但凡做一些与基因有关的实验,肯定离不了PCR,说到PCR,我们不得不提Primer——引物。你一定会想,找公司设计啊,多省事!
我只能说:你太单纯了,你是不知道公司设计的引物有多随意,哼哧哼哧做了大半年,后才发现溶解曲线是双峰!
好了,话不多说,今天教大家如何利用PubMed简单地设计普通引物。
一、设计Primer
首先,我们打开新版Pubmed界面。
往下拉,选择Gene。
接着在检索框输入基因名称。
在检索出的条目里点击进入,注意物种。
点击进去后往下拉,拉到mRNA and Protein,点击红框部分进去
再点击右侧的Pick Primers
进入后将PCR product size将70 100两个参数修改为100 200
如图所示
同时,引物选择跨过内含子,防止DNA污染
点击Get Primers这里需要耐心等待,然后会出现好几对Primers,如下图所示
如果出现多对引物,那如何进行选择?接下来,我们再继续用Pubmed进行验证选择
二、验证PrimerPubmed
首页往下拉,选择BLAST
进入界面后,再选择Nucleotide BLAST
将引物序列输入对话框,再选择种属,后进行BLAST
这里结果需要耐心等待一会,结果出来后,第二条就是我们所设计的引物,此外重叠片段越少,引物则越优。