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采用多因子降维法分析血浆硒水平与D12S304位点与大骨节病发病的交互作用
目的 采用多因子降维法分析血浆硒水平与D12S304位点的交互作用,研究其与大骨节病发病的关系.方法 采用病例一对照设计分析组间血浆硒水平及D12S304位点基因型在组间的差异,采用多因子降维法分析两者的交互作用.结果 病例组血浆硒水平低于对照组,而组间基因型无差别,且未发现血浆硒与基因型之间存在交互作用.结论 血浆硒与D12S304位点之间暂未发现交互作用,可能需要扩大样本量或选择其它位点进一步探索基因-环境相互作用在大骨节病发生中的机制.
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多因子降维法在人群散发性结直肠癌交互作用分析中的应用
目的 探讨DNA修复基因多态性与中国南方汉族人群散发性结直肠癌发病的相关性,验证多因子降维法(MDR)应用于多因子疾病基因-基因、基因-环境交互作用分析的可行性.方法 采用自然人群为基础的病例对照研究设计,运用PCR-RFLP方法对206例结直肠癌病例和845例正常对照开展OGG1 Ser326Cys,XRCC1 Arg194Trp、Arg280His和Arg399Gln,XPD Lys751Gln和XRCC3 Thr241Met等DNA修复体系常见单核苷酸多态性(SNP)的检测分型.结果 个体特征与结直肠癌的关联分析表明,年龄与结直肠癌的发病正相关,高年龄组(≥61岁)与低年龄组(≥42岁至＜61岁)相比,结直肠癌患病风险增高有统计学意义(校正OR=2.04,95%CI:1.49～2.80);家族肿瘤史同样与结直肠癌的发病存在有统计学意义的正相关关系(校正OR=1.51,95%CI:1.05～2.17).前述各SNP的等位基因和基因型分布频率在正常对照组和病例组间差异均无统计学意义(P＞0.05).采用MDR对基因-基因、基因-环境交互作用模型的筛选分析表明,佳的交互作用模型包含了年龄分布、饮酒史、XRCC1 Arg194Trp和OGG1 Ser326Cys等4个因子(平均检验准确度=0.616,交叉验证一致性=10/10,P=0.011);进一步以筛选出的低风险组合为参照,logistic拟合分析发现高风险组合可以使结直肠癌的患病风险增高并有统计学意义(OR=2.72,95%CI:1.66～4.47).结论 DNA修复基因多态性对中国人散发性结直肠癌风险的遗传影响符合低外显性特征,并与环境因子可能存在着复杂的联合作用.
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Glut4基因和IL-1β基因多态性和阻塞性睡眠呼吸暂停综合征危险因素间的交互作用
目的 应用多因子降维(MDR)的方法探讨在OSAS发生过程中Glut4基因及IL-1β基因多态性和阻塞性睡眠呼吸暂停综合征(OSAS)危险因素间交互作用.方法 连续选取2010年1月到12月新疆自治区人民医院高血压科住院患者,对疑似OSAS的606例(其中OSAS 447例)汉族患者进行夜间多导睡眠监测和生化指标测定.采用Taqman-PCR技术对Glut4基因(rs5417、rs5415、rs5435)、IL-1β基因(rs1143627、rs1143634、rs1143633)taq-SNP进行基因分型.分析Glut4、IL-1βSNP位点多态性和OSAS危险因素肥胖等间的交互作用.结果 Glut4基因rs5417、IL-1β基因taq-SNP基因型构建模型,Glut4基因rs5417位点隐形模型CC基因型OSAS组明显高于对照组(63.3％ 比27.7％,P<0.05).Logistic回归分析,校正性别、年龄、甘油三酯、胆固醇、生化血糖、体重指数等各项危险因素后,Glut4基因Rs5417和IL-1β基因的rs1143633位点协同作用明显增加汉族人群阻塞性睡眠呼吸暂停综合征发生风险OR(95％CI)0.5(0.3,0.9)(P=0.012).另超重肥胖患者携带Glut4基因Rs5417(CC)基因型和IL-1β基因的rs1143633位点(CT)基因型后增加OSAS风险,分别是OR(95％CI)4.9(2.8,8.5)(P<0.05)、OR(95％CI)4.4(2.3,8.6)(P<0.05).MDR数据佳模型显示Glut4基因rs5417位点和IL-1βrs1143633位点存在较强的协同作用,检验准确性是57.0,有较好的交叉检验一致性(8/10)(P=0.004).结论 在OSAS发生、发展过程中,Glut4基因rs5417位点和IL-1β基因rs1143633位点间交互叠加作用增加OSAS风险;超重肥胖患者携带rs5417(CC基因型)和(或)rs1143633(CT基因型)协同加重OSAS风险.
