(r≥0.7,P<0.05)和共享miRNA靶点,构建了银屑病竞争性内源RNA(ceRNA)网络.利用文献证实的银屑病相关的miRNA、lncRNA、mRNA作为种子节点计算随机游走得分,筛选出银屑病相关的lncRNA,并对部分结果开展了GO(gene ontology)功能分析和KEGG通路分析,通过文献检索验证了部分lncRNA具有潜在的ceRNA关系.结果 识别了正常和皮损组织中显著差异的677个mRNA,356个lncRNA;正常和非皮损组织中显著差异的240个mRNA,77个lncRNA;皮损和非皮损组织中显著差异的612个mRNA,209个lncRNA.在共表达网络中的mRNA主要参与的GO通路有G蛋白偶联受体活性、DNA绑定、氮化合物代谢等,KEGG信号通路主要有嗅觉传导、味觉传导等.在ceRNA网络中的mRNA主要参与的GO通路有跨膜受体活性、信号受体活性等,KEGG信号通路主要有系统性红斑狼疮,自身免疫疾等.结论 GAS5与HOTAIR等多个lncRNA在银屑病不同样本中通过与基因竞争miRNA形成潜在的ceRNA关系,有望成为银屑病诊断,治疗的靶标.

  • 滑膜肉瘤差异表达基因生物信息学分析

    作者:王庆宇;林菲菲;陈高扬;李照彦;杨麒巍;杜珍武;张桂珍;宋旸

    目的 通过生物信息学分析方法筛选滑膜肉瘤组织中关键lncRNA、microRNAs和mRNA,阐述其互相作用机制以及关键信号通路.方法 通过Gene Expression Omnibus (GEO)在线数据库检索并下载人滑膜肉瘤转录组数据,并应用基因本体论分析(Gene Ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)、竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ceRNAs)互作网络分析和蛋白互作网络分析(Protein-Protein Interaction,PPI)对差异表达基因进行深入分析.结果 共4个数据集纳入本项研究包括GSE28866,GSE 18546,GSE2719和GSE42977,包含21个滑膜肉瘤组织和56个正常对照组织,在这些数据集中共获取了12个差异表达的lncRNA,119个差异表达的miRNA和1637个差异表达的mRNA.构建ceRNA调控网络并展示lncRNA-miRNA-mRNA之间的调控作用,发现6个IncRNA(RP11-123K19.1,RP11-261N11.8,MEG3,FOXD2-AS1,CTD-2228K2.7,LINC00982)和7个miRNA(hsa-miR-142-5p,bsa-miR-548c-3p,hsa-miR-1224-5p,hsa-miR-133b,hsa-miR-206,hsa-miR-378-3p,hsa-miR-765)在滑膜肉瘤病变中具有重要作用.KEGG分析示滑膜肉瘤病变与47个信号通路显著相关(P<0.05),特别是癌症中转录失调的信号通路(P=5.56×10-8).PPI互作网络分析展示了154种蛋白质,6种转录因子和10个信号通路之间的相互作用.结论 通过对在线数据库进行生物信息学分析,滑膜肉瘤的多个关键分子靶点和信号通路被确认,有助于对滑膜肉瘤病变分子发病机制进行深入研究.

  • 竞争性内源RNA在胰腺癌中的作用

    作者:申鹏;张太平

    胰腺癌是消化系统恶性程度较高的肿瘤之一,如何早期发现、诊断及提高疗效是目前临床迫切需要解决的问题.近年来竞争性内源RNA假说的提出为阐明包括胰腺癌在内的多种肿瘤的发生发展机制提供了重要线索及新的研究方向.微小RNAs (miRNAs)和长链非编码RNAs (lncRNAs)均为竞争性内源RNA假说的重要组成部分,研究发现,miRNAs的过度表达和沉默,以及部分lncRNAs的异常表达均与胰腺癌的发生发展有密切关系.本文分别从竞争性内源RNA假说的内容及机制,竞争性内源RNA成员在胰腺癌等肿瘤中的作用作系统综述.

  • iceRNA在神经系统肿瘤与免疫病中的研究进展

    作者:王天风;王丽华;王健健;陆小燕

    MicroRNA(miRNA)是一类长度约为22个核苷酸的内源性非编码RNA,通过与靶mRNA的3'UTR区域的特异性结合降解靶基因或抑制靶基因翻译.近期研究表明,一些mRNA、假基因、Long noncoding RNA(LncRNA)等可通过共同竞争miRNA反应元件(microRNA response element,MREs),从而实现对靶基因表达的调控.这些RNA称之为竞争性内源RNA (competing endogenous RNA,ceRNA),这种调控机制被称为ceRNA假说.而在一些神经系统疾病发生的过程中,mRNA、假基因、LncRNA、环状RNA等均可作为机体内的ceRNA,起到促进或者抑制疾病发生的作用.本文对ceRNA与部分神经系统肿瘤及神经免疫病等疾病的研究进展进行综述.

