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聚类分析对中国肾综合征出血热疫区分型的探讨
目的用聚类分析探讨中国肾综合征出血热(HFRS)疫区分型情况.方法对1995～1999年数据完整的36个监测点的发病率资料,按各年度及计算5年月平均发病率后分别进行聚类分析.结果 36个HFRS监测点1995～1999年资料综合发病率聚成3类时,与1980～1992年原分型结果相比:分型相同的有24个,占66.7%.在现分型中,除了7个监测点未给出明确的疫区分型外,其余29个监测点1999年报道分型的结论与1999年采用聚类分析进行的疫区分型,一致的有23个,占79.3%.结论春季和夏季HFRS发病有所增加,而秋冬季则相对下降;聚类分析可以作为疫区分型的辅助方法.
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微卫星锚定PCR分析19个湖北钉螺种群之间的遗传变异关系
目的 探讨湖北钉螺种群间的遗传变异关系.方法 采用微卫星锚定PCR分子标记技术对来自中国大陆8个省的19个种群钉螺基因组DNA进行扩增,分析钉螺各种群间的遗传变异并对钉螺种群进行聚类分析.结果 19个钉螺种群间的遗传距离D在0～0.73之间,平均遗传距离D为0.22±0.013.19个钉螺种群被聚成4类,一类包括分布在长江中下游流域(湖南、湖北、江西、安徽、江苏)的16个钉螺种群;广西宜州、福建福清和云南大理的钉螺种群分别单独成一类.结论 目前分布在中国大陆的湖北钉螺可能分为4个亚种,即指名亚种、滇川亚种、福建亚种、广西亚种.
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25个湖北钉螺种群扩增片段长度多态性分子标记的遗传变异研究
目的 探讨湖北钉螺种群间的遗传变异及其程度.方法 采用扩增片段长度多态性分子标记技术对来自中国大陆10省的25个种群钉螺基因组DNA样品池进行扩增,分析钉螺各种群间的遗传变异并对钉螺种群进行聚类分析.结果 25个钉螺种群间的相似系数GSDICE在0.694～0.831之间,Nei无偏遗传一致性在0.635～0.799之间,遗传距离D在0.169～0.306之间,Nei无偏遗传距离在0.225～0.452之间,光壳钉螺种群间的遗传变异程度明显高于肋壳钉螺种群间的遗传变异程度(P＜0.01).25个钉螺种群被聚成3类,A类包括来自福建福清和广西宜州的光壳钉螺种群;B类包括来自四川西昌、普格、丹棱、蒲江、广汉和云南大理的光壳钉螺种群;C类则由其他来自长江中下游地区的17个钉螺种群组成.结论 在中国分布的湖北钉螺已发生较大的遗传变异,基因组水平上的钉螺种群聚类结果和其地理分布基本一致.
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用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法检测幽门螺杆菌的分子流行病学研究
本研究应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)法对来自不同临床标本的幽门螺杆菌(Hp)进行分析,通过聚类分析进行基因分型,并在此基础上探讨不同基因型别的Hp与不同疾病的关系.
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北京、广东、宁夏三地结核分支杆菌DNA指纹的应用研究
目的分析"北京家族"结核分支杆菌,从分子流行病学角度探讨北京、广东及宁夏三地结核分支杆菌的分布特征.方法采用Gel compare 4.1软件对来自三地的206株结核分支杆菌的插入序列IS6110 DNA指纹图谱进行数字化,经互联网与世界结核分支杆菌DNA指纹库进行相似性比较;同时应用该软件对上述菌株行聚类分析;构建标准的结核分支杆菌Spoligotyping(间隔区寡核苷酸分型法)DNA指纹方法;用χ2检验比较不同组别肺结核病人临床分离菌株成簇率的差别,同时计算相对危险度(OR).结果 206株结核分支杆菌的IS6110 DNA指纹图谱与DNA指纹图谱库相比较,未发现相同者.56.8%(117/206)的结核分支杆菌IS6110 DNA指纹相似值在1.00～0.65之间,且它们的Spoligotyping指纹图谱均与"北京家族"结核分支杆菌相一致;分组统计显示:男性组与女性组、年龄≥42岁组与＜42岁组成簇率之间差异有显著性(P＜0.05),OR值为男性4.43,95%CI:0.94～28.76;＜42岁为5.06,95%CI:1.00～34.34.其他各组之间差异无显著统计学意义(P＞0.05).结论 "北京家族"结核分支杆菌在三地呈较高水平的流行;结核分支杆菌在男性和＜42岁人群中的传播频率较女性和≥42岁人群为高,且男性和＜42岁可能是三地结核病近期传播的危险因素.利用结核分支杆菌的DNA指纹图谱和互联网技术,可以实现结核分支杆菌传染源全球范围的追踪.
