科研中必不可少的神器Image J，它的作用很广，今天给大家介绍一下用它来细胞计数。计数方法分2种，手动计数和自动计数。
1自动计数
打开Image J软件，点击File，open一个你将要进行计数的照片，如下图：
为了显示更清楚，点击Image,选定type里的8-bit。还有一种情况是如果细胞的颜色偏浅，为了计数方便，可以点击Edit，选定invert，有点像翻转底色的意思，这样底版会变成深黑色，便于计数。
当然也可以根据个人对色彩的敏感度，调节对比度，顺序依次是Image-Adjust-Brightness/Contrast。
下一步说实话，我觉得可有可无，叫调节阈值，Threshold。点击Image，选定adjust里的Threshold。
所谓调节阈值呢?其实就是设定待测物体灰阶值，来圈定你想计数的特定灰度的细胞。但是肉眼真的很难辨认，所以一般建议不需要额外修改阈值，一视同仁，默认。
有的细胞/细菌比较喜欢抱团，贴在一起，为了计数的方便，Image J也有办法让它们暂时“分开”，也就是“分水岭(Watershed)”选项。
点击Process，选定Binary里的Make Binary。
点击Process，选定Binary里的Watershed。
但是仅对于规则细胞使用效果是好的，否则容易错误地分割。下图为分割后差异：
接下来就可以计数了!
点击Analyze，选定Analyze Particles, 键入细胞大小的上下限，并且选择显示轮廓(Show outlines)、清除上一次分析的结果(Clear results)、以及本次结果的(Summarize)和显示结果(Display Results)。根据操作者的经验通过Size和Circularity进行限定，有一些小黑点迷惑项虽然也可能是圆的，但可以通过设定Size的下限来排除。
点击ok，被计数的微粒将显示轮廓和编号。每个微粒的结果在结果窗口中被显示：可以看到细胞数。
每个细胞有轮廓有计数：
详细的Results列表，里面记录了每一个“细胞”的详细数据：
Summary中看到计数为62以及其他一些数据：
2手动计数
按下图进行选定，双击
选定后点击OK
接下来就可以手动单击你想要计数的“细胞”，可见细胞上显示黄色箭头
如果点错了，按住Alt并单击，即可撤销计数。并可见系统会自动记录个数：
①所指的counter中的0-9代表着10个“细胞”分类，我们把0换成其他数字，即可开始第二类组“细胞”手动计数，不要忘记换标记颜色。
