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  • 基于网络解卷积和网络沉默算法的高维数据网络优化策略与比较

    作者:荣志炜;王文杰;李康

    目的 根据组学数据构建网络存在间接边的问题,对此可通过适当的算法进行优化.本文使用DREAM5平台的网络数据,对网络解卷积方法(ND)和网络沉默(Silencing)两种网络优化算法的效果进行比较,提供合适的网络构建策略.方法 分别使用7种方法 构建网络,然后使用ND和Silencing算法对网络优化,再通过ROC-PR曲线的评分对其效果进行比较,后用网络结构分析方法 评价去除间接效应的能力.结果 两种方法对大多数网络都有较好的优化能力,能够很好地去除间接效应;相对而言,ND方法略优于Silencing方法.结论 使用RF+ND和CLR+ Silencing方法构建网络是两种较好的网络构建策略.

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