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Diagnostic yield of NanoString nCounter FusionPlex profiling in soft tissue tumors.

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Abstract:

:Diagnostic histopathology of soft tissue tumors can be troublesome as many entities are quite rare and have overlapping morphologic features. Many soft tissue tumors harbor tumor-defining gene translocations, which may provide an important ancillary tool for tumor diagnosis. The NanoString nCounter platform enables multiplex detection of pre-defined gene fusion transcripts in formalin-fixed and paraffin-embedded tissue. A cohort of 104 soft tissue tumors representing 20 different histological types was analyzed for the expression of 174 unique gene fusion transcripts. A tumor-defining gene fusion transcript was detected in 60 cases (58%). Sensitivity and specificity of the NanoString assay calculated against the result of an alternative molecular method were 85% and 100%, respectively. Highest diagnostic coverage was obtained for Ewing sarcoma, synovial sarcoma, myxoid liposarcoma, alveolar rhabdomyosarcoma, and desmoplastic small round cell tumor. For these tumor types, the NanoString assay is a rapid, cost-effective, sensitive, and specific ancillary screening tool for molecular diagnosis. For other sarcomas, additional molecular testing may be required when a translocation transcript is not identified with the current 174 gene fusion panel.

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GENES CHROMOSOMES & CANCER

GENE CHROMOSOME CANC
最新影响因子:4.263 期刊ISSN:1045-2257 CiteScore:3.48
出版周期:Monthly 是否OA:YES 出版年份:1989

期刊官方网址:http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1002/(ISSN)1098-2264

期刊投稿地址:https://mc.manuscriptcentral.com/gcc

自引率:3.80% 研究方向:医学-遗传学
出版地区:UNITED STATES

SCI期刊coverage:Science Citation Index Expanded(科学引文索引扩展)

NCBI查询:PubMed Central (PMC)链接全文检索(pubmed central)

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GENES CHROMOSOMES & CANCER 期刊简介

英文简介:

Genes Chromosomes & Cancer will offer rapid publication of original full-length research articles brief communications perspectives reviews letters to the editors as well as editorial commentaries on genetic analysis as related to the study of neoplasia. Particular emphasis will be placed on work combining molecular and cytogenetic analyses of the genomic alterations of cancer cells. While preference will be given to research using analytical approaches descriptive studies and case reports will also be welcomed particularly when they offer insights regarding basic biologic mechanisms or the clinical management of neoplastic disorders. Specific areas covered will include: Chromosomal abnormalities in all benign and malignant disorders including changes that occur during neoplastic progression Changes in gene structure and regulation as a consequence of genomic rearrangements Chromosomal alterations involving genes related to the regulation of cell proliferation and differentiation The correlation between genomic abnormalities and cellular phenotypic alterations The predictive value of alterations at the chromosomal and DNA levels in disease prognosis and in designing and monitoring cancer therapies Cytogenetic molecular and epidemiologic analyses of inherited disorders predisposing to cancer Chromosomal and/or genetic damage caused by external factors Descriptions of novel molecular biological and cytogenetic methods for genomic analysis.

中文简介:(来自Google、百度翻译)

基因染色体与癌症将提供快速出版的原始全长研究文章,简短的沟通观点评论给编辑的信件,以及与肿瘤研究有关的基因分析的编辑评论。重点将放在结合分子和细胞遗传学分析癌症细胞基因组变化的工作上。尽管将优先采用分析方法进行研究,描述性研究和病例报告也将受到欢迎,特别是当它们提供关于肿瘤疾病基本生物学机制或临床管理的见解时。涵盖的具体领域包括:所有良性和恶性疾病的染色体异常,包括肿瘤进展期间发生的变化基因结构和调节的变化,由于基因组重排,涉及与细胞增殖和分化调节相关的基因的染色体改变。基因组异常与细胞表型改变之间的相关性:染色体和DNA水平变化对疾病预后的预测价值;设计和监测癌症治疗;细胞遗传学分子和流行病学分析易患癌症的遗传性疾病;染色体和/或遗传性疾病。由外部因素引起的MAGE描述了用于基因组分析的新的分子生物学和细胞遗传学方法。