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5-脂氧合酶激活蛋白基因多态性与细胞色素P450酶3A5基因多态联合交互作用显著增加脑梗死风险
目的 对中国浙江南部地区人群花生四烯酸代谢脂氧合酶通路5-脂氧合酶激活蛋白基因(ALOX5AP基因)4个单核苷酸多态性(SNPs)和细胞色素P450酶(CYP450)通路4个SNPs的多态性进行研究,探讨基因多态性、基因-基因间联合交互作用与脑梗死的患病风险的相关性.方法 采用病例对照设计,测定了292例脑梗死患者和259例对照者8个基因位点,包括ALOX5AP基因的4个位点:SG13S32(rs9551963)、SG13S42(rs4769060)、SG13 S89(rs4769874)、SG13Sl14(rs10507391),及EPHX2基因G860A(rs751141)、CYP2C9*2基因A1075C (rs1057910)、CYP2C9*3基因C430T(rs1799853)和CYP3A5基因A6986G(rs776746)位点SNPs.应用广义多因子降维法(GMDR)软件检测基因与基因之间的交互作用.结果 脑梗死组和对照组中8个候选基因位点的基因型分布在脑梗死组和对照组间比较差异无统计学意义.GMDR方法显示优模型为SG13Sl14和A6986G两基因联合作用模型,其样本检验准确度56.32％,交叉检验一致性为10/10,符号检验P=0.011.调整年龄、高血压、糖尿病因素后SG13S114和A6986G交互变量与脑梗死患病风险正相关(OR=1.804,95％CI1.180～2.759,P=0.006).结论 SG13Sl14和A6986G基因联合交互作用显著增加脑梗死患病风险.对基因与基因间的交互作用分析,有助于更深入地研究复杂疾病的基因型和表型间的关系.
关键词： 脑梗死 5-脂氧合酶激活蛋白质类 细胞色素P-450 CYP3A 多态性 单核苷酸 上位性 遗传 多因子降维 -
稳定期冠心病患者中医证候演变规律的研究
目的：探讨稳定期冠心病患者发生急性心血管事件的中医证候演变规律及其与随访发生急性心血管事件的关系。方法纳入稳定期冠心病患者303例，详细记录入选时、半年、1年的中医证候情况及2年随访时事件发生情况。应用频数分布法，观察两组患者整体的证候分布。应用多因子降维(MDR)数据挖掘方法探讨中医证候的演变规律。结果频数法显示3个时间点(两个时间段)的演变趋势：两组的气滞、寒痰(第2时段)均呈现降低趋势，痰热证在事件组呈现逐渐增加。阴虚、气虚的变化趋势基本相同，而阳虚的变化两组则呈现相反的方向。应用 MDR来研究证候之间的转化，结果提示，第2个时点的阳虚转化为第3个时点的痰热、第2个时点的气虚转化为第3个时点的痰热与发生心血管事件呈正相关。结论证候演变中以气虚-痰热、阳虚-痰热的转化易引发心血管事件。
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As3MT、N6AMT1基因-环境交互作用对砷暴露所致皮肤损伤影响
目的 探讨砷甲基转移酶(As3MT)和N-6-腺嘌呤特异性DNA甲基转移酶1(N6AMT1)基因多态性及基因-环境交互作用与砷暴露所致皮肤损伤(AISL)的关联性.方法 于2010年9月到2011年12月在内蒙古五原县入选饮水型砷暴露人群335人,65例被确诊患有AISL.应用MassARRAY(R)分子量阵列平台检测基因型,高效液相色谱-电感耦合等离子体质谱联用法测定尿砷代谢物,砷暴露时间由其高砷水饮用时间确定,多因子降维法与岭回归模型分析基因型、环境因素的单独效应及基因-环境的交互作用.结果 As3MT基因rs3740400位点CA/AA基因型、N6AMT1基因rs1006903位点GC/CC基因型和尿二甲基胂酸(DMA)升高为AISL的独立危险因素(P＜ 0.05).rs3740400位点基因型-尿无机砷(iAs)-单甲基胂酸(MMA)的交互作用与AISL发生风险间存在显著的统计学关联(OR=0.62,95％CI=0.41～ 0.94,P=0.024),模型的验证样本准确率为0.577 6,交叉验证一致性为9/10.结论 As3MT、N6AMT1基因多态性及尿砷化合物水平均与AISL独立相关,rs3740400位点基因型、尿iAs和MMA的交互作用在慢性砷中毒的发生发展中具有重要作用.
