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HIV-1 spliced RNAs display transcription start site bias.

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Abstract:

:HIV-1 transcripts have three fates: to serve as genomic RNAs, unspliced mRNAs, or spliced subgenomic mRNAs. Recent structural studies have shown that sequences near the 5' end of HIV-1 RNA can adopt at least two alternate 3-dimensional conformations, and that these structures dictate genome vs. unspliced mRNA fates. HIV-1's use of alternate transcription start sites can influence which RNA conformer is generated, and this choice in turn dictates the fate of the unspliced RNA. The structural context of HIV-1's major 5' splice site differs in these two RNA conformers, suggesting that the conformers may differ in their ability to support HIV-1 splicing events. Here we tested the hypothesis that transcription start sites that shift the RNA monomer/dimer structural equilibrium away from the splice site sequestering dimer-competent fold would favor splicing. Consistent with this hypothesis, the results showed that the 5' ends of spliced HIV-1 RNAs were enriched in 3GCap structures and depleted of 1GCap RNAs relative to the total intracellular RNA population. These findings expand the functional significance of HIV-1 RNA structural dynamics by demonstrating roles for RNA structure in defining all three classes of HIV-1 RNAs, and suggest that HIV-1 transcription start site choice initiates a cascade of molecular events that dictate the fates of nascent HIV-1 RNAs.

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RNA

RNA
最新影响因子:9.957 期刊ISSN:1355-8382 CiteScore:3.66
出版周期:Monthly 是否OA:YES 出版年份:1995

期刊官方网址:http://rnajournal.cshlp.org/

期刊投稿地址:http://submit.rnajournal.org/

自引率:5.40% 研究方向:生物-生化与分子生物学
出版地区:UNITED STATES

SCI期刊coverage:Science Citation Index Expanded(科学引文索引扩展)

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RNA 期刊简介

英文简介:

RNA serves as an international forum for publishing original reports on RNA research in the broadest sense. The journal aims to unify this field by cutting across established disciplinary lines and focusing on "RNA-centered" science. RNA is a monthly journal which provides rapid publication of significant original research in all areas of RNA structure and function in eukaryotic, prokaryotic, and viral systems. It covers a broad range of subjects in RNA research, including: structural analysis by biochemical or biophysical means; mRNA structure, function and biogenesis; alternative processing: cis-acting elements and trans-acting factors; ribosome structure and function; translational control; RNA catalysis; tRNA structure, function, biogenesis and identity; RNA editing; rRNA structure, function and biogenesis; RNA transport and localization; regulatory RNAs; large and small RNP structure, function and biogenesis; viral RNA metabolism; RNA stability and turnover; in vitro evolution; and RNA chemistry. RNA considers papers in six categories: Reports, Articles, Bioinformatics, Hypotheses, Methods, and Letters to the Editor. Reports document significant new results that lend themselves to succinct presentation (i.e., combined Results and Discussion) and can contain no more than four display items. Reports are evaluated using the same criteria as Articles; preliminary observations that require further experimentation to support the major conclusions will not be accepted. There are no explicit length limitations to Articles and length is not a criterion for evaluation. Bioinformatics describe computer-based analyses of sequence data or new informatic tools of interest to RNA scientists. Hypotheses outline novel concepts or new ways of integrating existing data. Methods are brief accounts of methodological advances or improvements that are of potential utility to a broad range of RNA researchers. Letters to the Editor are intended as a forum for raising or clarifying issues of specific interest to the RNA community.