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13个VNTR位点用于113株结核分支杆菌的基因分型研究
目的 应用数目可变串联重复序列(VNTR)分子分型技术,对北京地区113株肺结核临床分离菌株进行分型研究,探讨北京地区菌株DNA多态性和基因型特征.方法 采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分支杆菌13个VNTR位点进行检测,并应用Gel-Pro analyzer 3.1软件和BioNumerics 3.0软件进行结果分析.结果 113株结核分支杆菌可分为4个基因型(分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ和V型),其中Ⅰ型占92.0%(104/113),其他3型所占比例很小,分别为Ⅱ型占4.4%(5/113),Ⅳ和V型均为1.8%(2/113),而标准菌株H37Rv在分型中为独立的一个基因型,即Ⅲ型.结论 北京地区的结核分支杆菌存在基因多态性,其主要流行型为Ⅰ型.
关键词： 结核分支杆菌 基因分型 聚类分析 数目可变串联重复序列技术 -
中国鼠疫耶尔森菌的分子生物学特征与遗传学意义
目的根据中国鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的分子生物学特征分析其遗传背景.方法利用实验研究中rRNA基因指纹图(ribotyping)、脉冲场凝胶电泳(PFGE)、随机扩增DNA多态性(RAPD)及插入序列(IS)等方面工作的原始数据,通过聚类分析等统计学手段,探究中国鼠疫菌株间的遗传学距离,分析各种方法作为鼠疫菌分子识别特征的意义.结果 rRNA基因指纹图型与脉冲场电泳型之间是相对应的,但同属于7拷贝rRNA基因的田鼠菌株与西藏仲巴菌株,其间的遗传学距离,却较6拷贝rRNA基因的菌株还远.而随机扩增型与rRNA基因型之间对应关系较不明确,有较多的例外情况.用相似值可以表示这些菌株之间的遗传距离.结论中国的鼠疫菌具有多种独特的分子生物学特征,其中新疆灰旱獭疫源地和西藏南部冈底斯山地理环境复杂,有较多的自然屏障,使鼠疫菌在流行过程中,限于局部地区,各自独立进化,产生了相互混合存在的多种基因类型.
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中国城市居民乳腺癌危险因素的研究
目的 乳腺癌是全世界妇女中多发的肿瘤.我国城市女性乳腺癌危险因素的筛查及其探索监测方法研究(并有相关的论文陆续发表),对乳腺癌的预防和控制十分重要.方法 在我国选择北京、天津、上海、重庆、武汉、广州六大城市作为监测地区,采用以人群为基础的1:1配对的病例对照研究方法,共抽取2100对病例与对照,进行问卷调查.应用SAS6.12软件进行单因素、多因素条件logistic回归分析,并对六城市分别做指标聚类分析和样品聚类分析.结果 六城市资料分别分析结果为:文化程度高(OR:1.20～1.61)、体重指数大(OR:1.40～22.36)、精神心理压抑(OR:16.0～10.50)、女性生殖系统疾病史(OR:1.73～19.44)、摄人乳类食品多(OR:1.64～3.39)等为六城市共同的主要危险因素;而初潮年龄早、结婚年龄晚、行经年龄多、饮食中肉类、蛋类、鱼虾类摄人量高等危险因素在不同城市中出现;常吃葱蒜类食物及避孕年数多为保护性因子,绝经前与绝经后的危险因素及效应强度均有所不同;聚类分析显示北京、武汉、重庆为一类,上海、天津相类似,而广州为单独一类.结论 我国六城市妇女乳腺癌危险因素中有共同的暴露因素,同时,在不同城市之间的主要危险因素及暴露水平又有一定差异.对此研究方法,在选择变量及分析方法等对今后监测工作提供了有益的参考.
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聚类在流行病学分层分析中的应用
目的建立一种方法,解决当混杂因素分层界限不清或存在矛盾时,如何进行流行病学分层分析的问题.方法采用SPSS 10.0软件,以广东省1997～1998年糖尿病流行病学调查资料为实例,进行聚类分层分析. 结果聚类分层分析提高了分层分析效率,有效地控制了混杂偏倚,避免了错分偏倚的产生.结论聚类分析可以作为一种辅助分层的方法,合理解决当混杂因素分层界限不清或存在矛盾时,如何进行分层分析的问题.