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绝经后妇女MTHFR基因多态性位点联合作用与骨质疏松易感性的相关性分析
目的 研究5,10亚甲基四氢叶酸还原酶(methylene tetrahydrofolate reductase,MTHFR)的2个多态性位点rs1801131 A1298C和rs1801133 C677T的联合作用与苏州地区绝经后妇女骨质疏松遗传易感性的相关性. 方法 对从苏州市城区随机抽取的261例45 ～ 70岁绝经后妇女进行流行病学调查、基础资料测量及桡骨远端骨密度测定,利用荧光定量PCR技术(TaqMan)进行基因分型.应用SAS 9.1.3统计软件进行统计分析,PHASE 2.0软件进行单倍型分析,应用广义多因子降维法(GMDR软件,version 0.7)检测位点-位点、位点-环境之间的联合作用. 结果 调整年龄、体质量指数(BMI)、腰臀比(WHR)及产次后,MTHFR基因rs1801133(C→T)的位点变异与骨质疏松的发生成正关联.与野生型rs1801133 CC基因型相比,突变纯合型rs1801133 TT及CT/TT型可以显著增加骨质疏松的发生风险[调整OR=2.63,2.37;95％CI=(1.20～5.77),(1.16～4.87)].经1000次置换检验(Permutation test)方法校正后,该位点的基因型频率分布在病例组与对照组间仍存在统计学差异.单倍型分析结果显示,与常见的单倍型CC相比,含突变等位基因rs1801131 A的单倍型AC可以显著降低绝经后妇女骨质疏松的患病风险[调整OR=0.60;95％CI=(0.39～0.90)].广义多因子降维法结果显示,模型A1 A2 (rs1801131,rs1801133)为佳模型(交叉验证一致性10/10,P=0.0107). 结论 MTHFR基因rs1801133位点多态性与苏州地区绝经后妇女骨质疏松的发病风险存在明显关联;rs1801131位点可能与rs1801133位点产生联合作用,共同影响绝经后妇女骨质疏松的发生风险.
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ALOX5AP基因SG13S114A／T和COX-2基因765G／C交互作用增加脑梗死的易感性
目的：探讨ALOX5AP SG13S114A／T、COX-2765G／C和COX-150C／T多态性及交互作用与脑梗死的相关性。方法：采用聚合酶链反应－单核苷酸多态性方法对411例脑梗死患者（脑梗死组）和411名对照者（对照组）ALOX5AP基因SG13S114A／T、COX-2基因765G／C和COX-1基因50C／T位点多态性进行检测，应用广义多因子降维法（GMDR）检测基因与基因的交互作用。结果：ALOX5AP SG13S114 A／T、COX-150C／T和COX-2765G／C基因型及等位基因分布在脑梗死组与对照组比较差异均无统计学意义；但GMDR示SG13S114和COX-2具有联合交互作用，同时携带ALOX5AP SG13S114AA型和COX-2765CC基因型者脑梗死风险增加2．842倍。结论：对基因与基因的交互作用进行分析有助于更深入研究复杂疾病的基因型和表型间的关系。
关键词： 脑梗死 5-脂氧合酶激活蛋白 单核苷酸多态性 多因子降维 -
瘦素基因G2548A多态性及环境因素与胆囊胆固醇结石关联性研究
目的 评估瘦素基因(LEP)G2548A单核苷酸多态性(SNP)及环境因素与胆囊胆固醇结石发病危险的关联性,同时探究该多态性位点与环境因素对胆囊胆固醇结石的发生是否存在交互作用.方法 收集符合条件的胆囊胆固醇结石患者200例进行1∶2匹配的病例对照研究(对照组400例).应用高分辨率熔解曲线(high-resolution melting,HRM)技术作基因分型检测并对结果进行测序验证,采用多因素分析探索基因多态性及血清瘦素水平与胆囊胆固醇结石的关联性.采用多因子降维法(multifactor dimensionality reduction,MDR)探索基因与环境因素的交互作用对胆囊胆固醇结石发病的影响.结果 通过HRM基因分型检测,共得到LEP G2548A位点3种基因型,分别为野生型GG(52例),突变杂合型GA(192例)和突变纯合型AA(356例).该SNP位点在对照组中的基因型分布均符合Hardy-Weinberg遗传平衡(P＞0.05).LEP G2548A位点AA基因型携带者血清瘦素水平高于GA/GG基因型携带者,差异有统计学意义(H=6.83,P＜0.05).多因素条件logistic回归分析结果显示,在调整年龄、性别以及其他影响因素后,胆固醇结石危险因素是:血清高瘦素水平[标准偏回归系数(β)=0.781,比值比(OR)=5.012,95％可信区间(95％CI):3.248～7.734]、LEP G2548A突变纯合子AA基因型(β=0.527,OR=2.292,95％CI:1.012～5.193)、胆结石家族史(β=0.267,OR=2.984,95％CI:1.329～6.700)、高收缩压(β=0.239,OR=1.927,95％CI:1.140～3.255)以及吸烟(β=0.236,OR=1.717,95％CI:1.006～2.928);而保护因素是:饮浓茶习惯(β=-0.477,OR=0.552,95％CI:0.336～0.907)与坚持锻炼(β=-0.252,OR=0.591,95％CI:0.395～0.882).MDR分析结果显示,饮茶习惯-LEP G2548A多态性-血清瘦素水平组合为优基因-环境交互作用模型.结论 LEP G2548A位点AA基因型可能通过影响血清瘦素水平增加发生胆囊胆固醇结石风险,而携带AA基因型且有饮淡茶习惯的血清高瘦素水平者对胆囊胆固醇结石可能更加易感.