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GENES CHROMOSOMES & CANCER 期刊中科院评价数据

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SJR:1.831
SCLmago期刊等级衡量经过加权后的期刊受引用次数,引用次数的加权值由施引期刊的学科领域和声望(SJR)决定。
SNIP:0.998
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GENES CHROMOSOMES & CANCER 投稿经验

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GENES CHROMOSOMES & CANCER 3.48 第75百分位
排名
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Plant Physiology 6.01 第92百分位
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Development Genes and Evolution 1.90 第41百分位
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Plant Gene 1.86 第40百分位
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Molecular Biology Reports 1.80 第38百分位
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#200
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Standards in Genomic Sciences 1.69 第35百分位
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#204
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Virus Genes 1.65 第34百分位
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Plant Breeding 1.60 第32百分位
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Evolutionary Bioinformatics 1.59 第32百分位
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Acta Crystallographica Section F:Structural Biology Communications 0.93 第19百分位
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Czech Journal of Genetics and Plant Breeding 0.67 第14百分位
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Human Biology 0.66 第14百分位
#268
Forensic Science International: Genetics Supplement Series 0.65 第13百分位
#269
Stem Cell Investigation 0.65 第13百分位
#270
Genes and Genomics 0.64 第13百分位
#271
Cereal Research Communications 0.62 第12百分位
#272
Caryologia 0.59 第12百分位
#273
Conservation Genetics Resources 0.59 第12百分位
#274
Maydica 0.59 第12百分位
#275
International Journal Bioautomation 0.56 第11百分位
#276
Current Bioinformatics 0.55 第11百分位
#277
Balkan Journal of Medical Genetics 0.51 第10百分位
#278
Journal of Crop Improvement 0.51 第10百分位
#279
Molluscan Research 0.51 第10百分位
#280
Genomics Insights 0.50 第9百分位
#281
Genetika 0.49 第9百分位
#282
Iranian Journal of Biotechnology 0.49 第9百分位
#283
Russian Journal of Genetics 0.49 第9百分位
#284
Indian Journal of Genetics and Plant Breeding 0.45 第8百分位
#285
Cytologia 0.42 第8百分位
#286
Sabrao Journal of Breeding and Genetics 0.41 第7百分位
#287
Nucleus (India) 0.40 第7百分位
#288
Genome Integrity 0.38 第7百分位
#289
Gene Reports 0.37 第6百分位
#290
Revista Fitotecnia Mexicana 0.36 第6百分位
#291
Agri Gene 0.35 第6百分位
#292
Chinese Journal of Applied and Environmental Biology 0.35 第6百分位
#293
Ecological Genetics and Genomics 0.33 第5百分位
#294
Journal of Integrated OMICS 0.33 第5百分位
#295
Russian Journal of Genetics: Applied Research 0.32 第5百分位
#296
Mitochondrial DNA Part B: Resources 0.30 第4百分位
#297
Cytology and Genetics 0.28 第4百分位
#298
Mitochondrial DNA Part A: DNA Mapping, Sequencing, and Analysis 0.25 第3百分位
#299
Molecular Genetics, Microbiology and Virology 0.25 第3百分位
#300
