在这个信息爆炸的时代，生物信息学为不少临床医生的科研成绩添砖加瓦。然而，知之非艰，行之惟艰。
当你在历经80难，深扒各类网络学习教程，钻研诸多数据库使用方法，胸有成竹的说要发一篇3-5分的生信文章时才发现，别人1年前用过的套路能发个2分+就已经是谢天谢地了!
没错，时效性在这门科学中至关重要。单基因预后结合肿瘤微环境免疫浸润这一类文章在18，19年时突然发表在许多接受生信的期刊中，如：《International Immunopharmacology》，《Frontiers in Oncology》等，然而自2020年以来，这类文章的发文量表现出大幅下降，甚至有些3+期刊直接reject。
今天为大家介绍一篇2020年8月发表在Aging(4.831)上的单基因预后文章，你会发现在曾经的套路上加上一些新的“佐料”就可轻轻松松再上3-5分!
01 研究背景
上皮-间质转化(EMT)相关基因在肿瘤免疫调节中发挥重要作用。然而，EMT相关基因与不同癌症的预后和肿瘤细胞浸润之间的相关性仍不清楚。
本研究通过TCGA和GEO 数据库分析了EMT相关基因的表达与胃癌的发展，预后以及TME免疫浸润的关系，随后进一步通过RT-qPCR，免疫组化和免疫印迹进行验证。
02研究方法与结果
作者首先通过Oncomine database评估了6种EMT相关基因在泛癌中的表达情况，特别发现SNAI1在大肠癌、食道癌、胃癌和肾癌中表达较高。
为了进一步验证，作者通过TIMER database进行再次评价，发现与正常组织相比，SNAI1表达在膀胱癌(BLCA)，结肠腺癌(COAD)，食道癌(ESCA)，头颈部鳞状细胞癌(HNSC)，肾嫌色细胞癌(KICH)，肾透明细胞癌(KIRC)，直肠腺癌(READ)和胃腺癌(STAD)中明显升高。
作者通过GEPIA在线工具探究了6个EMT相关基因与癌症患者的预后的关系。
作者发现，高表达水平的SNAI1与多种癌症(尤其使胃肠道肿瘤)的不良预后密切相关。随后，作者将着重研究了SNAI1与胃肠道肿瘤的关系并再次通过几个GEO数据集进行验证。
值得注意的是，在此期间作者还探究了SNAI1与胃肠道肿瘤几种亚型的关系，增加了结论的可信度。
作者接下来通过Kaplan-Meier plotter评估了SNAI1与STAD的临床病理参数之间的关系。
结果表明，SNAI1的高表达可以通过影响STAD的淋巴结转移来影响患者预后;SNAI1是STAD独立的预后标志物，可以预测其临床病理特征。
同样的单基因预后结合免疫浸润套路，作者在接下来通过TIMER和TISIDB两个database探究了SNAI1表达在三种胃肠道肿瘤免疫微环境中对免疫细胞浸润情况的影响以及和不同免疫亚型之间的关系。
作者发现，SNAI1的表达与胃肠道肿瘤中的肿瘤免疫细胞浸润有关。具体而言，SNAI1表达与STAD和COAD中的免疫亚型(伤口愈合，IFN-γ显性，炎性，淋巴细胞耗竭，TGF-β显性)相关，但与READ的免疫亚型无关。
后，作者为了验证自己结论的可靠性，在400例胃肠道癌症患者(200例CRC患者，240例GC患者)上进行验证，通过RT-qPCR，免疫组化和免疫印迹三种湿实验来验证自己的结论。
此外，还通过单因素和多因素分析探究了在自己的数据集中SNAI1表达与患者临床病理参数的关系。
本研究不同于以往单基因结合肿瘤微环境免疫细胞浸润的生信文章之处主要在于以来两点：
第一：该研究探究的是单基因在胃肠道肿瘤中的作用，作者研究了三个肿瘤而不是之前的某一种单一肿瘤;
第二：作者通过自己的病人数据集以及实验进行了验证，这大大增强了结论的可靠性!
目前看来，干湿结合的组合方式在生信文章中愈发重要，所以想上车的小伙伴们要抓紧时间了!