  • PTEN的ceRNA网络调控研究进展

    作者:张李迪;姜斌

    抑癌基因PTEN的表达水平与多系统肿瘤的发生、发展密切相关.研究发现,多种microRNA可以在转录后水平调控PTEN的表达,竞争性内源性RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)则能够屏蔽microRNA对PTEN mRNA的抑制或降解作用,二者共同作用形成一个精细的ceRNA调控网络,参与PTEN基因表达的转录后调控.本文主要列举目前已经被鉴定的具有功能性的PTEN相关ceRNA,并探讨ceRNA调控网络对PTEN蛋白表达水平及抑癌功能的影响.

    关键词: PTEN 调控 ceRNA miRNA
  • lncRNA作为竞争性内源RNA调控肝癌及中药作用机制研究进展

    作者:史苗娟;郭鑫昕;商嘉玮;苏式兵;张辉

    针对lncRNA作为ceRNA与miRNA (lncRNA/miRNA/mRNA)相互作用调控肝癌的进展进行综述,包括lncRNA/miRNA/mRNA在肝癌发生发展进程中的功能、机制,lncRNA/miRNA/mRNA调控通路与中药作用机制研究.lncRNA/miRNA/mRNA丰富了肝癌的发生、发展机制,为肝癌诊断及治疗提供新思路.

  • MALAT1对胶质瘤细胞增殖迁移的作用及其ceRNA机制研究

    作者:赵志新;朱雪琴;陈素云;胡小铭

    目的 探讨IncRNA MALAT1在胶质瘤细胞增殖侵袭过程的作用及其与miRNA124和CREB的作用机制. 方法 培养c6胶质瘤细胞,设计IncRNA MALAT1的siRNA序列和scramble序列,以50hM浓度干预C6细胞48小时,并设定空白对照组,使用CCK8法检测各组细胞增殖活力;Transwell检测各组细胞侵袭力;QPCR实验检测各组lncRNA-MALAT1、miRNA124、CREB基因的表达情况;Western Blot实验检测CREB蛋白的表达情况. 结果 与正常C6细胞相比,MALAT1 siRNA干预后,C6细胞活力减弱(P<0.05),侵袭力降低(P<0.05);MALAT1基因表达降低,miRNA124表达升高,同时CREB mRNA表达降低.Western Blot实验结果显示,各组细胞中CREB蛋白表达与mRNA表达一致. 结论 在胶质瘤细胞中,Inc-MALAT1发挥关键作用,其可通过调控miRNA124的表达,引起CREB基因转录和蛋白表达升高,从而促进C6胶质瘤细胞增殖.

  • 非编码RNA通过竞争性内源性RNA机制对肿瘤生物学行为的调控

    作者:刘之谦;韦晓晴;董家鸿

    非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)表达谱的异常见于包括肿瘤在内的多种人类疾病.由于研究体系的不成熟,ncRNA家族中的长链非编码RNA (lncRNA)、假基因(pseudogene)、环状RNA(circular RNA,circRNA)等的研究仍处于起步阶段.近年来的研究显示,lncRNA、假基因、circRNA等可以作为竞争性内源性RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)调控恶性肿瘤的各类生物学行为,包括增殖、凋亡、侵袭、转移以及自噬.以ceRNA机制为背景,论述ncRNA(主要包括lncRNA、假基因、circRNA)在肿瘤生物学行为中的新研究进展.

  • TCGA数据库中肝癌相关差异长链非编码RNA筛选和功能预测

    作者:孙金旗;马佳康;任凯凯;李南;李雨濛;马军

    目的 通过数据库挖掘寻找肝癌差异长链非编码RNA并预测其调控机制.方法 从TCGA数据库中下载374例肝癌样本和50例正常样本lncRNA、miRNA、mRNA的测序数据,筛选出差异基因后构建ceRNA网络关系图,对差异基因进行生存分析.设置差异倍数(foldChange)≥2,P<0.01.结果 在差异基因中发现77个lncRNA与miRNA相关,其中6个(HTR2A-AS1、AC073352.1、AL359878.1、AP002478.1、C20rf48、MYLK-AS1)与肝癌的总生存期相关;并发现了以hsa-mir-424和hsa-mir-519d为关键节点的ceRNA调控网络.结论 通过对TCGA肝癌基因数据的分析,筛选了6个lncRNA与肝癌的生存期有关,hsa-mir-424和hsa-mir-519d是重要的ceRNA调控网络节点.