Journal of Biotech Research 0.22 第3百分位
#301
In Silico Biology 0.20 第3百分位
#302
Forum on Immunopathological Diseases and Therapeutics 0.18 第2百分位
#303
Medizinische Genetik 0.17 第2百分位
#304
Analele Universitatii din Oradea, Fascicula Biologie 0.13 第1百分位
#305
Epigenetics and Human Health 0.13 第1百分位
#306
Current Pharmacogenomics and Personalized Medicine 0.11 第1百分位
#307
Genetics in the Third Millennium 0.09 第1百分位
#308
Iranian Journal of Plant Physiology 0.06 第0百分位
#309
Japanese Journal of Crop Science 0.06 第0百分位
#310
Cardiogenetics 0.00 第0百分位
aaa
#65 191
GENES CHROMOSOMES & CANCER 3.48 第66百分位
排名
来源出版物名称 CiteScore2017 百分位
#1
Nature Reviews Cancer 19.21 第99百分位
#2
Cancer Cell 15.45 第99百分位
#3
Drug Resistance Updates 11.44 第98百分位
#4
Journal of Clinical Oncology 10.51 第98百分位
#5
Seminars in Cancer Biology 9.23 第97百分位
#6
Cancer immunology research 8.95 第97百分位
#7
Biochimica et Biophysica Acta - Reviews on Cancer 8.86 第96百分位
#8
Clinical Cancer Research 8.38 第96百分位
#9
Cancer Research 7.35 第95百分位
#10
Molecular Cancer 7.20 第95百分位
#11
Advances in Biological Regulation 7.02 第94百分位
#12
Neuro-Oncology 6.76 第93百分位
#13
Leukemia 6.45 第93百分位
#14
International Journal of Cancer 6.40 第92百分位
#15
Cancer Letters 6.26 第92百分位
#16
JAMA Oncology 6.26 第92百分位
#17
Oncogene 6.19 第91百分位
#18
Journal of Hematology and Oncology 6.18 第90百分位
#19
Advances in Cancer Research 6.03 第90百分位
#20
European Journal of Cancer 6.01 第89百分位
#21
Cancers 5.87 第89百分位
#22
Breast Cancer Research 5.86 第88百分位
#23
Journal for ImmunoTherapy of Cancer 5.85 第88百分位
#24
British Journal of Cancer 5.75 第87百分位
#25
Journal of Experimental and Clinical Cancer Research 5.57 第86百分位
#26
PLoS Genetics 5.57 第86百分位
#27
Molecular Cancer Therapeutics 5.53 第86百分位
#28
Cell Death and Disease 5.44 第85百分位
#29
Cancer and Metastasis Reviews 5.40 第85百分位
#30
Molecular Oncology 5.23 第84百分位
#31
Journal of the National Cancer Institute 5.18 第84百分位
#32
Endocrine-Related Cancer 5.15 第83百分位
#33
Angiogenesis 5.08 第82百分位
#34
Epigenetics 5.04 第82百分位
#35
Carcinogenesis 4.95 第81百分位
#36
Cancer 4.86 第81百分位
#37
Environmental Carcinogenesis and Ecotoxicology Reviews 4.74 第80百分位
#38
Cancer Biology and Medicine 4.73 第80百分位
#39
Molecular Cancer Research 4.65 第79百分位
#40
Seminars in Radiation Oncology 4.58 第79百分位
#41
Cancer Immunology, Immunotherapy 4.54 第78百分位
#42
Trends in Cancer 4.52 第78百分位
#43
Neoplasia 4.51 第77百分位
#44
Translational Oncogenomics 4.50 第77百分位
#45
Cancer Science 4.48 第76百分位
#46
Frontiers in Oncology 4.45 第75百分位
#47
Lung Cancer 4.45 第75百分位
#48
Prostate Cancer and Prostatic Diseases 4.22 第75百分位
#49
Cellular oncology (Dordrecht) 4.18 第74百分位
#50
Oncogenesis 4.18 第74百分位
#51
Cancer journal (Sudbury, Mass.) 4.17 第73百分位
#52
Cancer Prevention Research 4.07 第73百分位
#53
Oncologist 4.06 第72百分位
#54
Gastric Cancer 3.99 第71百分位
#55
Apoptosis : an international journal on programmed cell death 3.98 第71百分位
#56
Nitric Oxide - Biology and Chemistry 3.83 第70百分位
#57
Stem Cell Reviews and Reports 3.77 第70百分位
#58
Breast Cancer Research and Treatment 3.73 第69百分位
#59
