血管 RNA-seq 数据的生物信息学分析揭示了高脂/胆固醇饮食诱导的新型西藏小型猪动脉粥样硬化模型中的 hub 基因和通路。
切换为英文Abstract:
背景: 动脉粥样硬化是心血管事件的主要因素,然而,其分子机制仍然知之甚少。动脉粥样硬化的动物模型可以提供一个有价值的工具,深入了解动脉粥样硬化的病因,病理生理学和并发症。特别是西藏小型猪是研究饮食相关代谢和动脉粥样硬化性疾病的可行模型。 方法: 采用血管转录组学方法鉴定高脂/胆固醇 (HFC) 饮食喂养的西藏小型猪动脉粥样硬化模型中的差异表达基因 (DEGs),分析 DEGs 基因本体论 (GO) 术语,通路和蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络,并使用分子复合物检测 (MCODE) 确定了枢纽基因和关键模块,Centiscape 和 CytoHubba 插件。使用人类颈动脉粥样硬化数据库 (GSEA 43292) 和 RT-PCR 方法验证鉴定的基因。 结果: 小型猪存在明显的血脂异常、氧化应激、炎症反应、动脉粥样硬化斑块以及低密度脂蛋白 (LDL) 升高。与常规饮食相比,HFC 饮食喂养 24 周后的白细胞募集。我们的 RNA-seq 结果显示动脉粥样硬化/NC 组有 1716 个 DEGs,其中 1468 个基因上调,248 个基因下调。DEGs 的功能富集分析表明,HFC 饮食诱导的变化与血管免疫炎症反应、脂质代谢和肌肉收缩有关,表明 HFC 饮食引起的高胆固醇血症可激活固有和适应性免疫反应,驱动动脉粥样硬化发展。此外,我们从主要 PPI 网络中确定了四个模块,它们涉及细胞趋化、髓系白细胞活化、细胞因子产生和淋巴细胞活化。共发现 15 个 hub 基因,包括 TNF 、 PTPRC 、 ITGB2 、 ITGAM 、 VCAM1 、 CXCR4 、 TYROBP 、 TLR4 、 LCP2 、 C5AR1 、 CD86 、 MMP9 、 PTPN6 、 C3 、 CXCL10 、以及两个转录因子 (TF),即Nf-b1 和 spi1。这些结果与人颈动脉斑块中的表达模式一致,并通过 RT-PCR 进行了验证。 结论: 所鉴定的 DEGs 及其富集途径为 HFC 饮食诱导的西藏小型猪动脉粥样硬化模型的建立和发展机制提供了参考。
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Lipids in Health and Disease
LIPIDS HEALTH DIS
最新影响因子:4.315 | 期刊ISSN:1476-511X | CiteScore:2.46 |
出版周期:Monthly | 是否OA:YES | 出版年份:2002 |
期刊官方网址:http://www.lipidworld.com/
自引率:5.60% | 研究方向:生物-生化与分子生物学 |
出版地区:ENGLAND |
SCI期刊coverage:Science Citation Index Expanded(科学引文索引扩展)
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Lipids in Health and Disease 期刊简介
英文简介:
Published by BioMed Central. ISSN: 1476-511X. Lipids in Health and Disease is an Open Access, peer-reviewed, online journal that publishes articles on all aspects of lipids: their biochemistry, pharmacology, toxicology, role in health and disease, and the synthesis of new lipid compounds. Lipids in Health and Disease is aimed at all scientists, health professionals and physicians interested in the area of lipids. Lipids are defined here in their broadest sense, to include: cholesterol, essential fatty acids, saturated fatty acids, phospholipids, inositol lipids, second messenger lipids, enzymes and synthetic machinery that is involved in the metabolism of various lipids in the cells and tissues, and also various aspects of lipid transport, etc. In addition, the journal also publishes research that investigates and defines the role of lipids in various physiological processes, pathology and disease. In particular, the journal aims to bridge the gap between the bench and the clinic by publishing articles that are particularly relevant to human diseases and the role of lipids in the management of various diseases. The emerging field of Lipids is expected to have a significant impact in the future of health care. Lipids form an important constituent of all cell membranes, and cellular constituents, and as such they have a profound influence on the interaction of the cell with its immediate environment and the way the messages are received and processed by cells in the body. By regulating cell membrane structure and function, lipids are known to influence the actions of various hormones, peptides and drugs. At present, there is no single forum that publishes all the aspects of research on lipids. Lipids in Health and Disease tries to fill this vacuum. Further, by emphasizing the clinical relevance of the work on Lipids, the journal aims to bridge the gap between the lab and the clinic.
中文简介:(来自Google、百度翻译)
由生物医学中心出版。国际标准书号:1476-511X。 《健康与疾病中的脂质》是一本开放的、同行评议的在线期刊,发表了有关脂质的所有方面的文章:它们的生物化学、药理学、毒理学、在健康与疾病中的作用以及新的脂质化合物的合成。健康和疾病中的脂质针对所有对脂质领域感兴趣的科学家、健康专家和医生。脂质在这里被定义为最广泛的意义,包括:胆固醇、必需脂肪酸、饱和脂肪酸、磷脂、肌醇脂质、第二信使脂质、酶和合成机械,它们参与细胞和组织中各种脂质的代谢,以及脂质运输的各个方面等。该杂志还发表了研究和定义脂质在各种生理过程、病理学和疾病中的作用的研究。特别是,该杂志旨在通过发表与人类疾病特别相关的文章以及脂质在各种疾病管理中的作用来弥合实验台和诊所之间的差距。预计新出现的脂质领域将对未来的医疗保健产生重大影响。脂质是所有细胞膜和细胞成分的重要组成部分,因此,它们对细胞与周围环境的相互作用以及体内细胞接收和处理信息的方式有着深远的影响。通过调节细胞膜的结构和功能,脂质会影响各种激素、肽和药物的作用。目前,还没有一个专门的论坛可以发布关于脂质研究的各个方面。健康和疾病中的脂质试图填补这个真空。此外,通过强调脂质研究的临床相关性,该杂志旨在弥合实验室与临床之间的差距。
Lipids in Health and Disease 期刊中科院评价数据
最新中科院分区
大类(学科) | 小类(学科) | 学科排名 |
医学 |
BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY (生化与分子生物学) 4区 NUTRITION & DIETETICS (营养学) 4区 |
162/293 43/83 |
最新公布的期刊年发文量
年度总发文量 | 年度论文发表量 | 年度综述发表量 |
249 | 226 | 23 |
影响因子趋势图
Lipids in Health and Disease 期刊CiteScore评价数据
最新CiteScore值
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文献(2015-2017)
1450次引用
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CiteScore排名
序号 | 类别 | 排名 | 百分位 |
1 |
大类(学科):Medicine
小类(学科):Endocrinology, Diabetes and Metabolism
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#87/209
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2 |
大类(学科):Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
小类(学科):Endocrinology
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#61/119
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3 |
大类(学科):Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
小类(学科):Clinical Biochemistry
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#48/118
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4 |
大类(学科):Medicine
小类(学科):Biochemistry (medical)
|
#13/50
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