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判定传染病发病时间聚集性五种方法的比较与探讨
探讨并比较判定传染病发病时间聚集性的五种方法.以郑州市金水区2008-2010年细菌性痢疾发病时间聚集性的判定为例,比较可用于传染病发病时间聚集性分析和判定的聚类分析、游程检验、负二项分布、圆分布、集中度五种方法.聚类分析得出5-9月是发病流行期,8月是发病高峰期;游程检验得出2008和2009年月发病具有聚集性(P＜0.05),2010年发病月分布具有随机性;集中度法得出2008-2010年每年月发病分布均有一定的聚集性,从M值看聚集程度逐年减弱;圆分布法得出2008-2010年每年均具有发病聚集倾向时间(P＜0.01),3年依次为7月11、29日和8月24日;负二项分布拟合得出在年度日发病层面2008和2010年具有聚集性(P＞0.05),2009年不具有聚集性(P＜0.05).五种方法均可用于传染病发病时间聚集性的分析和判定,可根据不同情况选择.[Introduction] To demonstrate and evaluate five different methods in the determination of temporal clustering on infectious diseases.The incidence rates of bacillary dysentery in Jinshui district,Zhengzhou city,Henan province from 2008 to 2010 were analyzed by 5 different methodsCluster Analysis,Runs Test,Negative Binomial Distribution,Circular Distribution and Concentration Ratio.Through Cluster Analysis,data showed that the epidemic period was from May to Sept.with August as the peak.Runs Test confirmed a cluster of month-incidence in 2008 and 2009 (P＜0.05)and a random distribution in 2010.The Concentration Ratio showed a weakened seasonal incidence cluster to a certain extent by M from 2008 to 2010.The Circular Distribution demonstrated an inclining cluster of time (P＜0.01) and it was on July 11th and 29th,as well on August 24th in 2008,2009 and 2010.In terms of day-incidence,the Negative Binomial Distribution presented a cluster in 2008 and 2010,but with no significant difference in 2009.The five above said methods could flexibly be used in determining the temporal clustering of infectious disease at different occasions.
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近10年亲密伴侣暴力国际研究热点的文献计量学分析
目的 从文献计量的角度系统地分析世界各国近10年有关亲密伴侣暴力(intimate partner violence,IPV)的研究热点问题的分布及变化趋势,旨在为我国开展相关研究提供参考依据.方法 检索PubMed数据库2005-2014年收录的相关文献采用书目信息共现挖掘系统(BICOMS)进行文献计量分析,并利用SPSS 20.0软件绘制系统聚类关系图及x2检验分析热点变化趋势.结果 统计分析表明,国际上在IPV领域发布的科研论文共3 257篇,数量上整体呈上升态势,尤以近3年更为明显.近10年相关研究主题词主要集中在4各方面:IPV的相关损害及疾病、流行病学调查方法、社会支持、IPV及所引起的疾病预防干预知识及措施.分析结果显示,相对前5年,近5年发表的文献侧重于IPV与HIV感染关系的研究(2.0％vs.1.0％,x2=4.471,P=0.034),并将研究对象拓展到孕产妇(1.2％vs.0.4％,x2=4.805,P=0.028)等人群.结论 近10年IPV领域的研究总体围绕4个方面,近5年的研究热点开始转向其与HIV感染,目标人群开始拓展到普通女性以外其他人群,中国在该领域的研究还处于起步阶段,期待有所突破的研究.
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2000-2017年国际HIV暴露后预防研究热点的文献计量分析
目的 从文献计量分析角度对国际HIV暴露后预防(post-exposure prophylaxis,PEP)的发文量、研究热点及其变化趋势等方面进行分析和研究,旨在为我国相关研究开展及防治条例制订提供参考依据.方法 利用CiteSpace 5.1软件对Web of Science核心合集数据库收录的2000-2017年间所有PEP相关文献进行可视化分析.结果 国际上PEP相关研究发文量平均增速为10.78％,2016年发文量达到顶峰(34篇),近年相关研究热点从预防HIV职业暴露向MSM等高危人群的HIV非职业暴露后阻断转移,聚类分析显示PEP研究热点主要集中于强化干预减少HIV感染风险、全球HIVPEP的形势、德国-奥地利预防指南3个领域.结论 近年高危人群尤其MSM人群的HIV非职业暴露后预防日益受到国际关注,相关研究主要集中于提高PEP在MSM人群中的知晓和使用度以及服药过程中的依从性等方面.在我国MSM人群HIV疫情较为严峻且未得到有效控制的背景下应加强PEP对MSM人群HIV感染风险的评估和探索,以便为医务人员实施HIV非职业暴露阻断及相关部门制定PEP用药指南提供参考依据.