中文简介:(来自Google、百度翻译)

RNA是最广泛意义上发表关于RNA研究的原始报告的国际论坛。该期刊旨在通过跨越既定的学科路线并专注于“以RNA为中心”的科学来统一这一领域。 RNA是一份月刊,它提供了在真核,原核和病毒系统中RNA结构和功能的所有领域的重要原始研究的快速发表。它涵盖了RNA研究的广泛主题,包括:通过生物化学或生物物理手段进行结构分析; mRNA结构,功能和生物发生;替代加工:顺式作用元素和反式作用因子;核糖体结构和功能;翻译控制; RNA催化; tRNA结构,功能,生物发生和同一性; RNA编辑; rRNA结构,功能和生物发生; RNA转运和定位;调节RNA;大小RNP结构,功能和生物发生;病毒RNA代谢; RNA稳定性和周转率;体外进化;和RNA化学。 RNA考虑六个类别的论文:报告,文章,生物信息学,假设,方法和编辑的信。报告记录了重要的新结果,这些结果有助于简洁的呈现(即结合的结果和讨论),并且可以包含不超过四个显示项目。使用与文章相同的标准评估报告;需要进一步试验以支持主要结论的初步观察将不被接受。文章没有明确的长度限制,长度不是评估的标准。生物信息学描述了基于计算机的序列数据分析或RNA科学家感兴趣的新信息工具。假设概述了新概念或整合现有数据的新方法。方法简要介绍了对广泛的RNA研究人员具有潜在用途的方法学进展或改进。致编辑的信件旨在提出或澄清RNA社区特别感兴趣的问题。

