首页 > 文献资料
-
基于数据库分析SPP1在肺鳞癌中的表达及意义
目的 基于数据库分析分泌性磷蛋白1(SPP1)在肺鳞癌中的表达及意义.方法 通过检索Oncomine和cBioPortal数据库中关于SPP1的信息,并对目前数据库中资料进行二次分析,分析其在肺鳞癌中的作用.结果 Oncomine数据库中共有4个研究涉及SPP1在肺鳞癌组织和正常组织中的表达,共包括184个样本,荟萃4个结果发现,SPP1在肺鳞癌中较正常组织高表达,差异具有统计学意义(P=2.84×10-7).通过cBioPortal数据库分析,在oncoprint选项中发现501例中晚期肺鳞癌的样本中有39例SPP1高表达(7.8％).SPP1表达量与肺鳞癌总体生存率存在相关性,SPP1高表达5年生存率为29.1％,而SPP1低表达5年生存率为49.3％,差异具有统计学意义(P<0.05).结论 通过对Oncomine和cBioPortal数据库中肿瘤相关基因信息的深入检索,提出SPP1在肺鳞癌组织中高表达,且与肺鳞癌预后有关,其将为肿瘤药物的开发提供重要理论依据.
关键词： SPP1 肺鳞癌 Oncomine cBioPortal 预后 -
基于Oncomine和GEPIA数据库分析NFE2L3基因在结直肠癌中的表达及其临床意义
目的 通过挖掘Oncomine和GEPIA数据库中的相关数据,分析NFE2L3基因在结直肠癌中的表达及临床意义.方法 检索Oncomine和GEPIA数据库中有关结直肠癌的数据并结合文献资料进行二次综合分析.癌与正常组织之间基因表达差异采用t检验,采用单因素方差分析比较不同临床分期之间基因表达的差异,采用Pearson相关分析进行相关性研究,采用Kaplan-Meier方法进行生存分析.结果 Oncomine数据库中共收集了334项关于NFE2L3基因在不同类型癌与正常组织中表达的比较的研究结果,表达差异有统计学意义的研究结果有55个.其中共有21项研究涉及NFE2L3基因在结直肠癌组织和正常结直肠组织中的表达,共包括1000个样本.与对照组相比结直肠癌组织中NFE2L3 mRNA表达显著高于结直肠正常组织(P<0.05).GEPIA数据库中分析发现NFE2L3基因的表达与错配修复基因MLH1、MSH2、MSH6和PMS2的表达均呈显著相关性(P<0.05);NFE2L3基因与结直肠癌的临床分期与预后生存(总生存率和无病生存率)均不具有相关性(P>0.05).结论NFE2L3 mRNA在结直肠癌组织中呈高表达,并与影响结肠癌发生的错配修复基因的表达关系密切.
关键词： 人核因子红细胞2相关因子3 结直肠癌 Oncomine 基因表达谱 交互分析 -
基于Oncomine数据库分析STC 2在肝细胞癌中的表达及意义
目的探讨斯钙素2(STC 2)在肝细胞癌(肝癌)中的表达及临床意义.方法收集Oncomine数据库中有关STC 2的相关信息,对资料进行二次分析,并研究STC 2在肝癌中的作用.肝癌组织与癌旁组织间STC 2表达比较采用t检验.STC 2表达与肝癌患者生存预后关系分析采用Kaplan-Meier生存曲线及Log-rank检验.结果Oncomine数据库总共收集415项不同类型的研究,STC 2表达增高24项,表达降低5项.其中有8项研究涉及STC 2在肝癌组织与癌旁组织中的表达,与癌旁组织相比,STC 2在肝癌组织中高表达(P<0.05).两项研究发现STC 2与肝癌患者总体生存无相关性(χ2=3.233,1.787;P>0.05),且与患者肿瘤复发率也不存在相关性(χ2=3.195,1.514;P>0.05).结论基于Oncomine数据库分析发现STC 2在肝癌组织高表达,但其与肝癌预后无明确相关性.