    关键词: 肝癌 LncRNA ceRNA
  • 胰腺癌特异性差异表达lncRNA相关的ceRNA调控网络的构建

    作者:何江洋;李奉喜;黄垂国;牛跃平

    目的:构建胰腺癌特异性长链非编码RNA(lncRNA)相关的竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络.方法:从TCGA数据库下载178个胰腺癌及4个正常胰腺样本的RNA表达谱数据及相应的临床资料,对比分析差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA,基于lncRNA-miRNA在线预测工具miRcode数据库以及miRNA靶基因预测数据库(miRDB、miRTarBase、TargetScan)筛选,构建差异表达lncRNA相关的ceRNA调控网络.针对网络中的关键ln-cRNA和相应的靶基因进行生存分析.结果:成功构建了胰腺癌特异性lncRNA相关的ceRNA调控网络,该网络包括12个lncRNA,5个miRNA,54个mRNA.KEGG信号通路和GO功能分析结果表明,靶基因主要富集在"TNF sig-naling pathway""Jak-STAT signaling pathway""Apoptosis multiple species""MAPK signaling pathway"等通路,与"cellu-lar process""biological regulation""regulation of cellular process"等功能关系密切.生存分析结果表明,lncRNA MIR600HR、C9orf139、RP11-796E2.4、AC104809.2,以及靶基因CDHR1、CYFIP2、IL10RA、MAP3K1、SSH2、TSPAN1、VAMP1,与胰腺癌预后关系密切.结论:成功构建了胰腺癌特异性lncRNA相关的ceRNA调控网络,为胰腺癌的诊断、治疗和预后评估提供了潜在靶点.

  • lncRNA与miRNA相互调控作用及与心血管疾病的关系

    作者:廖江铨;刘咏梅;王阶

    近期研究表明,有大量基因序列通过ncRNA形式对生命活动进行调控,ncRNA不但参与细胞的增殖、分化和衰老,在癌症、神经退行性疾病和心血管等疾病中亦发挥重要作用.近年来有关miRNA和lncRNA在心血管疾病的病理及治疗方面的作用成为热点,而lncRNA和miRNA之间互相存在一定调控作用,但具体作用机制仍未明确,本文综述了有关lncRNA和miRNA之间相互关系的研究进展、研究方法及其在心血管疾病的作用.

  • ZEB2和PTEN在先天性巨结肠发生中的意义分析

    作者:谢华;李红星;张杰;陈焕;耿其明;徐小群;唐维兵

    目的:研究ZEB2和PTEN在先天性巨结肠中的表达情况,探讨两者在先天性巨结肠发生中可能的调控关系。方法采用实时定量PCR和蛋白电泳技术检测64例先天性巨结肠狭窄段和扩张段中ZEB2和PTEN mRNA及蛋白表达情况。采用Pearson相关性检验分析ZEB2和PTEN在先天性巨结肠狭窄段和扩张段中表达的相关性。在体外细胞SH—SY5Y中应用ZEB2 siRNA干扰技术降低ZEB2表达,检测其对PTEN表达的影响,利用Transwell实验、CCK—8实验和流式细胞仪技术检测ZEB2对细胞迁移、增殖、周期和凋亡功能。结果 ZEB2和PTEN mRNA在先天性巨结肠狭窄段的表达均比扩张段显著增高(ZEB2:1.2823±0.1323 vs 0.9877±0.1249,P=0.0073;PTEN:0.1132±0.0109 vs 0.0459±0.0058,P<0.001)。ZEB2和PTEN在先天性巨结肠狭窄段和扩张段组织中蛋白表达与mRNA表达一致(ZEB2:0.709±0.035 vs 0.531±0.027,P=0.0166;PTEN:0.466±0.047 vs 0.234±0.052,P=0.0293)。ZEB2与PTEN mRNA表达在巨结肠狭窄段(r=0.48,P<0.001)和扩张段(r=0.54,P<0.001)中均呈显著正相关。干扰ZEB2 mRNA表达后,体外细胞SH—SY5 Y的PTEN mRNA和蛋白表达显著下降,细胞增殖和迁移能力受到显著抑制。结论 ZEB2和PTEN在先天性巨结肠狭窄段中表达显著增加;ZEB2表达增加可能是PTEN通过竞争性内源性RNA机制调控后的继发性的改变。

  • LncRNA与miRNA在动脉粥样硬化中互相作用的研究进展

    作者:郑阳;李爽;张寒璐;张毛毛;孙勇;于波;吴健

    近研究发现非编码RNA在生物学过程中参与重要作用,包括细胞的增殖、分化、迁移和肿瘤的发生等,在动脉粥样硬化(AS)中也发挥重要作用.长链非编码RNA (lncRNA)和miRNA之间的互相作用能够更好体现复杂的生物学网络调控,成为治疗疾病的新靶点.而lncRNA和miRNA相互作用的研究在AS中处于初始阶段,具体机制尚不明确.本文综述了在AS中lncRNA和miRNA之间相互作用的研究进展.

  • 基因表达调控分子circRNAs的研究进展

    作者:俞秋嫣;王力;杨忠现;黄恩民;黄远威;罗淦丰;张燕婷;李克

    环状RNA(circRNAs)作为一类内源性非编码RNA广泛存在于多种生物细胞中.环状封闭结构、无poly A尾巴是circRNAs结构上的特征,使其不易被核酸外切酶降解,能够逃脱腺苷酸脱支酶脱帽效应.circRNAs参与转录或转录后的基因表达调控,尤其是作为miRNA抑制剂,充当竞争性内源RNA抑制靶标基因的表达.circRNAs结构上的特异性和调控基因表达的生物学功能,可以在疾病易感性检测、疾病诊断、预后和治疗方面发挥作用.本文就circRNAs的分类、特征、已知的生物学功能、致病机制及其临床应用作一综述.

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