Epigenomics 3.71 第69百分位
#60
Oral Oncology 3.68 第68百分位
#61
Clinical Lung Cancer 3.66 第68百分位
#62
Journal of Immunotherapy 3.66 第68百分位
#63
Cancer Gene Therapy 3.54 第67百分位
#64
BMC Cancer 3.49 第66百分位
#65
Genes Chromosomes and Cancer 3.48 第66百分位
#66
International Journal of Radiation Oncology Biology Physics 3.46 第65百分位
#67
Molecular Carcinogenesis 3.40 第65百分位
#68
Cancer Medicine 3.38 第64百分位
#69
Cancer Cell International 3.36 第63百分位
#70
International Journal of Oncology 3.36 第63百分位
#71
European Journal of Cancer, Supplement 3.27 第62百分位
#72
Tumor Biology 3.27 第62百分位
#73
Cytotherapy 3.26 第62百分位
#74
Journal of Cancer Research and Clinical Oncology 3.23 第61百分位
#75
Translational Oncology 3.23 第61百分位
#76
Cancer Research and Treatment 3.22 第60百分位
#77
American Journal of Translational Research 3.21 第59百分位
#78
Cancer Biology and Therapy 3.19 第59百分位
#79
Molecular Therapy - Oncolytics 3.17 第58百分位
#80
Current Opinion in Oncology 3.15 第58百分位
#81
Clinical and Experimental Metastasis 3.14 第57百分位
#82
Targeted Oncology 3.12 第57百分位
#83
International Journal of Hyperthermia 3.08 第56百分位
#84
Molecular Imaging and Biology 3.07 第56百分位
#85
Oncology Reports 3.03 第55百分位
#86
Cancer Microenvironment 3.00 第55百分位
#87
Oncology Research 2.92 第54百分位
#88
Cancer Chemotherapy and Pharmacology 2.91 第53百分位
#89
Melanoma Research 2.91 第53百分位
#90
Cancer Epidemiology 2.83 第53百分位
#91
Genes and Cancer 2.82 第52百分位
#92
Journal of Neuro-Oncology 2.81 第52百分位
#93
Differentiation 2.77 第51百分位
#94
Journal of Mammary Gland Biology and Neoplasia 2.67 第51百分位
#95
Cancer cytopathology 2.64 第50百分位
#96
Recent Patents on Anti-Cancer Drug Discovery 2.59 第50百分位
#97
Virus Research 2.58 第49百分位
#98
Cancer Causes and Control 2.57 第48百分位
#99
Cancer Treatment and Research 2.57 第48百分位
#100
Hormones and Cancer 2.57 第48百分位
#101
Current Cancer Drug Targets 2.55 第47百分位
#102
Oncology Reviews 2.54 第46百分位
#103
Experimental Hematology and Oncology 2.48 第46百分位
#104
Prostate Cancer 2.48 第46百分位
#105
Clinical Breast Cancer 2.45 第45百分位
#106
Experimental Hematology 2.45 第45百分位
#107
Journal of Breast Cancer 2.44 第44百分位
#108
Nutrition and Cancer 2.40 第43百分位
#109
Cancer Genomics and Proteomics 2.33 第43百分位
#110
American Journal of Clinical Oncology 2.27 第42百分位
#111
Current Hematologic Malignancy Reports 2.27 第42百分位
#112
Cancer Biomarkers 2.24 第41百分位
#113
Cancer Investigation 2.24 第41百分位
#114
Clinical and Translational Oncology 2.21 第40百分位
#115
Infectious Agents and Cancer 2.21 第40百分位
#116
International Journal of Breast Cancer 2.21 第40百分位
#117
Oncology 2.20 第39百分位
#118
Leukemia Research 2.17 第38百分位
#119
Anti-Cancer Agents in Medicinal Chemistry 2.16 第37百分位
#120
Cancer genetics 2.15 第37百分位
#121
Journal of Oral Pathology and Medicine 2.13 第36百分位
#122
Nuclear Medicine and Biology 2.12 第36百分位
#123
Journal of Biological Regulators and Homeostatic Agents 2.10 第35百分位
#124
Journal of Carcinogenesis 2.10 第35百分位
#125
Sub-Cellular Biochemistry 2.09 第34百分位
#126
Breast Cancer: Basic and Clinical Research 2.06 第34百分位
#127
Medical Oncology 2.04 第33百分位