-
ARID1B在肺癌中的表达及意义
目的:探讨ARID1B在肺癌组织中的表达及其与肺癌患者预后的关系.方法:通过使用Oncomine数据库分析肺癌组织与正常肺组织中ARID1B基因表达的差异,同时使用Kaplan-Meier plotter数据库分析ARID1B在肺癌组织中的表达与患者预后的关系.结果:相比于正常肺组织,ARID1B在肺腺癌组织中的表达量降低.ARID1B的表达与肺腺癌患者的总生存率相关,表达量越高则生存率越好.结论:肺腺癌组织中ARID1B高表达提示预后良好.
-
利用Oncomine和TCGA数据集分析MTERF3在大肠腺癌的表达及预后作用
目的 基于数据挖掘探讨人线粒体转录终止因子3在正常肠组织和大肠腺癌中的表达水平,并探讨MTERF3 mRNA表达量与大肠腺癌患者临床病理参数的相关性及其预后作用.方法 从Oncomine基因芯片数据库和美国癌症基因组图谱中下载关于大肠腺癌患者MTERF3 mRNA二代测序数据及临床病理资料,使用R 3.3.0软件分析MTERF3表达量与临床病理参数的相关性及其预后价值.结果 Oncomine数据库中共收集了344个不同类型的肿瘤研究结果,关于MTERF3表达有统计学差异的研究结果共20项,其中MTERF3高表达的研究有19项,低表达的研究有1项(P<0.05).数据库中共有7个不同的研究涉及MTERF3在大肠腺癌组织中和正常大肠组织中的表达,与正常肠组织相比,MTERF3在大肠腺癌中呈高表达,且差异具有统计学意义(P=1.56×10-23).分析发现,349例大肠腺癌患者MTERF3表达水平与年龄、性别、肿瘤部位、浸润深度、淋巴转移、远处转移无关(P>0.05),与病理类型相关(P<0.05);Kaplan-Meier分析发现,大肠腺癌患者MTERF3的表达水平与总生存率(OS)和无病生存率(DFS)均无显著相关性(P>0.05).结论 人MTERF3在大肠腺癌组织中高表达,但MTERF3 mRNA表达量与大肠腺癌患者的预后无显著的相关性.
-
基于ONCOMINE数据库分析Ⅰ型5α还原酶在前列腺癌中的表达及意义
目的:阐述Ⅰ型5 α还原酶(SRD5A1)在前列腺癌中的表达及意义. 方法:检索ONCOMINE数据库中关于SRD5A1的信息,并对目前数据库中资料进行2次分析,对其在前列腺癌中的作用进行meta分析. 结果:ONCOMINE数据库中共收集了992项不同类型SRD5A1的研究结果,关于SRD5A1表达有统计学差异的结果有239项,其中SRD5A1表达增高的有157项,表达降低的有82项.前列腺癌中高表达的有11项、低表达的有3项.共有18项研究涉及SRD5A1在前列腺癌组织和正常组织中的表达,包括1 068例样本.SRD5A1在前列腺癌中的表达量高于正常组织(P＜0.05).而在其中3项研究中,SRD5A1不仅在前列腺癌中高表达,并且随着前列腺癌的转移,SRD5A1的表达量逐渐增高(P＜0.05).不仅如此,在2项有预后数据的研究中,高表达SRD5A1的患者术后生化复发率和总体死亡率较高,低表达SRD5A1的患者术后预后较好(P＜0.05). 结论:SRD5A1在前列腺癌组织,尤其是在转移性前列腺癌和去势抵抗性前列腺癌高表达,且与前列腺癌预后有关,其有可能成为前列腺癌肿瘤药物的重要靶点.
-
基于公共数据库和cDNA芯片研究CCT6A在肝细胞癌中的表达及意义
目的 分析CCT6A在肝癌中的表达及其与肝癌预后的关系.方法 采用Oncomine、GEPIA、HPA数据库和肝癌cDNA芯片检测研究CCT6A在肝癌等恶性肿瘤及其癌旁组织中的差异表达,并且分析CCT6A在肝癌组织中的表达与肝癌预后的关系.结果 Oncomine数据库分析发现,CCT6A在乳腺癌、肺癌、胃癌、肝癌等多种癌组织中的表达显著高于其对应的正常组织.Oncomine、GEPIA、HPA数据库和肝癌cDNA芯片结果分析证实,CCT6A的mRNA和蛋白表达在肝癌组织均明显高于癌旁组织(P<0.05).GEPIA数据库生存期分析,CCT6A在肝癌组织中高表达与肝癌患者生存期短密切相关.结论 CCT6A在肝癌组织中显著升高,且其高表达与肝癌患者的预后差密切相关.