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基于土地利用回归模型的大气污染研究文献计量学及可视化分析
目的 定量分析基于土地利用回归(LUR)模型的大气污染研究现状和发展趋势.方法 检索PubMed数据库2017年6月30日前收录的相关文献,采用书目共现分析系统(BICOMB 2.0)统计文献计量学指标,运用引文空间信息可视化分析软件(CiteSpace 5.1.R5)生成关键词共现网络、聚类图谱和时间线图谱,并分析3个中文数据库的相关文献.结果 PubMed数据库检索到464篇文献,年份发文量符合指数增长趋势.发文多的期刊是EnvironmentalHealth Perspectives.共词聚类分析得到5个聚类(根据CiteSpace 5.1.R5软件自动生成序号):#0基于出生队列的产前空气污染暴露及健康效应;#1 LUR模型构建及暴露评估;#2交通暴露的流行病学;##3超细颗粒物暴露及健康效应;#4黑碳暴露及健康效应.时间线图谱显示聚类##0和#1是主要研究领域,聚类#3和#4是前沿研究领域.中文数据库共检索到94篇文献,主要为建模研究.结论 我国应开展更多基于LUR模型的环境流行病学研究,精细评估大气污染的健康风险.
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儿科体外膜肺氧合技术应用现状分析
目的 梳理儿科领域应用体外膜肺氧合技术相关文献,分析该技术在儿科领域发展历史和应用现状.方法 以PubMed收录的儿科领域应用体外膜肺氧合技术相关文献为研究对象,利用书目共现分析系统BICOMB和SPSS 20.0对所有文献中的高频主题词进行聚类分析,揭示该技术应用现状.结果 该领域的文献基本呈逐年上升趋势,多刊载于急救、危重症、心脏外科等相关期刊,高频主题词聚类分析显示了该技术的主要应用领域.结论 小儿心脏外科、心肌炎、肺移植、呼吸循环障碍以及先天性膈疝是ECMO技术在儿科主要的应用领域,该技术能够提高患儿生存、改善预后,是目前抢救上述重症患儿的重要手段.
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基于共词聚类的病历书写培训热点计量分析
目的：通过计量分析方法，挖掘病历书写培训热点，推动培训者对当前先进的理念和实践经验的认知。方法检索中国期刊全文数据库，导出相关题录信息进行相关统计，并确定高频关键词进行共词聚类分析。结果共检索出618篇病历书写培训相关文章，确认高频关键词32个，对其共现矩阵进行聚类分析，得类内相似度0.46以上、类间相似度0.15以下共9类。结论病历书写培训研究数量逐年上升，呈现出“广度大、深度浅”的态势，共涉及培训方法、实习医师管理、岗前培训、医疗法律、缺陷分析、综合素质培养、电子病历、住院病案质量、护理文书9个方面。
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2008年-2012年国内外国际疾病分类论文热点对比分析
目的 通过对国内外国际疾病分类(ICD)研究文献进行聚类分析,对比国内外国际疾病分类论文研究热点的分布和异同.方法 利用中国生物医学文献数据库(CBM)和美国国立医学图书馆的pubmed检索ICD文献,采用文献计量学和聚类分析方法分析.结果 通过对ICD高频关键词聚类分析分别绘制树状图,总结得出了国内3个研究热点和国外4个研究热点.结论 国内外ICD研究热点存在一致性和差异性,国内的ICD研究有待深入和扩展.
