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Integrating germline and somatic genetics to identify genes associated with lung cancer.

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Abstract:

:Genome-wide association studies (GWAS) have successfully identified many genetic variants associated with complex traits. However, GWAS experience power issues, resulting in the failure to detect certain associated variants. Additionally, GWAS are often unable to parse the biological mechanisms of driving associations. An existing gene-based association test framework, Transcriptome-Wide Association Studies (TWAS), leverages expression quantitative trait loci data to increase the power of association tests and illuminate the biological mechanisms by which genetic variants modulate complex traits. We extend the TWAS methodology to incorporate somatic information from tumors. By integrating germline and somatic data we are able to leverage information from the nuanced somatic landscape of tumors. Thus we can augment the power of TWAS-type tests to detect germline genetic variants associated with cancer phenotypes. We use somatic and germline data on lung adenocarcinomas from The Cancer Genome Atlas in conjunction with a meta-analyzed lung cancer GWAS to identify novel genes associated with lung cancer.

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GENETIC EPIDEMIOLOGY

GENET EPIDEMIOL
最新影响因子:1.954 期刊ISSN:0741-0395 CiteScore:2.24
出版周期:Bimonthly 是否OA:YES 出版年份:0

期刊官方网址:http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1002/%28ISSN%291098-2272

期刊投稿地址:https://mc.manuscriptcentral.com/genepi

自引率:10.10% 研究方向:医学-公共卫生、环境卫生与职业卫生
出版地区:UNITED STATES

SCI期刊coverage:Science Citation Index Expanded(科学引文索引扩展)

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GENETIC EPIDEMIOLOGY 期刊简介

英文简介:

Genetic Epidemiology is a peer-reviewed journal for discussion of research on the genetic causes of the distribution of human traits in families and populations. Emphasis is placed on the relative contribution of genetic and environmental factors to human disease as revealed by genetic, epidemiological, and biologic investigations. Genetic Epidemiology primarily publishes papers in statistical genetics, a research field that is primarily concerned with development of statistical, bioinformatical, and computational models for analyzing genetic data. Incorporation of underlying biology and population genetics into conceptual models is favored. The Journal seeks original articles comprising either applied research or innovative statistical, mathematical, computational, or genomic methodologies that advance studies in genetic epidemiology. Other types of reports are encouraged, such as letters to the editor, topic reviews, and perspectives from other fields of research that will likely enrich the field of genetic epidemiology.

中文简介:(来自Google、百度翻译)

《遗传流行病学》是一份同行评议的期刊,旨在探讨人类特征在家庭和人口中分布的遗传原因。重点放在遗传和环境因素对人类疾病的相对贡献,揭示了遗传,流行病学和生物学调查。 遗传流行病学主要发表统计遗传学方面的论文,这是一个主要涉及发展统计、生物信息学和计算模型来分析遗传数据的研究领域。将基础生物学和群体遗传学结合到概念模型中是受欢迎的。该杂志寻求包括应用研究或创新的统计、数学、计算或基因组方法学的原创文章,以促进遗传流行病学的研究。鼓励其他类型的报告,如给编辑的信、主题评论和来自其他研究领域的观点,这些可能会丰富遗传流行病学领域。

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GENETIC EPIDEMIOLOGY 投稿经验

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    liting7111

    研究方向:生命科学 遗传学 遗传学研究新技术与方法 生物信息学

    审稿时间: 3个月内

    之前投过一次,意见总共加起来快80条,写了8页A4纸。逐一回复还是被编辑拒稿了,之后杂志影响因子一直走低,没上涨过。
    2020-05-23

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