-
基于数据挖掘分析HMGB1表达对胃癌预后的影响
目的 本文基于数据挖掘探索高迁移率族蛋白1(HMGB1)在胃癌中的表达及对预后的影响.方法 Oncomine数据库提取HMGB1在胃癌组织和正常组织中转录水平的变化数据,并对数据库中的基因表达信息进行二次分析;利用Kaplan-Meier Plotter分析HMGB1表达水平与胃癌预后的关系.结果 Oncomine数据库中共收集了443项不同类型的研究结果,其中关于HMGB1表达有统计学差异的研究结果有20项,HMGB1表达增高的研究有17项、表达降低的研究有3项,在胃癌中高表达的研究有1项,低表达的有0项.11项研究涉及HMGB1在胃癌组织和正常组织中的转录水平的表达,共包括318个样本,与正常组织相比,HMGB1在胃癌组织中高表达(P=0.002).不仅如此,Kaplan-Meier Plotter数据库分析结果显示,HMGB1的mRNA表达量与胃癌总体生存率存在相关性,即高表达HMGB1的患者总体生存率较好,低表达HMGB1的患者预后较差(P=1.8E-05).结论 HMGB1 mRNA在胃癌组织中高表达,而且与肠型胃癌预后相关,这为探索HMGB1在胃癌中的作用提供了基础,也为今后胃癌的临床治疗和预后研究提供重要理论依据.
-
基于Oncomine芯片数据库荟萃分析碳酸酐酶 IX 在肾细胞癌中的表达及意义
目的：阐述碳酸酐酶 IX(carbonic anhydrase IX,CAIX)在肾细胞癌中的表达及意义.方法挖掘 Oncomine 数据库中关于 CAIX的信息,并对目前数据库中资料进行二次分析,对其在肾癌中的作用进行荟萃分析.结果 Oncomine 数据库中共收集了440个不同类型的研究结果,其中关于CAIX表达有统计学差异的研究结果有31个,CAIX表达增高的研究有22个、表达降低的研究有9个.在泌尿系统肿瘤中,膀胱肿瘤中高表达的研究有3个、低表达的有0个,肾癌中高表达的研究有5个、低表达的有0个,前列腺癌中表达没有差异.共有8个研究涉及 CAIX在肾透明细胞癌组织和正常组织中的表达,共包括969个样本,与对照组相比,CAIX在肾透明细胞癌中高表达(P＝5．79×10-9).不仅如此,在TCGA RCC的研究中,CAIX的 DNA copy number 和 mRNA表达量与肾透明细胞癌总体生存率存在相关性,即低表达 CAIX 的患者总体生存率较差,高表达CAIX的患者预后较好(P 分别为0．0007和0．019).结论我们通过对Oncomine基因芯片数据库中肿瘤相关基因信息的深入挖掘,提出CAIX在肾细胞癌组织中高表达,且与肾癌预后有关,将为肿瘤药物的开发提供重要理论依据.
-
基于数据挖掘分析非小细胞肺癌中RPA3的表达及其临床意义
目的:探索复制蛋白A(replication protein A,RPA)3在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中的表达及意义.方法:利用BioGPS数据库检索RPA3在正常组织中的表达;使用Oncomine数据库分析关于RPA3基因的信息,并对RPA3基因在肺癌中的表达进行荟萃分析;利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析RPA3表达对NSCLC患者生存时间的影响;String-DB数据库分析与RPA3相互作用的蛋白.结果:RPA3在人体正常组织中均有表达.与正常肺组织相比,NSCLC组织中RPA3基因在mRNA水平呈高表达(P＜1E-5).RPA3基因的高表达与NSCLC患者的总体生存期(overall survival,OS)呈负相关(HR=1.48,P=2.2E-09).亚组分析显示:RPA3高表达水平对肺腺癌患者OS有显著影响(HR=2.09,P=3.4E-09),而在鳞癌患者中,其表达水平对OS无显著影响(HR=0.97,P=0.77). MCM2,ORC2,ORC3,PCNA,POLD1,PRIM1,RFC4,RPA1,RPA4等基因与RPA3有明显的相互作用.结论:通过肿瘤基因数据库信息挖掘表明,RPA3在NSCLC组织中呈高表达,且与患者预后相关,为深入研究RPA3在NSCLC发生发展中的作用提供重要理论依据.