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1997-2017年基于CNKI数据库的日间手术文献计量分析
目的:以1997-2017年国内学者在中国知网(CNKI)数据库中发表的有关日间手术的文献为数据源,对日间手术研究的基本概况进行分析.方法:通过文献计量学的统计分析、共词分析、聚类分析和战略坐标图分析对国内日间手术研究的文献数量分布、被引次数、关键词、期刊以及科研机构展开学术评价.结果:2017年10月11日以“日间手术”为关键词搜索CNKI数据库,获得有效分析文献728篇,2015年开始,国内相关相关主题的发文数量出现了较大幅度的增长,以四川大学华西医院、上海交通大学医学院附属仁济医院为代表的医疗机构在《华西医学》《临床麻醉学》《中国医院》等杂志发表了数量较多的代表性论文,排名前20位的医疗机构平均发表论文11.4篇,34个非日间手术高频关键词平均出现17.9次.关键词聚类分析和战略坐标图研究发现,高频主题集中在麻醉技术、特定手术、质量与安全、护理、管理等多个领域.医疗质量与安全主题是当下研究者围绕日间手术展开研究的重点关注领域;腹腔镜胆囊手术与日间手术相关的研究趋于成熟,也是研究的热点之一.结论:日间手术相关文献数量近年呈较快增长趋势,研究范围的广泛性逐步拓展,区域研究中心逐渐形成,该领域研究正渐进高潮.
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利用遥感图像对湖沼型血吸虫病疫区洲滩植被的聚类分析
目的利用卫星专题制图仪(thematic mapper,TM)遥感图像对江西恒湖茶叶港湖沼型血吸虫病疫区洲滩植被进行聚类分析.方法通过主成分分析确定用于聚类分析的TM3、TM4和TM5等3个波段遥感数据,然后在遥感图像处理软件支持下对卫星TM图像进行假彩色合成及聚类分析,后通过现场勘察确定不同类别的地物属性,并在研究现场进行螺情调查.结果通过聚类分析和实地勘察,在研究现场的遥感图像上共划分出3个地表类别,在各种植被中,占据绝对优势的苔草为茶叶港洲滩钉螺的主要孳生地.根据2000年春季的查螺结果,苔草生长区域的活螺密度和感染螺密度分别为2.51/0.11 m2和0.006 9/0.11 m2,钉螺感染率为0.28%.结论遥感遥测技术有助于钉螺分布规律的研究,在血吸虫病及其他与生态有关疾病的流行病学研究中有着良好的应用前景.
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中国地区丙型肝炎病毒的NS5A基因序列及干扰素敏感决定区特征分析
丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)NS5A基因编码的ISDR、PKRBD和V3等区域氨基酸序列的变异与HCV对干扰素-α( interferon-α,IFN-α)治疗的不同反应性有关[1-6],了解NS5A基因的序列特征及干扰素敏感决定区(IFN Sensitivity Determining Region,ISDR)的氨基酸序列有助于进一步研究中国地区HCV的致病性及HCV相关肝炎的药物治疗与预后.笔者选取了美国国立生物技术信息中心数据库(NCBI)中发表的中国地区HCV多聚蛋白的核苷酸和氨基酸序列及NS5A蛋白的部分氨基酸片段,对NS5A基因序列及ISDR氨基酸序列进行多序列比对、聚类分析、相似性分析及氨基酸变异位点分析,分析中国地区HCV的NS5A基因序列及ISDR特征,现将结果报道如下.
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基于多位点探针熔解曲线的霍乱弧菌快速分型方法研究
目的 研究基于探针熔解曲线分析的多位点熔解分型技术(McMLMT)的霍乱弧菌快速分型方法.方法 选取厦门市CDC于1998-2010年霍乱病原监测中从各种水体和水产品等监测样品中分离的霍乱弧菌分离株(ctx-)作为试验菌株,共108株.筛选霍乱弧菌7个管家基因,针对每个基因设计特异引物和覆盖多态性位点的4条荧光探针,建立各基因的双管双色PCR熔解曲线分析(PCR-MCA)检测体系,检测108株试验菌株,获取28个熔点值(Tm值),转化为等位基因编码并确定型别.同时对7个管家基因的多态性区域序列参照多位点序列分型方法(MLST法)进行分型.两种方法的分型数据以BioNumerics软件进行聚类分析比较,并与其中部分菌株PFGE分型数据比较,评估McMLMT的分辨能力和可靠性.结果 构建并优化了霍乱弧菌McMLMT分型体系.应用McMLMT分型体系检测霍乱弧菌,108株霍乱弧菌的28个Tm值按管家基因分组并依顺序编码后,可分为18型(D =0.723 3);同时参照MLST方法直接以7个基因的多态性区域序列进行分型,分型结果与McMLMT-致;其中46株PFGE型别不同的菌株,McMLMT法可分为13个熔解类型(D=0.614 5),PFGE法可分为A～K的11群(相似度为85％,D=0.858 9).结论 采用McMLMT分型方法可以对批量菌株进行快速分型,分辨力与MLST法相同,与PFGE法在相似度为85％分群的分辨力相似.