#128
Familial Cancer 2.03 第33百分位
#129
Japanese Journal of Clinical Oncology 2.02 第32百分位
#130
Brain Tumor Pathology 2.00 第31百分位
#131
Critical Reviews in Oncogenesis 2.00 第31百分位
#132
Human Cell 2.00 第31百分位
#133
Molecular Medicine Reports 1.99 第30百分位
#134
Analytical Cellular Pathology 1.97 第30百分位
#135
European Journal of Cancer Prevention 1.95 第29百分位
#136
Anti-Cancer Drugs 1.94 第29百分位
#137
Anticancer Research 1.88 第28百分位
#138
Cancer Journal 1.87 第27百分位
#139
Clinical Lymphoma, Myeloma and Leukemia 1.87 第27百分位
#140
Neoplasma 1.80 第26百分位
#141
Pathology and Oncology Research 1.80 第26百分位
#142
Future Oncology 1.78 第25百分位
#143
Oncology Letters 1.69 第25百分位
#144
Journal of Gastric Cancer 1.66 第24百分位
#145
Technology in Cancer Research and Treatment 1.64 第24百分位
#146
Cancer Biotherapy and Radiopharmaceuticals 1.63 第23百分位
#147
ecancermedicalscience 1.56 第23百分位
#148
Experimental and Therapeutic Medicine 1.50 第22百分位
#149
Leukemia and Lymphoma 1.47 第22百分位
#150
Asian Pacific Journal of Cancer Prevention 1.46 第21百分位
#151
Current Problems in Cancer 1.44 第20百分位
#152
Hematological Oncology 1.44 第20百分位
#153
International Journal of Biological Markers 1.34 第20百分位
#154
Progress in Tumor Research 1.33 第19百分位
#155
Recent Results in Cancer Research 1.32 第19百分位
#156
Cancer Informatics 1.27 第18百分位
#157
Molecular and Clinical Oncology 1.23 第18百分位
#158
Clinical Cancer Drugs 1.17 第17百分位
#159
Oncology Research and Treatment 1.17 第17百分位
#160
Journal of B.U.ON. 1.15 第16百分位
#161
Journal of the Egyptian National Cancer Institute 1.13 第15百分位
#162
Oncology 1.13 第15百分位
#163
American Journal of Blood Research 1.12 第14百分位
#164
International Journal of Cancer Management 1.11 第14百分位
#165
Experimental Oncology 0.98 第13百分位
#166
Tumori 0.96 第13百分位
#167
Breast Disease 0.71 第12百分位
#168
Bulletin du Cancer 0.60 第12百分位
#169
Pathogenesis 0.60 第12百分位
#170
Journal of Experimental Therapeutics and Oncology 0.52 第11百分位
#171
Translational Cancer Research 0.48 第10百分位
#172
Chinese Journal of Lung Cancer 0.47 第10百分位
#173
Cancer Treatment and Research Communications 0.44 第9百分位
#174
Revista Colombiana de Cancerologia 0.40 第9百分位
#175
IARC monographs on the evaluation of carcinogenic risks to humans / World Health Organization, International Agency for Research on Cancer 0.38 第8百分位
#176
International Journal of Cancer Research 0.33 第8百分位
#177
Middle East Journal of Cancer 0.27 第7百分位
#178
Annals of Cancer Research and Therapy 0.26 第7百分位
#179
Current Cancer Therapy Reviews 0.18 第6百分位
#180
Voprosy Onkologii 0.17 第6百分位
#181
World Journal of Oncology 0.14 第5百分位
#182
Cancer Research and Clinic 0.12 第4百分位
#183
Journal of Leukemia and Lymphoma 0.10 第4百分位
#184
Chinese Journal of Clinical Oncology 0.09 第3百分位
#185
Cancer Forum 0.08 第3百分位
#186
Nowotwory 0.08 第3百分位
#187
Gaceta Mexicana de Oncologia 0.05 第2百分位
#188
Tumor 0.05 第2百分位
#189
Journal of Practical Oncology 0.04 第1百分位
#190
Chinese Journal of Cancer Biotherapy 0.03 第0百分位
#191
Onkologie 0.01 第0百分位

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