-
基于Oncomine荟萃分析HJURP基因在头颈部癌中的表达和预后研究
目的:阐述HJURP基因(holliday junction recognition protein)在头颈部癌及正常组织中的表达及对预后影响.方法:挖掘Oncomine数据库中头颈部癌HJURP基因相关数据,并结合ArrayExpress中芯片数据集进行生存分析.结果:Oncomine数据库中,针对不同癌症,HJURP基因癌组织/正常组织表达量分析共有383个结果,其中在癌组织中显著高表达的有125个结果,低表达的仅18个结果.有13个数据集共27个分析涉及HJURP在头颈部癌组织/正常组织中的表达,其中8个分析结果显示HJURP在头颈部癌组织中显著高表达,仅一个分析结果显示其在癌组织中低表达.通过对ArrayExpress中E-TABM-302芯片数据集生存分析表明,HJURP的表达量与预后存在明显负相关性,即HJURP表达量越高,总体生存越差.结论:通过整合Oncomine芯片数据和生存相关芯片数据,首次提出HJURP在头颈部癌中高表达且对预后有不良影响,为肿瘤药物的开发提供了潜在靶点.
-
基于Oncomine数据库荟萃分析KIF23在非小细胞肺癌中的表达和意义
背景与目的 非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)是全球引起死亡的重要原因之一.大多数患者发现时处于中晚期,预后较差.本研究拟探讨驱动蛋白超家族23(kinesin family member 23,KIF23)在NSCLC中的表达及意义.方法 收集Oncomine数据库中关于KIF23的信息,并对目前数据库中资料进行二次分析,对其在NSCLC中的作用进行荟萃分析.利用Kaplan-Meier Plotter进行患者生存周期分析.结果 Oncomine数据库中共收集了447项不同类型的研究结果,其中关于KIF23表达有统计学差异的研究结果有67个,KIF23表达增高的研究有64项、表达降低的研究有3项.共有16项研究涉及KIF23在NSCLC癌组织和正常组织中的表达,共包括1,189个样本,与对照组相比,KIF23在NSCLC细胞癌中高表达(P＜0.05).不仅如此,KIF23表达量与NSCLC总体生存率存在相关性,高表达KIF23的患者总体生存率较差,低表达KIF23的患者预后较好(P＜0.05).进一步亚组分析发现,KIF23表达水平对肺腺癌患者预后有显著影响,而在鳞癌患者中,其表达水平对预后无显著影响.结论 我们通过对Oncomine基因芯片数据库中肿瘤相关基因信息的深入挖掘,提出KIF23在NSLCL组织中高表达,且与NSCLC预后有关,可能为肿瘤药物的开发提供重要理论依据.
-
肾透明细胞癌中SLAMF1基因表达变化及其诊断预后的价值
目的 研究肾透明细胞癌中SLAMF1基因的表达变化,评价SLAMF1基因表达与临床病理学特征的相关性及其诊断预后价值.方法 利用oncomine和TCGA数据库的RNA-Seq数据和临床数据,分析SLAMF1基因表达与肾透明细胞癌患者临床病理学特征及生存预后的关系.结果 oncomine数据库的Yusenko Renal、Beroukhim Renal、Jones Renal队列以及TCGA数据库中肾透明细胞癌组织(180例)和正常组织(111例)表达谱数据分析表明,SLAMF1基因在肾透明细胞癌组织中的表达均显著高于正常组织(P＜0.05).分析524例肾透明细胞癌患者临床病理学特征与SLAMF1基因表达的关系显示,SLAMF1表达与Grade分级(P＜0.001)、T分期(P＜0.01)、M分期(P＜0.01)和临床分期(P＜0.001)均有显著性差异;生存分析结果显示SLAMF1基因高表达患者的总生存时间显著短于低表达患者(Logrank=8.738,P＜0.01).ROC曲线分析结果表明,SLAMF1基因表达是一个灵敏度和特异度较高的肾透明细胞癌诊断指标(AUC=0.809).结论 SLAMF1高表达与肾透明细胞癌的发生、发展相关,是候选的癌基因.SLAMF1基因的表达对判断肾透明细胞癌的生存预后及其诊断具有参考价值.
