担保机构所面临的风险是全方位的，来自于中小企业、金融机构、担保机构内部、外部环境等。
(一)企业自身原因来自企业自身的风险包括担保机构担保了不具备被担保条件的中小企业、担保后中小企业经营管理不善、取得贷款后改变使用方向等。
(二)银行原因中小企业融资过程中引入了担保机构后，商业银行取得了稳定的收益，而融资担保机构承担了全部或大部分的信贷风险。这样融资风险就全部或大部分从银行转移到了担保机构。银行贷款的积极性大大提高，可能会放松审核要求，给不符合资格的中小企业贷款。
(三)担保机构原因担保机构作为银行和企业之间的中介组织，经营的是风险，出售的是信用。
其本身的风险来自于人员素质、内部控制等方面。担保公司内部可能缺乏精通金融、财会、科技、计算机、审计和法律知识的管理人才；人才的实践经验也不足。担保机构内部也可能存在委托人和代理人之间的矛盾。如果审核人员责任心不强，或掺入了人情关系，或索贿受贿等等都有可能使不合格的中小企业获得融资担保。融资担保机构内部控制制度不够健全，没有建立足够的风险保证金制度、审保偿分离制度、担保业务操作规程、运行检测制度、代偿制度、债务追偿制度、激励约束制度等。
(四)外部环境原因外部环境原肉包括政府、法律、政策、经济状况、技术、市场竞争、社会环境等，主要是政府不适当干预的风险和法律体系不完善的风险。
1.政府不适当干预的风险融资担保机构离不开政府的政策支持，尤其是财力上的支持(资金投入、补助、税收减免等) 。然而政府的财力有限，因而担保规模、后续补偿会受到限制O政府出资后会干涉担保机构的运作，影响商业性担保机构的商业化运作。
2.法律体系不完善的风险与发达国家完善的法律环境相比，我国中小企业融资担保的相关法律还相当不完善。已经有的相关政策、制度还比较分散，分属于国家各有关部门的部门规章和地方政府根据有关政策自行制定的地方性法规，尚未形成全国统一、系统的政策体系。因此，目前还无法对担保行业进行有效管理。《担保法》的立法背景是解决企业间债务及保护银行的债权，目的是为了保护债权人的利益，调整的是一般意义上的法人和自然人的担保法律关系，对担保人的权益保护重视不够。
《中小企业促进法》出台仓促，内容也比较笼统"缺乏具体的可操作性，仅仅规定中小企业的权利和国家扶持中小企业的制度措施，对中小企业标准、中小企业发展基金的设立和使用管理办法、中小企业融资担保管理办法等许多问题未做具体规定。
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