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Clinical Research in Cardiology Supplements 1.91 第28百分位
#261
Journal of Molecular Evolution 1.91 第28百分位
#262
Molecular and Cellular Pharmacology 1.90 第28百分位
#263
Journal of Cell Communication and Signaling 1.88 第28百分位
#264
Antonie van Leeuwenhoek 1.87 第28百分位
#265
BioData Mining 1.81 第27百分位
#266
Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology 1.81 第27百分位
#267
FEMS Microbiology Letters 1.80 第27百分位
#268
Molecular Biology Reports 1.80 第27百分位
#269
International Journal of Proteomics 1.75 第26百分位
#270
Molecular Biotechnology 1.75 第26百分位
#271
Reproduction, Fertility and Development 1.75 第26百分位
#272
Archives of Microbiology 1.74 第25百分位
#273
Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology 1.72 第25百分位
#274
Experimental Lung Research 1.71 第25百分位
#275
Applied and Translational Genomics 1.70 第25百分位
#276
Biotechnology and Genetic Engineering Reviews 1.69 第24百分位
#277
Journal of Gene Medicine 1.69 第24百分位
#278
Genetics and Molecular Biology 1.67 第24百分位
#279
Chemistry and Biodiversity 1.66 第23百分位
#280
Biomedical Chromatography 1.65 第23百分位
#281
Journal of Molecular Signaling 1.65 第23百分位
#282
Virus Genes 1.65 第23百分位
#283
Biochemical Genetics 1.63 第22百分位
#284
Gene Expression Patterns 1.61 第22百分位
#285
Molecular and Cellular Probes 1.61 第22百分位
#286
Pathobiology 1.61 第22百分位
#287
Blood Cells, Molecules, and Diseases 1.59 第21百分位
#288
Indian Journal of Experimental Biology 1.57 第21百分位
#289
Molecular Physics 1.55 第21百分位
#290
Physical Biology 1.54 第20百分位
#291
BMC Biochemistry 1.53 第20百分位
#292
Genome 1.53 第20百分位
#293
Journal of Receptor and Signal Transduction Research 1.53 第20百分位
#294
Canadian Journal of Microbiology 1.52 第19百分位
#295
Cellular and Molecular Biology Letters 1.52 第19百分位
#296
Cytogenetic and Genome Research 1.51 第19百分位
#297
Physiology and Molecular Biology of Plants 1.51 第19百分位
#298
BMC Hematology 1.47 第18百分位
#299
Journal of Nucleic Acids 1.46 第18百分位
#300
Cellular and Molecular Biology 1.40 第18百分位
#301
Journal of Experimental Zoology Part A: Ecological Genetics and Physiology 1.33 第17百分位
#302
Magnesium Research 1.30 第17百分位
#303
Journal of Solution Chemistry 1.29 第17百分位
#304
Journal of Stem Cells and Regenerative Medicine 1.29 第17百分位
#305
Bioscience, Biotechnology and Biochemistry 1.26 第16百分位
#306
Journal of Biomolecular Techniques 1.25 第16百分位
#307
Folia Biologica 1.23 第15百分位
#308
Medical Molecular Morphology 1.23 第15百分位
#309
Molecular Cytogenetics 1.23 第15百分位
#310
Synergy 1.22 第15百分位
#311
Journal of Computational Biology 1.16 第15百分位
#312
Molecular Genetics and Metabolism Reports 1.12 第14百分位
#313
New Negatives in Plant Science 1.09 第14百分位
#314
AIMS Biophysics 1.07 第14百分位
#315
Journal of Biological Physics 1.06 第14百分位
#316
Genome Announcements 1.01 第13百分位
#317
Canadian Entomologist 0.96 第13百分位
#318
Methods in Molecular Biology 0.96 第13百分位
#319
International Journal of Immunogenetics 0.95 第12百分位
#320
Genetics and Molecular Research 0.94 第12百分位
#321
Biochemistry and Biophysics Reports 0.93 第12百分位
#322
Biochemistry and Molecular Biology Education 0.92 第12百分位
#323
Plant Cell Monographs 0.90 第11百分位
#324
Journal of Bioinformatics and Computational Biology 0.89 第11百分位
#325
Genes and Genetic Systems 0.87 第11百分位
#326
Biologia (Poland) 0.86 第10百分位
#327
IET Systems Biology 0.86 第10百分位
#328
Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology 0.86 第10百分位
#329
Turkish Journal of Biology 0.85 第10百分位
#330
Annals of Clinical and Laboratory Science 0.84 第9百分位
#331
MCB Molecular and Cellular Biomechanics 0.83 第9百分位
#332
International Journal of Molecular and Cellular Medicine 0.80 第9百分位
#333
Journal of Investigative Dermatology Symposium Proceedings 0.69 第9百分位
#334
Recent advances in DNA 0.69 第9百分位
#335
Biodiversitas 0.66 第8百分位
#336
Stem Cell Investigation 0.65 第8百分位
#337
Genes and Genomics 0.64 第8百分位
#338
Current Chemical Biology 0.60 第7百分位
#339
Current Bioinformatics 0.55 第7百分位
#340
Current Proteomics 0.54 第7百分位
#341
Genomics Insights 0.50 第6百分位
#342
Fisheries and Aquatic Sciences 0.48 第6百分位
#343
Nucleus (India) 0.40 第6百分位
#344
Genome Integrity 0.38 第6百分位
#345
Current Bladder Dysfunction Reports 0.36 第5百分位
#346
Journal of Integrated OMICS 0.33 第5百分位
#347
Mitochondrial DNA Part B: Resources 0.30 第5百分位
#348
Current Topics in Peptide and Protein Research 0.25 第4百分位
#349
Mitochondrial DNA Part A: DNA Mapping, Sequencing, and Analysis 0.25 第4百分位
#350
Molecular Genetics, Microbiology and Virology 0.25 第4百分位
#351
Turkish Journal of Biochemistry 0.25 第4百分位
#352
Biologicheskie Membrany 0.23 第3百分位
#353
Asia-Pacific Journal of Molecular Biology and Biotechnology 0.22 第3百分位
#354
Current Issues in Pharmacy and Medical Sciences 0.22 第3百分位
#355
Genes and Cells 0.21 第3百分位
#356
Journal of Sichuan University (Medical Science Edition) 0.21 第3百分位
#357
In Silico Biology 0.20 第2百分位
#358
Journal of Biological Macromolecules 0.14 第2百分位
#359
Analele Universitatii din Oradea, Fascicula Biologie 0.13 第1百分位
#360
Anales de la Real Academia Nacional de Farmacia 0.13 第1百分位
#361
Current Pharmacogenomics and Personalized Medicine 0.11 第1百分位
#362
Malaysian Journal of Biochemistry and Molecular Biology 0.10 第1百分位
#363
Annals of the Romanian Society for Cell Biology 0.09 第0百分位
#364
BioSpektrum 0.05 第0百分位
#365
Journal of Cellular Neuroscience and Oxidative Stress 0.00 第0百分位
#366
Proteomics - Practical Proteomics 0.00 第0百分位

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