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2001～2011年上海市风疹病毒分子流行病学研究
本研究对2001～2011年本实验室保存的血清标本检测结果为麻疹IgM阴性,风疹IgM阳性病例相对应的咽拭子标本进行风疹病毒(Rubella virus,RV)分离,用RT-PCR方法对细胞培养产物鉴定后扩增病毒El基因,扩增产物用于核苷酸序列测定,并进行分子流行病学分析.结果表明,60份咽拭子标本共分离到31株RV,获得27株RV的739nt(nt8731～nt9469)核苷酸序列,系统同源性分析表明,27株RV分离株分别属于两个不同的基因型,除分离自2011年的11009株、11052株和11106株为2B基因型外,其他分离株均为1E基因型.27株RV分离株大部分的核苷酸突变为无义突变,氨基酸序列高度保守.24株1E基因型分离株中大部分毒株氨基酸序列完全一致,自2001年以来可能有来自同一传播链的RV在持续传播.本研究首次监测到2B基因型RV2011年开始在上海流行,经GenBank核苷酸序列比对发现,其与越南、日本、阿根廷等国家近几年的RV分离株核苷酸序列同源性达99％.由于以前对风疹的监测较少,尚不能证明其来源.
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上海市2011-2017年风疹病毒基因特征分析
目的 分析2011-2017年上海市风疹病毒(rubella virus,RV)野毒流行株的分子流行病学特征.方法 选择2011-2017年上海市报告疑似麻疹/风疹病例中经实验室诊断排除麻疹,确定为风疹病例所对应的咽拭子标本进行RV分离,用一步法逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)扩增病毒E1基因,扩增产物进行核苷酸序列测定,并进行分子流行病学分析.结果 684份咽拭子标本共分离到395株RV,获得其中377株RV的739个核苷酸(nucleotide,nt)(nt8731～9469)序列.序列同源性分析表明,377株RV分离株分别属于两个不同的基因型,109株为1E基因型,与来自中国的参考株(RVi/Shandong.CHN/0.02/)亲缘性关系更近,其他分离株均为2B基因型,5株分离株在2B基因型中成一个独立小分支.377株RV分离株大部分的核苷酸突变为无义突变,氨基酸(amino acid,aa)序列高度保守,除1株外所有1E基因型RV分离株在E1蛋白aa338位点发生相同突变(亮氨酸→苯丙氨酸),而2B基因型分离株以及其他基因型WHO参考株在该位点均未发生改变.结论 2011-2017年上海市存在两种不同基因型RV流行,其中2011-2013年1E基因型为优势基因型.继2011年首次监测到2B基因型RV后,便持续存在流行,并自2014年起成为上海市的优势基因型.
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吉林省首次分离的2B基因型风疹病毒株的基因特征分析
目的 分析吉林省首次分离的2B基因型风疹病毒株的基因特征.方法 采集病例咽拭子标本,提取核酸,通过Real-time PCR进行风疹初筛,阳性标本接种于淋巴信号激活因子转染的非洲绿猴肾细胞(Vero cell transfected to express the human singaling lymphacyte actiration molecule, Vero/SLAM),进行病毒分离,采用RT-PCR法扩增病毒分离物的E1基因目的片段,并对扩增产物进行序列测定及分析.结果 4份咽拭子标本经Real-time PCR鉴定均为阳性,病毒分离获得2株风疹病毒株,序列测定分析结果均为2B基因型,氨基酸和核苷酸序列同源性均为100％.与全国近年流行的2B基因型比较,处于一个相对独立的分支.结论 吉林省自2008年开展风疹病毒病原学监测以来,首次监测到2B基因型风疹野病毒,丰富了吉林省风疹病毒基因库.
