《吉林大学学报(医学版)》为中文核心期刊和中国科技核心期刊设有基础研究、临床研究、临床医学、影像学、调查研究、方法学和综述等栏目，以基础研究和临床研究论著为主，兼顾其他体裁的文章，综述类论文原则上以约稿为主。主要报道医学科学研究的新理论、新方法和新技术，设有基础研究、临床研究、临床医学、影像学、调查研究、技术交流及综述等栏目，被荷兰《医学文摘》和《 CA 》等 20 余种国内外数据库收录。

    《吉林大学学报(医学版)》影响因子相关内容如下：

　　根据中国科学技术信息研究所2009年版《中国科技期刊引证报告(核心版)》收录的1868种中国科技论文统计源期刊的统计报告，2008年《吉林大学学报(医学版)》总被引频次为934、影响因子0.400、被引半衰期4.58(即年指标0.018)、他引率0.88、引用刊数33、扩散因子3.53、权威因子333.69、学科扩散指标0.67、学科影响指标0.57、文献选出率0.64、参考文献量2776、平均引文数9.91，在49种医科大学学报类期刊中总被引频次排第7名，影响因子排第9名。

　　据2019年2月22日中国知网显示，《吉林大学学报(医学版)》总被下载1125003次、总被引46662次、(2018版)复合影响因子为0.978、(2018版)综合影响因子为0.775。

　　据2019年2月22日万方数据知识服务平台显示，《吉林大学学报(医学版)》被引量为19161、下载量为102115;据2015年中国期刊引证报告(扩刊版)来源数据显示，该刊影响因子为0.90，在全部统计源期刊(6735种)中排第1245名，在大学学报(医药卫生)(114种)中排第38名。